Польско-шляхетские карательные войска на Правобережье передавались под командование польного гетмана А. Сенявского, который 4 декабря приказал всем отрядам собираться в Бережанах для похода на Правобережье. Военные силы медленно стягивались в лагерь.

В январе 1703 г. 15-тысячиое карательное войско с 44 пушками вступило на Подолию, где силы восставших не превышали 12 тыс. человек и были разбросаны на большой территории. Польские правители обратились к гетману Мазепе с предложением выступить с войском для подавления восстаний, но царское правительство разрешения на его вмешательство тогда не дало.

Наступление польско-шляхетского карательного войска сопровождалось разорением городов и сел; насилием и расправой над населением. Используя численный перевес, противник разгромил небольшие повстанческие отряды, захватил Летичев, Бар, Винницу, Новоконстантинов, Меджибож, Хмельник. Вблизи Староконстантинова карательное войско встретило крупный отряд казаков и восставших крестьян под командованием Самуся. В жестоком бою восставшие понесли значительные потери и отступили. В январе — феврале 1703 г. восстание на Подолии было жестоко подавлено.

На Брацлавщине полковник Абазин собрал силы для отпора карателям. Восставшие пытались отстоять Немиров, но, потерпев несколько неудач в боях с превосходящими силами противника, отступили к Брацлаву. Однако и там они не смогли удержаться и отступили к Ладыжину, потеряв при этом пушки, вывезенные из Немировской крепости. Польско-шляхетская конница преследовала повстанческие отряды. Полковник Абазин, собрав в Ладыжине 2-тысячный отряд казаков и восставших крестьян, выступил навстречу противнику. Завязался кровавый бой, в котором восставшие потерпели поражение. Тяжело раненный Абазин был захвачен в плен и казнен. Часть восставших отступила в Молдавию. Захватчики казнили в Ладыжине 2 тыс. мужчин, женщин и детей.

Подавление восстаний на Подолии и Брацлавщине сопровождалось неслыханной жестокостью. Во время дикой расправы шляхта уничтожила десятки тысяч крестьян, захватила их имущество. Не ограничиваясь репрессиями и произволом, шляхетские сеймики сокращали сроки льгот крестьянам на слободах, увеличивали барщину, многочисленные повинности и подати.

Подавление восстания. Художник Ю. Г. Логвин.

18 марта 1703 г. польный гетман А. Сенявский в универсале огласил о подавлении восстания («успокоении края») и суровом наказании крестьян, принимавших участие в борьбе против шляхты.

Но универсал не отражал действительного положения на Правобережной Украине. Карательная экспедиция польско-шляхетских войск на Подолию, Брацлавщину и Волынь не привела к полному подавлению освободительного движения. На главный его очаг — Киевщину, где в городах-крепостях Белой Церкви, Фастове, Корсуне и Богуславе дислоцировались значительные крестьянско-казацкие силы под предводительством Палия, Самуся и Искры, карательные войска не решились наступать.

В это время на территории Волыни, Подолии и Брацлавщины вспыхивали новые восстания, формировались крестьянско-казацкие отряды, продолжавшие борьбу против польско-шляхетского господства.

В середине февраля 1703 г. из Вены в Москву возвращался посол царского правительства, известный дипломат генерал И. Паткуль, с 1702 г. перешедший на службу России. На Правобережной Украине он посетил лагерь польско-шляхетских войск и во время беседы с А. Сенявским предложил примирить казаков с Польшей. Сенявский ухватился за это предложение, поручив дипломату от имени короля вести мирные переговоры с казацкими предводителями, а также разведать их силы на Киевщине.

В Белой Церкви Паткуль начал переговоры с Палием, заявив, что он представляет интересы польского и русского правительств одновременно, хотя таких полномочий фактически не имел. На предложение дипломата вернуть Польше Белую Церковь Палий ответил, что сделает это незамедлительно, как только получит письменный приказ царя, т. е. он рассматривал Правобережную Украину как составную часть Русского государства, воссоединенную с ним согласно решению Переяславской Рады 1654 г. Учитывая неподатливый характер казацкого предводителя, Паткуль предложил ему заключить с польским правительством перемирие и даже составил на латинском языке пять статей, предполагавших прекращение военных действий на три месяца, разрешение населению (в том числе шляхте) вернуться в свои жилища, обмен пленными, возвращение по требованию царского правительства Белой Церкви Польше, обязательство направить казаков для участия в войне со шведами.

Выдержка и твердая позиция Палия вывели дипломата из равновесия. Назвав старого полковника «предателем», он грозил гневом царя и разгромом казаков войсками Речи Посполитой. Однако Паткуль вынужден был признать, что у Палия многочисленное войско, и потому он советовал польному гетману не идти на Белую Церковь, а крестьянам-повстанцам объявить амнистию. Во время пребывания в Белой Церкви Паткуль ближе познакомился с Палием и его казаками и пришел к выводу, что конфликт на Правобережье возник именно по вине шляхты, угнетавшей крестьян и казаков. Он дал высокую оценку предводителю казаков Семену Палию. На этом миссия Паткуля закончилась, не оправдав надежд польского правительства и шляхты.

Польское правительство продолжало настаивать на том, чтобы правительство России приняло участие в подавлении освободительного движения на Правобережье и запретило запорожским казакам присоединяться к восставшим, предлагало Мазепе отобрать у Палия Белую Церковь и передать польному гетману. Однако царское правительство не разрешало вмешиваться в борьбу на Правобережье гетману Мазепе, который охотно бы принялся за подавление восстаний. Из Москвы пристально следили за событиями. В марте и мае 1703 г. правобережным казакам даже посылалось царское жалованье.

Восстание 1704 г. Арест и ссылка Семена Палия. Правобережные казацкие полки пополняли свои сотни, усиливали крепости в Белой Церкви, Богуславе, Корсуне, готовились к дальнейшей борьбе против польско-шляхетских захватчиков.

Самусь и Искра в январе 1704 г. приезжали на Левобережье, чтобы добиться принятия их вместе с казацким войском, населением и освобожденной территорией под протекторат Русского государства. В Батурине, Переяславе и Нежине состоялись переговоры. Гетман Мазепа решительно отказался быть посредником в этом деле. Под страхом смерти он запретил крестьянам и казакам переходить на правый берег Днепра для участия в освободительной борьбе, посылал в Москву доносы на Палия, обвиняя его в предательстве и сношениях с магнатами, сторонниками Швеции. Он неоднократно предлагал царскому правительству арестовать Палия, Самуся и Искру, расправиться с казаками, изгнав их из крепостей.

Не располагая достаточными и достоверными данными о положении на Правобережной Украине, царское правительство поверило лживым доносам Мазепы и даже дало согласие на арест Палия, но при условии, что его место займет такой же ярый противник шляхты.

В Батурине весной 1704 г. гетманская канцелярия получила царский указ — казацкому войску переправиться на правый берег Днепра и вести борьбу против отрядов магнатов — сторонников шведов. В мае казацкие полки вступили на Правобережье. К ним незамедлительно присоединились полки Палия, Самуся и Искры.

В начале июля 1704 г. Палий направил погребищенского сотника Г. Борисенко в Немиров, чтобы поднять крестьян и мещан на восстание против шляхты. Повстанцы освободили Немиров и разгромили шляхетский отряд в местечке Сеняве. Это выступление стало сигналом к общему восстанию на Подолии и Брацлавщине. На Подолии Ф. Шпак, сформировав новый отряд из 600 повстанцев, провозгласил себя полковником Войска Запорожского и продолжал вести борьбу против шляхты.

Пламя восстаний охватило огромную территорию Правобережной Украины. Повстанцы освободили ряд городов и сел, установив там самоуправление. На помощь восставшим прибывали казаки из Запорожья и Левобережья, крестьяне и городская беднота. Восстание перекинулось в Молдавию. Волнения казацкой голытьбы начались на Запорожье, где 8 тыс. казаков собирались идти на Левобережье, чтобы там громить имения панов и арендаторов. Старшина едва сдерживала это движение.