Руководство ЮДП в 1988 г. установило в Лондоне контакт с повстанческим движением, и 16 ноября 1988 г. Мухаммед Осман аль-Миргани (ЮДП) и Джон Гаранг подписали мирное соглашение. Оно было одобрено подавляющим большинством суданцев, однако из-за происков враждебных сил его выполнение было сорвано, что обрекало на провал все попытки выправить тяжелое экономическое положение в стране. В 1988 г. была принята новая конституция, в разработку которой внес большой вклад ат-Тураби. Согласно ей, шариат стал одним из источников законодательства.
Сохранявшееся напряженное финансово-экономическое положение Судана, его неспособность выплатить существующий внешний долг предопределили его дальнейшую ориентацию на получение помощи от международных финансовых организаций, стран Запада и арабских нефтеэкспортируюших стран. При финансовой поддержке МВФ в стране началось осуществление четырехлетней программы восстановления экономики на 1987/88-1990/91 гг., предусматривавшей ограничение государственных расходов, отмену контроля над деятельностью большинства госпредприятий и госсубсидий на пшеницу и нефтепродукты и т. д. Летом 1989 г. в стране усугубился социально-экономический кризис, выросли цены на многие товары, ощущалась нехватка топлива, медикаментов и других товаров первой необходимости. Вместе с резким ухудшением положения на Юге все это подтолкнуло военных к очередному перевороту. Армейское руководство обвинило политические партии в неспособности консолидировать усилия в интересах национальной безопасности. 30 июня 1989 г. радио Омдурмана объявило о «революции национального спасения» под руководством Омара Хасана аль-Башира, что означало возврат армии к власти. Генерал аль-Башир возглавил «Совет командования революции национального спасения» (СКРНС).
С помощью экспертов МВФ и МБРР была разработана программа структурной стабилизации и восстановления экономики Судана на 1990/91-1992/93 гг. Основное внимание в ней уделялось главной отрасли — сельскому хозяйству, в частности увеличению производства основных сельскохозяйственных культур. Программой предусматривалось продолжение курса на либерализацию экономики, приватизацию убыточных предприятий госсектора или преобразование их в смешанные компании, отмена государственной монополии в сфере торговли, привлечение иностранных инвестиций.
Для выполнения указанных целей одновременно предполагалось провести реформирование финансовой системы, усовершенствовать правовую базу, устранить препятствия для расширения частнопредпринимательской деятельности. Приватизированные предприятия подлежали акционированию с привлечением к участию в этом процессе как частного национального, так и иностранного капитала. Однако Судану, как и прежде, не удалось полностью выполнить намеченную на три года программу. Вместо нее была теперь принята десятилетняя, названная «стратегией национального развития». Предусматривалось повышение темпов экономического роста за счет мобилизации в основном внутренних ресурсов, введения режима строжайшей экономии средств, сокращения непроизводственных расходов. Осуществление программы вновь столкнулось с финансовыми и производственными трудностями, прежде всего, из-за высоких выплат по полученным займам. Резко обострилась продовольственная проблема, вновь возникла угроза голода. Начатое еще в 1987 г. освоение запасов нефти было приостановлено из-за военных действий на Юге. Расходы на военные цели непрерывно росли.
Все это свидетельствовало о переживаемом страной затяжном экономическом кризисе. Положение усугублялось тем, что помощь международных финансовых организаций уменьшилась с 600 млн. долл. в 1989 г. до 50 млн. к концу 1990-х годов. При этом западные инвесторы требовали от суданского правительства проведения ряда мер, включающих устранение государственной монополии во всех сферах экономики (за исключением добычи нефти), ликвидации или приватизации государственных предприятий, банков, сокращения государственных расходов, либерализации экспорта, отмены контроля над ценами и пр.
В феврале 1992 г. была сформирована Переходная национальная ассамблея, призванная функционировать до избрания постоянно действующего парламента. 16 октября 1993 г. СКРНС принял решение о самороспуске и назначении Омара аль-Башира президентом. В марте 1996 г. в Судане состоялись парламентские и президентские выборы, в ходе которых главой государства был избран аль-Башир, а председателем парламента стал Хасан Абдалла ат-Тураби (руководитель НПФ).
В конце 1990-х годов экономическая политика руководства была направлена, прежде всего, на изыскание внутренних ресурсов для дальнейшего развития. Позитивное воздействие на состояние финансовой ситуации в Судане оказала помощь арабских стран и некоторых международных организаций в 1999 г. Учитывая огромную задолженность Судана, руководство заинтересованных министерств и ведомств страны, в первую очередь Национального банка Судана, стало придерживаться тактики поиска внешних источников финансирования под конкретные проекты создания новых производственных мощностей, объектов транспорта, а также туризма.
Наметившаяся после съезда Национального конгресса в октябре 1999 г. тенденция к консолидации значительной части политических сил в стране позволила Омару аль-Баширу выступить с очередной инициативой, направленной на нормализацию отношений с оппозицией. Эти шаги не нашли поддержки у исламских фундаменталистов. Главной причиной обострения отношений между президентом и духовным лидером страны ат-Тураби стал вопрос о дальнейшем пути развития политической системы страны. Президент посчитал, что властные амбиции и пропагандистская деятельность спикера парламента (ат-Тураби) зашли слишком далеко. Назревший политический кризис аль-Башир разрешил 12 декабря 1999 г., объявив о введении чрезвычайного положения сроком на три месяца и роспуске парламента.
Закрепляя достигнутый успех, в начале 2000 г. Омар аль-Башир подписал ряд документов по кадровым вопросам в высшем эшелоне государственной власти. Одновременно президент предпринял ряд шагов по укреплению своих позиций в Национальном конгрессе Судана (НКС). На состоявшемся 24 января 2000 г. пленуме Консультативного совета (ЦК) было принято решение о предоставлении председателю НКС (Омару аль-Баширу) права на осуществление контроля за проведением общественно-политического Конгресса и ряд других полномочий. Таким образом, политический кризис в Судане закончился укреплением позиций президента страны как на уровне исполнительной власти, так и в партийных структурах.
В общественно-политической жизни страны в 1990-е годы усиливалось влияние исламских фундаменталистов. «Братья-мусульмане» все больше подчиняли себе национальную политику. Усилению их влияния способствовало ухудшающееся экономическое положение, растущий многократный разрыв в доходах и уровне жизни между небольшой группой людей, стоящих у власти, и основной массой населения. Правящая элита арабского происхождения стремилась упрочить свое господство над обществом и государством и исламизировать Судан. Именно это ее стремление служит основой продолжающегося вооруженного конфликта на Юге. Представители НОАС утверждали, что добиваются создания в стране светского общества и предоставления этническим и религиозным меньшинствам более весомого голоса в делах управления государством.
К началу XXI столетия НИФ контролировал практически всю общественно-политическую жизнь страны. Его служба безопасности внедрена в армию, полицию, гражданские структуры. Отряды милиции НИФ насчитывали 80 тыс. человек, т. е. почти половину численности суданской армии. Правительство Судана под давлением НИФ предоставляло убежище исламским группировкам из разных стран. На территории Судана создавались лагеря по подготовке боевиков, готовых действовать во имя торжества ислама.
В результате Судан стал рассматриваться некоторой частью мирового сообщества как страна, откуда экспортируется исламская революция во все близлежащие африканские и арабские страны. Все это вело к изоляции Судана на международной арене и ставило под вопрос получение займов от МВФ и МБРР. Следует подчеркнуть, что исламизация страны не способствовала улучшению экономического положения, не решила социальных проблем, не остановила продолжающуюся кровопролитную войну между Севером и Югом. Поэтому большинство бывших лидеров разных политических партий находятся в оппозиции режиму и требуют создания правового демократического государства.
