В мае 1976 г. временное правительство Восточного Тимора обратилось к Индонезии с просьбой о присоединении. 17 июля Восточный Тимор стал 27-й провинцией республики. Власти Индонезии пытались вписать аннексию Восточного Тимора в контекст деколонизации, но этот подход был бесплоден по следующим причинам: 1) индонезийские войска пришли на Восточный Тимор не как освободители от иностранной власти, а как чужеземная сила, вмешавшаяся во внутренний конфликт; 2) на Восточный Тимор пришла армия, привыкшая не ограничивать себя в методах подавления оппозиции и всего за семь-восемь лет до этого уничтожившая не менее, а, скорее всего, более 500 тыс. соотечественников. Сопротивление ФРЕТИЛИН вызвало у не имевших подлинного боевого опыта индонезийских военных ожесточение, и они срывали его на мирном населении; 3) на первый план выступили расовые, этнические и религиозные различия, в частности дихотомия «христиане — мусульмане».

Правительство Индонезии провозгласило на Восточном Тиморе, как и во всей стране, приоритет политики экономического роста, подчинив ей остальные сферы бытия. В планах развития в качестве главных направлений для Восточного Тимора были определены сельское хозяйство, коммуникации, здравоохранение, образование, вовлечение населения в активную экономическую деятельность, рост уровня жизни, активизация связей с другими регионами, создание рабочих мест, совершенствование госаппарата.

Экономический курс в целом был эффективным. Темпы развития на Восточном Тиморе в отдельные годы почти в полтора раза превышали средние по стране. Душевой доход в 1983–1992 гг. рос на 7,1 % в год против 5 % по Индонезии и к 1988 г. достиг 200 долл. С 1976 по 1990 г. площадь под рисом выросла с 8000 до 22 400 га, а урожайность — в три раза, под кукурузой — с 12 600 до 34 800 га, урожайность — почти втрое.

Число начальных школ в 1976–1991 гг. выросло с 47 до 559, учеников — с 1350 до 95 850, средних школ первой ступени — с 2 до 94, учеников — с 315 до 31 482, второй ступени — с 2 до 47, учеников — с 64 до 19 665. В 1986 г. в столице Восточного Тимора Дили открылся университет, в который было принято 500 студентов, через год — еще 300. Существенными были сдвиги в здравоохранении. В сфере занятости изменения в сравнении с колониальным периодом были минимальными. В 1990 г. 83,5 % населения были заняты в сельском хозяйстве, 9,1 — в торговле, 2,9 — в сфере услуг, 2,6 — в обрабатывающей промышленности, 1 % в строительстве.

Правительство не всегда предвидело социальные и политические последствия развития. Выпускники средней и высшей школы с трудом находили работу в родных местах и тем более в других районах Индонезии. В то же время на Восточный Тимор с Явы и других островов были переселены до 100 тыс. человек — педагоги, врачи, чиновники, торговцы, квалифицированные рабочие, крестьяне. Отличавшиеся в этническом и религиозном отношениях от коренных тиморцев, переселенцы заняли ключевые позиции в технической сфере, связи, электроэнергетике, контролировали 75 % деловой активности. Поэтому большинство тиморцев не воспринимали успехи программ развития как свои собственные. Деколонизации не произошло, ибо не расширялось самостоятельное участие этноса в судьбах своей территории. Политические просчеты наложились на царившие в Индонезии коррупцию и произвол. Семья Сухарто контролировала выращивание сахарного тростника и кофе, лесоразработки, нефтедобычу на 40 % территории Восточного Тимора.

Индонезийские власти не раз объявляли о разгроме ФРЕТИЛИН, но сопротивление продолжалось. Репрессии против партизан еще более ожесточали население. В городах активизировалась политизированная молодежь. Расстрел демонстрации тиморцев 12 ноября 1991 г. (не менее 50 человек было убито и 91 ранен) вызвал осуждение в мире. Официально Джакарта признала, что войска превысили допустимые пределы, но главком вооруженных сил Три Сутрисно заявил, что расстрелы будут продолжаться. Отношение мировой общественности к борьбе тиморцев отразилось в присуждении в 1996 г. Нобелевской премии мира епископу Восточного Тимора Карлушу Бело и диссиденту-эмигранту Жозе Рамушу Орте.

Время от времени представители Джакарты и ФРЕТИЛИН вступали в переговоры, но их позиции оказывались непримиримыми, и боевые действия продолжались. По некоторым данным, после 1975 г. погибло от 100 до 200 тыс. тиморцев (при населении около 800 тыс.).

Падение репрессивного режима в Индонезии в мае 1998 г. значительно усилило позиции ФРЕТИЛИН. Президент Б.Ю. Хабиби 27 января 1999 г. предложил народу Восточного Тимора выбор: расширенная автономия в составе Индонезии или полная независимость. Несмотря на трагизм предыдущих событий, смена режима в Джакарте могла способствовать сохранению Восточного Тимора в составе Индонезии. Многие лидеры сопротивления были склонны к компромиссу. Во всеобщих выборах в июне 1999 г. на Восточном Тиморе участвовали 94 % избирателей, из них более половины поддержали Организацию функциональных групп (партию власти прежнего режима). Но действия армейской элиты, которая, не полагаясь на политические методы, сформировала отряды так называемой милиции и начала террор против сторонников независимости, толкнули многих колеблющихся в ряды оппозиции. Опрос 30 августа 1999 г. при участии 98 % электората дал 78 % голосов в пользу отделения от Индонезии.

После этого террор еще более ужесточился. 7 сентября в провинции было введено военное положение, а 12 сентября Б. Хабиби дал согласие на ввод войск ООН на Восточный Тимор. 26 октября 1999 г. Совет Безопасности ООН учредил Временную администрацию ООН на Восточном Тиморе. По инициативе ООН и Всемирного банка в декабре 1999 г. в Токио был основан Клуб стран-доноров для восстановления Восточного Тимора с первоначальным капиталом 520 млн. долл.

Миротворческие войска с трудом противостояли милиции, базировавшейся в западной части Тимора. В июле 2000 г. было создано переходное правительство, пять членов которого были тиморцами, а четыре — представителями ООН с последующей заменой местными жителями.

На выборах в Учредительное собрание 30 августа 2001 г. 55 мест из 88 получил ФРЕТИЛИН, еще 6 — близкая к Фронту Тиморская социал-демократическая ассоциация. По конституции, принятой в феврале 2002 г., государство Восточный Тимор является парламентской республикой во главе с президентом с ограниченными полномочиями. Официальные языки — португальский и тетум, рабочие — английский и индонезийский.

14 апреля 2002 г. президентом был избран лидер национального движения Шанана Гужмао. В ночь с 19 на 20 мая была провозглашена независимость Восточного Тимора. 20 мая Российская Федерация признала новое государство.

17 августа 1945 г. в Джакарте была провозглашена независимость Республики Индонезия. Днем позже Комитет по подготовке независимости принял конституцию, призванную стать платформой объединения многочисленных этносов, политических течении и конфессий. Она рассматривалась как временная, подлежащая совершенствованию по мере развития событий. Сравнительно детально были прописаны прерогативы властных органов при перевесе в пользу исполнительной ветви во главе с президентом. Им стал признанный лидер национально-освободительного движения Сукарно. Пост вице-президента занял видный деятель борьбы за независимость Мохамад Хатта. В преамбулу конституции вошли принципы панча сила — вера в единого Бога, справедливая и цивилизованная гуманность, единство Индонезии, демократия на основе консультаций между народными представителями и социальная справедливость. Основные функции в социально-экономической сфере отводились государству (ст. 33): экономика страны создается совместными усилиями на общественной основе; важные для государства и жизни народа отрасли производства находятся в руках государства; земля, вода и природные богатства, находящиеся в них, принадлежат государству и максимально используются для поднятия благосостояния страны.