Несколько лет Пакистан отказывался от всяких дипломатических контактов с Кабулом. Однако обстановка в стране и позиция ООН вынудили Исламабад начать в июне 1982 г. непрямые переговоры с правительством Афганистана. Переговоры проходили в Женеве при участии и посредничестве личного представителя генерального секретаря ООН. Завершились они в апреле 1988 г., когда обе стороны подписали соглашение, по которому взяли на себя обязательства «уважать суверенитет друг друга и не вмешиваться во внутренние дела друг друга». Гарантами этого и других Женевских соглашений выступили СССР и США. В соответствии с этими соглашениями Советский Союз 15 мая 1988 г. начал вывод своих войск из Афганистана и 15 февраля следующего года завершил его. Пакистан постоянно нарушал достигнутые соглашения и продолжал по-прежнему оказывать всестороннюю поддержку афганской оппозиции.

Длительное пребывание военных у власти вызывало недовольство различных групп населения. В оппозиции режиму находилась демократически настроенная общественность, требовавшая восстановления представительных органов управления. Недовольна была значительная часть политической элиты страны, отстраненная от государственной власти. В рядах оппозиции были многие профессиональные группы, права которых ущемлялись военным режимом. Активно выступали многочисленные и влиятельные в стране юристы, сфера деятельности которых была сужена работой военных судебных органов и исламизацией судопроизводства. В антиправительственном движении важную роль играли женские организации, поскольку политика военных властей, поддержанная фундаменталистами, была направлена на ограничение участия женщин в общественно-политической деятельности. Оппозиционное движение в стране протекало на фоне растущего недовольства условиями жизни широких слоев пакистанского населения.

В период правления военного режима М. Зия-уль-Хака в различных районах страны происходили выступления студентов, рабочих, служащих, представителей интеллигенции, религиозных и национальных меньшинств. Наиболее массовым по размаху и острым по форме было антиправительственное движение во второй половине 1983 г., основной базой которого был Синд, где режим М. Зия-уль-Хака вызывал наибольшую неприязнь. Против восставших были брошены вооруженная полиция и регулярные воинские части, нередко применялась авиация. «Наведение порядка», сопровождавшееся многочисленными жертвами, затянулось на многие месяцы и завершилось лишь в начале 1984 г. После этого власти сочли целесообразным начать медленную трансформацию открытой военной диктатуры в гражданский режим с представительными формами правления.

Начало преобразованию военного режима положил проведенный 19 декабря 1984 г. референдум об одобрении проведения политики исламизации. Как следствие положительного результата, а иного и быть не могло, было объявлено «избрание» М. Зия-уль-Хака президентом на следующее пятилетие. В феврале 1985 г. состоялись выборы в Национальное собрание и законодательные собрания провинций; в марте был сформирован сенат. Все эти выборы проводились на непартийной основе, в условиях военного положения; власти контролировали избирательную кампанию на всех этапах ее подготовки и проведения. Оппозиционные организации бойкотировали выборы. Естественно, большинство членов законодательных органов было лояльно к режиму; из их числа были сформированы кабинеты министров в центре и в провинциях. Главой центрального правительства стал малоизвестный тогда политический деятель из Синда М.Х. Джунеджо. Депутаты правительственного большинства вступили в Мусульманскую лигу, которую он и возглавил. Правящей партии противостоял созданный еще в 1981 г. блок основных оппозиционных партий (решающую роль в нем играла ПНП) — Движение за восстановление демократии (ДВД). Основным его требованием были немедленная отмена военного режима и восстановление гражданского правления.

Готовясь к отмене военного положения, М. Зия-уль-Хак в течение 1985 г. провел через послушный ему парламент ряд поправок к конституции 1973 г., которые существенно расширили президентские полномочия. Особенно важной была 8-я поправка, которая передавала президенту основные полномочия, бывшие в руках премьер-министра, согласно первоначальному тексту Основного закона, и делала его таким образом первым лицом во властной иерархии. После этого 30 декабря 1985 г. военное положение было отменено. Президент Зия-уль-Хак при этом остался на действительной военной службе и сохранил пост начальника штаба армии. Впервые в истории Пакистана в условиях гражданского правления в руках одного человека оказалась сосредоточена высшая гражданская и военная власть.

Несмотря на принципиальную близость президента и главы правительства по основным государственным проблемам, между ними существовали и определенные расхождения по ряду вопросов. Наиболее существенными были различия в подходе к афганской проблеме. Президент и его окружение занимали более жесткую позицию, поддерживали наиболее экстремистские круги афганской оппозиции. Расхождения по этой проблеме усилились на завершающей стадии афгано-пакистанских переговоров в Женеве и в отношении выполнения достигнутых соглашений. 29 мая 1988 г. президент распустил законодательные органы и уволил в отставку центральное и провинциальные правительства, возложив на них ответственность за острые социально-экономические проблемы, рост коррупции, спекуляции, преступности. М. Зия-уль-Хак сам возглавил сформированное им новое правительство страны и назначил на 16 ноября всеобщие выборы на непартийной основе. В дальнейший ход событий вмешался трагический случай (по некоторым сведениям, тщательно подготовленный) — 17 августа 1988 г. президент вместе с группой высших военачальников и американским послом в Пакистане погиб в авиакатастрофе.

В течение рассматриваемого периода в Пакистане проводились выборы законодательных органов, формировались ответственные перед ними органы исполнительной власти. Усилилась роль судебной власти. Начала формироваться двухпартийная система. Частые политические кризисы решались в рамках конституции, законным путем, без насилия и кровопролития.

Однако и на этот раз попытка налаживания работы современного гражданского государственно-политического механизма оказалась неудачной. Благоприятных для этого процесса факторов оказалось явно недостаточно. Субъективно население страны, как и прежде, не было готово к восприятию демократических форм правления. Военные, пребывая у власти, буквально вытаптывали хилые ростки парламентской демократии — во время их длительного правления в стране была резко ограничена политическая деятельность, бездействовали представительные органы власти, деформировался законотворческий процесс, теряли свое значение партии, укреплялась вера в правление «сильной руки». Беря на себя всю власть, военные препятствовали подготовке управленческих кадров из гражданских лиц. Целые поколения политических деятелей оказались отстраненными от участия в государственной деятельности.

В Пакистане не сложились принципы, нормы и традиции конституционно-парламентской системы. Не была отработана система разделения властей. Почти не действовала система сдержек и противовесов, и возникающие проблемы решались в пользу той ветви власти, которая в данный момент была сильнее. Неудачной оказалась попытка создания двухпартийной системы.

Весь период гражданского правления проходил в условиях постоянной политической нестабильности, острых правительственных кризисов, досрочных роспусков представительных органов и отставок кабинетов министров. Ни один состав парламента и правительства не проработал положенные по конституции пять лет. В условиях острой борьбы за власть претерпевали изменения личностные отношения — вчерашние друзья и единомышленники в борьбе за главенство становились врагами. Возрождение политической жизни сопровождалось нарастанием экономического кризиса, ухудшением положения многих групп населения, невиданным разгулом коррупции и спекуляции. В соответствии с международными критериями Пакистан занимал «почетное» место в тройке самых коррумпированных стран мира. Внутренние трудности страны дополнялись ростом числа кровавых столкновений на религиозной и этнической почве. Именно в 1990-е годы под эгидой фундаменталистских партий возникли основные военизированные экстремистские организации для борьбы с «неверными» в Кашмире и поддержки талибов в Афганистане. Вскоре их террористическая деятельность стала угрожать и самому Пакистану.