Политическое развитие Северного Калимантана также происходило замедленными темпами. Даже обычные для английских колоний Законодательный и Исполнительный советы возникли в Сабахе в 1950 г., а в Сараваке — в 1957 г. В 1956 г. в Законодательном совете Сабаха появились недолжностные члены, среди которых важную роль играл издатель первой в Сабахе газеты «Норс Борнео Ньюс энд Кадазан Таймс» Дональд Стефенс, кадазан по происхождению.

В 1959 г. в Сараваке возникла первая политическая партия — Объединенная народная партия Саравака (ОНПС), генеральным секретарем которой стал юрист Стефен К.Т. Йон. Партия опиралась в основном на мелкобуржуазные слои китайского (в меньшей степени ибанского) населения. Она выступала за самоуправление Саравака и объединение всех территорий Северного Калимантана.

Несколько быстрее в послевоенные годы шло политическое развитие Брунея, где в 1956 г. возникла Народная партия, возглавленная шейхом Азахари. Основную массу ее членов составляли малайцы, она была связана с левыми индонезийскими партиями, а также с такими малайскими политическими деятелями, как Ахмад Бустаман и Бурхануддин. Партия выступила за создание парламентской конституционной монархии во главе с султаном Брунея, объединяющей все территории Северного Калимантана.

В Сараваке против создания Малайзии выступила самая влиятельная политическая партия — ОНПС. Другие партии, возникшие в 1961–1962 гг., поддержали идею образования Федерации. В 1963 г. возник Объединенный фронт, переименованный затем в Союзную партию Саравака, опиравшуюся на даяков и зажиточные слои китайского населения. В июне 1963 г. в Сараваке прошли выборы в советы дистриктов. Совиная партия получила 138 мест (в основном в даякских районах), ОНПС — 116. Администрация расценила выборы как выражение поддержки проекту создания Малайзии.

В Сабахе, как и в Сараваке, борьба вокруг плана создания Малайзии способствовала значительной активизации политической жизни. Достаточно сказать, что если до выступления Абчул Рахмана в Сабахе не было ни одной политической партии, то к концу 1961 г. их насчитывалось уже пять. Осенью 1962 г. все они слились в Союзную партию Сабаха, которая в декабре 1962 г. одержала внушительную победу на выборах в советы дистриктов (104 места из 119).

К драматическим событиям привела борьба вокруг проекта создания Малайзии в Брунсе. Здесь в сентябре 1962 г. состоялись выборы в советы дистриктов, на которых возглавляемая Азахари Народная партия одержала победу. Это дало ей все 16 избираемых мест в Законодательном совете. Тем не менее, большинство в совете (17 из 33) принадлежало назначенным султаном членам, и поэтому предложения Народной партии о конституционных реформах и создании независимого государства Северный Калимантан до образования Малайзии были отвергнуты. 8 декабря 1962 г. в Брунее вспыхнуло восстание, руководимое Народной партией. Была создана Тентара Насиональ Калимантан Утара (Национальная армия Северного Калимантана), которая атаковала полицейские участки. Султан Омар Али Сайфуддин-шах бежал из своей столицы.

Восстание перекинулось на соседние территории Саравака и Сабаха. Оправившись от первого неожиданного удара, англичане перебросили по воздуху и морю войска из Сингапура и через несколько дней подавили восстание. 20 декабря султан распустил Законодательный совет. Начались массовые аресты и преследования членов Народной партии. В Малайе и Сингапуре в начале 1963 г. были произведены аресты политических и профсоюзных деятелей, выступивших в поддержку Народной партии Брунея. Репрессии последовали и в Сараваке против членов ОНПС.

Малайско-брунейские переговоры кончились неудачей (султан Брунея был напуган недавним восстанием и не соглашался на то отчисление доходов от нефти в федеральный бюджет, на котором настаивала Малайя), и Бруней в Федерацию не вошел.

Западная Малайзия (Малайя и Сингапур) относилась к наиболее развитым районам Юго-Восточной Азии. Восточная (Саравак и Сабах) — к наименее развитым.

Важной чертой малайзийской экономики стала ее огромная зависимость от состояния мировой торговли, от колебаний цен на мировом рынке. Экономика Малайзии, носившая ярко выраженную экспортную направленность, базировалась на трех китах: сельском хозяйстве, горной промышленности и торговле.

Узким местом экономики страны являлась деревня, в которой продолжали сохраняться феодальные и дофеодальные формы эксплуатации крестьянства. На Северном Борнео земельная проблема остро не стояла, поскольку население там не было таким значительным, как в Малайе, и сохранялось общинно-родовое пользование землей.

Правительство Малайзии взяло курс на создание благоприятных условий для развития местной буржуазии с одновременным активным привлечением иностранного капитала. В деревне оно пыталось смягчить остроту аграрных отношений, приступив к выполнению программы сельскохозяйственного развития. Одновременно в первые годы существования Малайзии предпринимались усилия по более интенсивному развитию Восточной Малайзии.

Стержнем планов в Малайе являлась программа сельскохозяйственного развития. Промышленное же развитие финансировалось местным частным и иностранным капиталом, которому предоставлялись различные льготы. Правительство поощряло создание смешанных предприятий (с участием местного и иностранного капитала), давало льготы иностранным компаниям. В результате приток иностранного капитала в Малайзию в 1963–1965 гг. увеличился.

За первые годы своего существования Малайзия добилась явных экономических успехов. Так, уже в 1964 г. валовой продукт увеличился на 7 % по сравнению с 1963 г. В середине 1965 г. в стране действовало более 250 новых предприятий. Возросло производство каучука, олова и риса. Тем не менее, множество экономических проблем, в первую очередь таких, как диверсификация экономики, растущая безработица, аграрный вопрос, на путях привлечения иностранного и местного частного капитала без попыток серьезных реформ в социальной сфере оставались нерешенными. Помимо общих причин в 1963–1965 гг. действовали и другие факторы, осложнявшие положение в Федерации, из которых важнейшими были взаимоотношения с Индонезией и малайско-сингапурские противоречия.

Создание Малайзии способствовало дальнейшей поляризации политических сил в ее различных частях. К старой борьбе партий в каждой из составных частей нового государства добавилось теперь соперничество между крупнейшими политическими силами Малайи и Сингапура.

Для политической жизни Северного Борнео было характерно стремление консервативных сил консолидироваться, опираясь на поддержку Объединенной малайской национальной организации. В Сараваке ОМНО стремилась опереться на малайское население, а в Сабахе, где малайцев было мало, — на мусульманскую часть местных народностей. Позиции левых сил в Сараваке после неудачного восстания в Брунее и начала политики противостояния Малайзии, проводимой Индонезией, ослабли.

Центральным событием внутриполитической жизни Малайзии в 1964 г. стали парламентские выборы в самой крупной части Федерации — Малайе. Оппозиция правящей Союзной партии была, как и раньше, представлена двумя основными политическими силами — Народным социалистическим фронтом и Панмалайской исламской партией. Обе партии выступили на выборах с программой ликвидации Малайзии. Их объединяло также отрицательное отношение к внешней политике Малайзии и проиндонезийские симпатии.

Выборы 25 апреля 1964 г. принесли успех партии Абдул Рахмана. Союзная партия получила 89 из 104 мест, предназначенных для Малайи в федеральном парламенте (57 % голосов). Она также получила большинство в законодательных собраниях десяти штатов из одиннадцати. ПМИП провела девять депутатов в парламент Малайзии (7 % голосов) и сохранила большинство в Законодательном собрании штата Келанган. Социалистический фронт потерпел на выборах поражение, получив лишь два места в парламенте. Апрельские выборы 1964 г. укрепили положение Союзной партии и свидетельствовали об ослаблении левых сил в Малайе, немалую роль в котором сыграла поддержка многими из их лидеров индонезийской «политики конфронтации».