Узбекское руководство всегда настороженно следило за развитием событий в соседнем Афганистане. Изменение соотношения сил конфликтующих афганских группировок, начавшееся с 1994 г., вынудило Ташкент усилить неофициальную помощь одному из афганских лидеров — узбекскому генералу Дустуму. С июля 1994 г. Узбекистан является участником программы НАТО «Партнерство во имя мира». В отношении СНГ руководство Узбекистана всегда занимало критическую позицию. Узбекистан не является участником тесных кооперационных экономических объединений в рамках СНГ. В 1998 г. республика отказалась подписать протокол о продлении действия Договора о коллективной безопасности и тем самым вышла из него. Однако нестабильная обстановка в регионе и особенно в Афганистане вынуждала Узбекистан искать союзников в решении региональных проблем. В 1997 г. президент Узбекистана выступил с инициативой создания специальной комиссии по афганской проблеме по формуле «6+2» (соседи Афганистана — Иран, Китай, Пакистан, Таджикистан, Туркменистан и Узбекистан плюс представители России и США) под эгидой ООН.

Сложная международная обстановка в регионе, связанная с деятельностью радикального движения «Талибан» в Афганистане, и жесткая внутренняя политика президента Каримова по отношению к политической оппозиции способствовали активизации экстремистских группировок в Узбекистане. 16 февраля 1999 г. одновременно в нескольких местах столицы республики, в том числе у здания правительства, произошли взрывы. Погибли 16 человек, десятки получили ранения. Проведенное властями следствие показало, что организаторами и исполнителями террористических актов выступали члены религиозного Исламского движения Узбекистана. Террористы надеялись, что им удастся посеять страх в обществе и парализовать деятельность государственных органов, а это, по их мнению, должно было облегчить захват власти исламистами. Одновременно с проведением взрывов намечалось вторжение на территорию Узбекистана отрядов вооруженных боевиков с территории Афганистана.

Решительными и жесткими действиями спецслужб Узбекистана эти планы были сорваны. Исполнители террористических актов предстали перед судом. Власти постарались связать подрывную деятельность Исламского движения Узбекистана с именем политического лидера партии «Эрк» Салиха. Последний был заочно приговорен к длительному сроку лишения свободы.

Происшедшее привело к определенным изменениям во внутренней политике президента Каримова. Государство временно отказалось от проведения дальнейшей либерализации в экономической и политической сферах жизни общества. Наоборот, был усилен репрессивный элемент в государственной политике. Такому повороту способствовало очередное обострение обстановки в Центральной Азии. В июле 1999 г. на территорию пограничного с Узбекистаном Баткентского района Кыргызстана проникли формирования исламских боевиков. По данным средств массовой информации, в планы боевиков входило вторжение на территорию узбекской части Ферганской долины, а Кыргызстан должен был стать лишь коридором для их прохода.

С большим трудом кыргызским военным с помощью ВВС Узбекистана удалось разгромить боевиков. Очередное осложнение привело к тому, что руководство Узбекистана приняло решение о минировании ряда участков государственной границы с Кыргызстаном и Таджикистаном, откуда можно было ожидать проникновения вооруженных исламистов. Кроме этого, население некоторых высокогорных кишлаков Узбекистана было переселено в другие места проживания, чтобы исключить потенциальную возможность использования этих людей в боевых операциях исламистов.

В сентябре 1999 г. новая политическая партия — «Фидокорлар» («Самоотверженные») выдвинула кандидатом на предстоящие президентские выборы Ислама Каримова. 8 октября того же года НДПУ выдвинула своего кандидата — первого секретаря ЦК партии А. Джалилова. 11 октября на своих съездах партии «Ватан тараккиети» и «Адолат» избрали кандидатуру И. Каримова. На следующий день его же выдвинула и демократическая партия «Миллий тикланиш».

5 и 19 декабря 1999 г. состоялись выборы в Олий маджлис, а 9 января 2000 г. — выборы президента. Ислам Каримов получил 91,9 % голосов избирателей.

В мае 2000 г. произошло объединение партий «Ватан тараккиети» и «Фидокорлар». Новая организация получила наименование Национально-демократическая партия Узбекистана «Фидокорлар». Формально партия ориентируется на интеллигенцию, предпринимателей и фермеров.

Киргизия — самая маленькое государство Центральной Азии, ее население около 5 млн. человек. Политика перестройки, начатая кремлевским руководством в середине 1980-х годов, открыла дорогу для обретения независимости бывшими союзными республиками СССР. В Киргизии подъем общественных движений был одним из самых значительных в регионе. Этому в немалой степени способствовали социально-экономические факторы. Горная республика всегда была дотационной в составе СССР, и поэтому, когда наметился кризис плановой системы экономики в стране, по больно ударило по интересам жителей Киргизии. В этот период наблюдался активный процесс переселения значительной части сельской киргизской молодежи в крупные города, такие как Бишкек (в то время — Фрунзе) и Ош Властные структуры далеко не всегда старались решать бытовые вопросы населения. В результате процесс демократизации в республике совпал с радикализацией настроений этой части киргизского народа. Борьба за предоставление земельных участков под застройку жилья трансформировалась у части вновь возникших организаций («Ашар», «Асаба») в движение против коммунистической номенклатуры. В мае 1990 г. произошло объединение 24 организаций в Демократическое движение Кыргызстана, программные установки включали требования установления многопартийности в республике и введения частной формы собственности.

Весной и в начале лета 1990 г. республику потрясли ошские события. Город Ош — неофициальная столица юга республики — испытывал те же проблемы с земельными участками и жильем, что и г. Фрунзе. Однако местное коммунистическое руководство необдуманно приняло решение выделить киргизским переселенцам землю под строительство в районах, где традиционно проживала узбекская часть населения. На этой почве начались мелкие стычки, быстро переросшие в крупный межнациональный конфликт. С обеих сторон стали раздаваться откровенно экстремистские призывы, начались погромы и убийства. В начале июня 1990 г. в ряде регионов республики был введен комендантский час, из Москвы прибыли части войск особого назначения, которым удалось предотвратить расширение конфликта. Тем не менее, в ходе конфликта погибло более сотни человек.

Ошские события послужили катализатором политического развития Киргизии. Летом 1990 г. политическая активность населения стала стремительно нарастать. Происходило размежевание внутри коммунистической партии на реформаторское и консервативное крыло. Активисты из Демократического движения Кыргызстана провели серию акций гражданского неповиновения. Объявленная ими политическая голодовка содержала требования отмены знаменитой шестой статьи конституции СССР о руководящей роли коммунистической партии, введении поста президента, необходимости политической оценки ошских событий, отставки с поста председателя Верховного Совета республики лидера коммунистов А. Масалиева. Акции демократов находили сочувствие и поддержку среди широких слоев киргизстанцев. Столица республики становилась ареной ежедневных митингов и демонстраций.

С большим трудом после нескольких туров голосования в Верховном Совете на вновь учрежденную должность президента 27 октября 1990 г. был избран глава Академии наук Киргизской ССР Аскар Акаев. Через месяц было изменено официальное название страны — она стала именоваться Республика Кыргызстан. 15 декабря 1990 г. Верховный Совет принял Декларацию о государственном суверенитете Республики Кыргызстан. Одновременно было изменено административное деление республики: были восстановлены Нарынская и Таласская и образованы Чуйская и Джалалабадская области. В феврале 1991 г. было восстановлено историческое название столицы республики: г. Фрунзе был переименован в Бишкек.