Отправив вперед обоз, Тергукасов в 17:00 27 июня выступил с бивака на Драм-дагских высотах и направился к Зейдекяну, куда прибыл всеми своими силами к 3:00 28 июня. Отсюда Тергукасов рассчитывал направить на Баязет летучий отряд Амилохвари с целью выручки осажденного гарнизона, но от этого намерения пришлось отказаться, так как началось наступление турецких войск.
Измаил-паша лишь 27 июня прибыл в Даяр и вступил там в командование наступавшими против Эриванского отряда войсками. С рассветом 28 июня, обнаружив отход Эриванского отряда, Измаил-паша, перешел в преследование и к 11:00 подошел к русскому биваку. Войска отряда были подняты по тревоге, развернулись в боевой порядок и заняли близлежавшие командующие высоты, Первая атака войск Измаила-паши, находившихся еще под впечатлением недавних неудач и наступавших вяло, была отражена действиями одной отрядной артиллерии. После этого Измаил-паша направил в обход правого фланга отряда многочисленную турецкую конницу под командованием Гази-Магомы-Шамиля-паши, генерала свиты султана и сына известного гунибского Шамиля. Черкесская конница была встречена артиллерией и конницей Амилохвари и потерпела полную неудачу. Несмотря на то, что войска Измаила-паши численно вдвое превосходили Эриванский отряд и что у них были еще свежие резервы, с наступлением темноты бой прекратился.
Ночью с 28 на 29 июня Эриванский отряд начал дальнейший отход. К 30 июня отряд прибыл в Кара-Килису. Еще на марше Тергукасов приказал по прибытии на место занять выгодную позицию восточнее Кара-Килисы, но по ошибке или недисциплинированности частных начальников войска отряда стали биваком западнее Кара-Килисы, среди болот, имея рядом лишь неудобные позиции. Тергукасов рассчитывал 1 июля сменить бивак, но не успел, так как уже в 11:00 турецкие войска перешли в наступление и открыли огонь по лагерю. Только выдержка и хладнокровие русских воинов дали возможность организовать и прикрыть эвакуацию огромного обоза.
Сорокадвухкилометровый переход до Сурп-Оганеса был очень труден. Число беженцев армян, следовавших с обозами, возросло до 2500 семейств; тяжело груженные арбы отставали; многие старики и слабосильные в изнеможении падали на дороге. Русские солдаты помогали вытягивать застрявшие арбы, несли на руках детей, подсаживали на лафеты и зарядные ящики стариков и отставших. Грозные в бою, русские солдаты отличались великодушием к попавшему в беду мирному населению, всячески ему помогали и делились последним. Армянское население видело это и относилось к русским войскам с глубокой признательностью.
В Сурп-Оганесе Тергукасов получил через лазутчиков сведения о том, что Мухтар-паша приказал Фаику-паше атаковать Эриванский отряд у Диадина или Сурп-Оганеса и что баязетский русский гарнизон некоторое время в состоянии еще продержаться. Эти сведения были получены вполне своевременно и в значительной степени предопределили дальнейшее решение Тергукасова. Перед ним стоял выбор одного из двух возможных вариантов. Можно было двигаться прямо на Баязет для выручки его гарнизона, но при этом в случае неудачи возникал риск гибели всего обоза, сопровождавшего отряд. Неудача же была весьма вероятна. Боеприпасы были на исходе, впереди ожидал Фаик-паша, сзади угрожал Измаил-паша. Второй возможный вариант решения состоял в том, чтобы от Сурп-Оганеса свернуть на Каравансарайский перевал и отступить в Эриванскую губернию на Игдырь. Там можно было освободиться от излишнего обоза, пополнить боеприпасы и после этого немедленно двинуться на выручку баязетского гарнизона. Сведения Лазутчиков дали возможность Тергукасову уверенно и без сомнений остановиться на втором варианте. Между тем положение в Баязете было в это время весьма напряженным.
Баязет во время русско-турецкой войны 1877-1878 гг. был небольшим городком с полутора тысячами населения. В середине этого населенного пункта, на гористом уступе, стоял старый замок-крепость из красного и белого камня. В замке было три двора, здание замка имело три этажа. В первом этаже находился каменный бассейн, в который была проведена вода. Этот замок был в свое время выстроен курдским феодалом Исаак-пашей и играл роль крепости, но со временем утратил значение крепости как в отношении города, так и в отношении окружавшей его окрестности и теперь мог служить только цитаделью. Цитадель командовала над нижним городом, но здания верхнего города и окружавшие город высоты в свою очередь командовали над цитаделью.
В начале наступления, при занятии Баязета Эриванский отрядом, в нем был оставлен русский гарнизон в составе двух рот Крымского и батальона Ставропольского пехотного полка, двух сотен Уманского и сотни Хоперского казачьего полка, пешей команды Кавказского казачьего полка, трех сотен Елисаветопольского и двух сотен Эриванского конно-иррегулярного полка и двух орудий 4-й батареи 19-й артиллерийской бригады; в состав гарнизона входил также и 11-й военно-временный госпиталь. Комендантом Баязета был назначен командир батальона Ставропольского полка подполковник Ковалевский, на смену которому в конце мая прибыл подполковник Пацевич; комендантом цитадели являлся смотритель госпиталя капитан Штоквич (Штокфиш). Ставропольцы и уманцы стояли лагерем в 4 км севернее города, прочий же гарнизон располагался в цитадели.
16 июня разведывательный отряд под командованием Пацевича столкнулся со значительными скопищами курдов, бродивших недалеко от города. Так как после этого столкновения вполне реальной становилась и осада города, то Ковалевский ввел три роты своего батальона в цитадель и приказал свезти туда же все имущество из лагеря, а также запасти продовольствие.
Между тем уже 18 июня отряд Фаика-паши перешел Теперизский перевал и приблизился к Баязету. У Фаика-паши было 4000 человек регулярных войск с 11 орудиями и 7000 иррегулярных войск. Когда 18 июня Пацевич с большинством гарнизона двинулся в разведку к Теперизу, то он столкнулся уже со столь значительными силами, что вынужден был отступить. Отступление происходило в тяжелых условиях, русские понесли большие потери, причем в числе убитых был Ковалевский, мужеству и энергии которого был обязан разведывательный отряд своим возвращением в цитадель. Местное турецкое население, фанатизм которого был разожжен муллами, открыло по отходившим русским войскам огонь с крыш, из окон и дверей, а дети добивали камнями русских раненых. Наконец, в 18:00 войскам удалось дойти до цитадели, и Пацевич, вступивший в командование, приказал закрыть ворота. С этого момента началась двадцатитрехдневная осада Баязета, составившая славную страничку в истории русской армии.
В осаде, внутри цитадели, оказалось 1626 солдат, офицеров и казаков, два врача, чиновник и сестра милосердия, вдова подполковника Ковалевского; точное число находившихся в цитадели милиционеров неизвестно; кроме того, внутри цитадели находилось 70 лошадей.
Сухарные запасы в цитадели были созданы в размере 356 пудов; это количество сухарей обеспечивало гарнизон только на 9 суток и то при условии суточной выдачи на человека по 400 граммов. Кроме сухарей, в цитадели оказалось 316 пудов ячменя.
На следующий день, 19 июня, турецкая артиллерия открыла по цитадели огонь. Однако стены цитадели от времени приобрели такую прочность, что почти не поддавались действию артиллерии. Отчаявшись в попытке взять цитадель при помощи бомбардировки, курды 20 июня бросились на штурм. При условии дружного отпора штурм можно было легко отбить, но в это время Пацевич, неожиданно для гарнизона, выкинул белый флаг, с револьвером в руках заставлял солдат прекратить стрельбу, затем вышел на открытую площадку и стал кричать: «Яваш, яваш, тохта, тохта! - Остановитесь, сдаемся!» К счастью для гарнизона, турки все же успели его подстрелить и, падая раненым, предатель сказал: «Теперь делайте что хотите!»(9). Сразу же после этого все защитники цитадели бросились на стены и открыли такой огонь, что турки и курды понесли огромные потери и в панике отхлынули от цитадели.