На выборах в августе 1959 г. Альянс утратил часть своих позиций. Если в 1955 г. он собрал 81,7 % голосов, то на парламентских выборах 1959 г. — лишь 51,5 %. В этом отразилось как изменение численности и состава избирателей (в 1959 г. число граждан было в два раза больше, чем в 1955 г., причем малайцы составляли не 80–90 % избирателей, а лишь 56,8 %), так и недовольство внешней и внутренней политикой Альянса, особенно сохранением односторонней внешнеполитической ориентации и продолжавшимися преследованиями оппозиционных сил.

Альянс сумел удержать большинство в парламенте, получив 74 места из 104. ПМИП досталось 13 мест в парламенте и удалось добиться большинства в государственных советах Келантана и Тренггану. НСФМ получил 8 мест в парламенте и 16 — в государственных советах, подтвердив свое влияние в западных, наиболее развитых районах страны.

Наиболее заметной тенденцией в экономическом развитии страны после выборов 1959 г. стал курс на самостоятельную экономическую политику, имевший целью ускорение темпов индустриализации и структурное преобразование хозяйства. Стержнем в решении этих задач стало развитие национального частного предпринимательства. Малайское правительство продолжало курс на привлечение иностранного капитала. С рядом стран были подписаны соглашения об освобождении иностранных компаний от дополнительного налогообложения и выплате компенсаций в случае национализации или конфискации их имущества. Все эти мероприятия в сочетании с подготовкой первого плана экономического развития и началом некоторых преобразований в деревне (развитие кооперативного движения, освоение целинных земель и предоставление земли безземельным крестьянам) укрепили позиции Союзной партии.

31 июля 1960 г. было объявлено об окончании периода чрезвычайного положения. Стоявшее на позициях антикоммунизма правительство сразу после выборов 1959 г. заявило, что мира с коммунистами быть не может. В 1958–1960 гг. были разгромлены основные партизанские базы, кроме находящихся вблизи таиландской границы. Численность партизан к 1960 г., по подсчетам малайского правительства, сократилась до 700 человек.

При отмене чрезвычайного положения была принята поправка к ст. 149 конституции, согласно которой парламент имел право издавать законы против «подрывной деятельности и в целях сохранения общественной безопасности», даже если они нарушали гражданские права. Немедленно был принят Закон о внутренней безопасности, дававший правительству право заключать граждан в тюрьму без суда и следствия на срок до двух лет и объявлять любую отрасль хозяйства «имеющей особое значение» для государства, т. е. запрещать забастовки.

27 мая 1961 г. Абдул Рахман выдвинул идею создания Федерации Малайзии, которая включила бы в свой состав Малайскую Федерацию, Сингапур, Саравак, Сабах и Бруней.

Руководители Малайи рассчитывали путем создания федерации, включающей Сингапур с его портом мирового значения, укрепить экономическое положение страны и образовать сильное государство в Юго-Восточной Азии, в котором бы они занимали руководящее положение. Идти на объединение только с Сингапуром руководители Малайи не хотели. Буржуазия Малайи опасалась конкуренции со стороны более сильной сингапурской буржуазии, кроме того, объединение с Сингапуром, где преобладало китайское население, грозило изменить численное соотношение малайцев и китайцев в пользу последних. Включение же в федерацию территорий Калимантана (Северного Борнео) с их малайским и даякским населением (часть последнего исповедовала к тому же ислам) несколько уравновешивало этот баланс.

В Малайе идею объединения поддержала Союзная партия. Съезд ОМНО — крупнейшей силы Союзной партии, проходивший в августе 1962 г., одобрил создание Малайзии и принял резолюцию о присвоении Абдул Рахману титула «Отец Малайзии». Против создания Малайзии выступила оппозиция — НСФМ и ПМИП. Англия оказала поддержку планам создания Малайзии, надеясь сохранить свои позиции в Юго-Восточной Азии.

В мае июле 1962 г. в Лондоне состоялись переговоры между Абдул Рахманом и английским премьером Г. Макмилланом. Результатом переговоров было решение провозгласить Малайзию 31 августа 1963 г. и создать Межправительственный комитет для окончательной разработки условий вступления в нее Саравака и Сабаха.

8 июля 1963 г. представители Англии, Малайской Федерации, Сингапура, Саравака и Сабаха подписали в Лондоне соглашение о создании 31 августа 1963 г. Федерации Малайзии.

Основные принципы объединения были следующими. В основу конституции нового государства была положена конституция Малайской Федерации, Федерация Мамай тин состояла из 12 штатов, но штаты Сингапур, Саравак и Сабах обладали значительно большей автономией, чем девять штатов, составлявших Малайскую Федерацию. Правитель государства — янг дипертуан негара — избирался из числа малайских султанов. Нижняя палата парламента (палата представителей) состояла из 159 депутатов: 104 — от Малайи, 24 — от Саравака, 16 — от Сабаха и 15 — от Сингапура. В верхней палате (сенате) каждый штат имел двух представителей, но, кроме того, Саравак и Сабах назначали дополнительных членов сената. Государственным языком провозглашался малайский, на Северном Калимантане наряду с ним продолжал оставаться официальным языком и английский. Права, предусмотренные для малайцев, распространялись и на коренное население Саравака и Сабаха. В экономической сфере Саравак и Сабах сохраняли контроль над большей частью своих доходов и получали финансовую помощь федерального правительства.

Планы создания Малайзии привели к усилению напряженности в Юго-Восточной Азии. Летом 1962 г. президент Филиппин Д. Макапагал предъявил официальные претензии на Сабах, ссылаясь на то, что султан Сулу в 1878 г. не продал Сабах Компании Британского Северного Борнео, а лишь отдал его в аренду. Еще более серьезное положение создалось в 1963 г., когда против планов создания Малайзии выступила Индонезия.

С конца 1962 г. Индонезия начала оказывать помощь повстанческому антималайзийскому движению на Северном Калимантане, лидеры которого нашли поддержку и на Филиппинах. Индонезия и Филиппины заявили, что они согласятся с созданием Малайзии только в случае, если ООН подтвердит поддержку создания Малайзии населением Северного Калимантана. В ответ Абдул Рахман подчеркнул, что Малайзия в любом случае будет создана 31 августа 1963 г.

Это вызвало недовольство Индонезии и Филиппин, и Абдул Рахман на манильском совещании глав трех правительств (30 июля — 5 августа) согласился на проведение опроса в Сараваке и Сабахе комиссией ООН до провозглашения Малайзии. Комиссия ООН, работавшая в Сараваке и Сабахе с 26 августа по 5 сентября 1963 г., пришла к выводу, что большинство населения поддерживает Малайзию. Индонезия и Филиппины не признали выводов комиссии.

16 сентября в Куала-Лумпуре состоялось провозглашение нового государства — Федерации Малайзия. На следующий день после создания Малайзии произошли нападение на индонезийское посольство в Куала-Лумпуре и разгром малайского и английского посольств в Джакарте. Дипломатические отношения Малайзии с Индонезией и Филиппинами были прерваны. В такой обстановке начала свое существование Федерация Малайзия.

Вторая мировая война привела к зарождению национально-освободительного движения на Калимантане (Северном Борнео), хотя оно из-за отсталости, сохранения родоплеменных отношений во внутренней части острова, отсутствия значительного городского населения развивалось замедленными темпами и проявилось лишь в конце 1950-х — начале 1960-х годов.

В июле 1946 г. Саравак и Сабах стали колониями короны. Для их послевоенного развития характерно медленное восстановление экономики, сохранявшей довоенные черты: слабое развитие промышленности, существование подсечно-огневой системы земледелия, низкий уровень агротехники.

По-прежнему решающие позиции занимал английский капитал. В его руках находилась инфраструктура, торговля, банки, крупные плантации каучука, какао, кокосовой пальмы, абаки, лесоразработки в Сабахе и добыча нефти в Сараваке. После войны ускорился процесс развития товарно-денежных отношений в сельском хозяйстве, что привело к увеличению прослойки мелкобуржуазных элементов среди китайского населения на побережье и среди крестьян-аборигенов во внутренних районах. Выросла и местная буржуазия, преимущественно китайская по происхождению, которая занималась торговлей, выращиванием экспортных культур, владела небольшими предприятиями обрабатывающей и добывающей промышленности, ресторанами, гостиницами и т. д.