Вместе с тем неуклонно углублялось имущественное расслоение, наибольшая часть прироста доходов присваивалась самыми состоятельными слоями.
Предприниматели из числа этнических китайцев, обладая гораздо большим стартовым капиталом, опытом и международными связями, чем коренные индонезийцы, оказались на гребне волны экономического развития. Они вовлекали в свою деятельность военных и гражданских чиновников, обеспечивая себе мощное прикрытие. Растущее социальное неравенство накладывалось на этно-конфессиональные различия. Правительство пыталось ограничить проявления противоречий между китайской общиной и коренным населением, сводя эти меры в основном к этнической ассимиляции китайцев, что не могло решить проблему. Военная и гражданская бюрократия была заинтересована в сохранении некоторого уровня расовой напряженности и зависимости китайцев от защиты властей.
Менялась социальная структура общества. По оценке индонезийского политолога Ювоно Сударсоно, в 1996 г. к среднему классу (по местным критериям) относилось около 15,5 млн. человек, т. е. примерно 8 % населения страны. Формировался этот слой в значительной мере за счет роста числа частных предпринимателей и лиц «свободных профессий». Произвол и коррупция военной и гражданской бюрократии неизбежно порождали у них оппозиционные настроения. Но демократический потенциал среднего класса ограничивался тем, что в условиях поляризации общественного богатства и роста социальной напряженности он видел во власти свою защиту от озлобления низов. Кроме того, этот слой в значительной своей части формировался за счет выходцев из военной среды и китайской диаспоры, зависевших от благорасположения власти. Однако уже в 1980-х годах в Индонезии усиливаются голоса в пользу большей открытости политической системы, расширения гражданских прав населения, ограничения роли армии, самостоятельности законодательной и судебной ветвей власти.
Параллельно развивался противоположный процесс — тяга низов к насилию как средству выражения социального недовольства и разрешения этно-конфессиональных противоречий, переплетавшихся с имущественным неравенством. Происходили кровавые антикитайские погромы, поджоги торговых кварталов, христианских церквей и мечетей, особенно там, где (как, например, на Молуккских островах) переселенцы-мусульмане с Явы вытесняли коренных жителей из сфер деятельности, в которых они работали. Межэтнические конфликты происходили и в других районах, куда направлялась миграция яванцев.
Обезземеливание крестьян, сосредоточение экономического развития преимущественно в городах вели к усилению миграции. Сезонные рабочие возвращались из города с нетрадиционными представлениями об отношениях в обществе, о роли инициативы и самостоятельности, о жизненных стандартах. Крестьяне были недовольны тем, что принятый при Сукарно закон об аграрной реформе практически не выполнялся и все больше земель отчуждалось под промышленные или туристические проекты. Остававшиеся в городе составляли значительный слой люмпенов-маргиналов, вырванных из привычной социальной среды, а потому представлявших легко воспламеняемый человеческий материал для массовых выступлений.
Обострялись противоречия между Явой и остальными островами, все громче звучали упреки, что Ява, где сосредоточено 60 % населения страны, обирает более богатые природными ресурсами территории. Недовольство вызывала кадровая политика центральной власти, подбиравшей высших чинов местных администраций по признаку личной преданности Сухарто. Близкие к семье президента дельцы пользовались привилегиями при получении кредитов и лицензий. Власть открыто обвиняли в «яванизации» страны, хотя, как видно из статистики, по жизненному уровню населения Ява (кроме Джакарты) мало отличалась от других районов. Авторитаризм, в течение десятилетий оправдывавшийся сохранением политической стабильности во имя экономического развития и единства страны, стал фактором усиления центробежных тенденций.
Рост реформаторских настроений побудил власть в той или иной форме реагировать на них. Высказывания в пользу политических реформ зазвучали на самом высоком уровне. Но на деле «новый порядок» оказался неспособным модернизировать политическую систему в соответствии с социальными изменениями, которые вызвала его собственная экономическая политика. Последние в истории режима выборы в парламент в 1997 г. прошли под столь же жестким контролем исполнительной власти, как и все предыдущие. Партия власти Голкар получила 325 мест из 425, оспаривавшихся на выборах (еще 75 манданте были отданы армии), Партия единства и развития завоевала 89 мест, а Демократическая партия, в которой в 1996 г. при вмешательстве правительства произошла смена руководства — лишь 11. Вместо избранной на предыдущем съезде лидером ДПИ дочери первого президента Мегавати Сукарнопутри партии был навязан лояльный властям деятель Сурьяди. Сухарто и его окружение были в какой-то мере загипнотизированы итогами выборов 1997 г., ошибочно расценив их как реальное свидетельство доверия народа к режиму или по меньшей мере эффективности своего контроля над ситуацией.
Во внешней политике в рамках программы «новый порядок» была сделана попытка соединить глубокую экономическую зависимость от Запада, авторитаризм во внутренней политике, яростный антикоммунизм в идеологии и политической практике с национализмом развивающейся нации, гегемонизмом, традиционным для Индонезии, стремлением к равноудаленности от двух противостоящих друг другу военно-политических блоков. Правящая элита считала сближение с Западом необходимым, но видела его пределы, понимая, что Запад не считает Индонезию равноправным партнером с собственными национальными целями и интересами. Индонезия сохранила членство в движении неприсоединения, где новые лидеры заняли позиции «правее центра».
Руководство страны, осуществляя программу «новый порядок», стремилось доказать предсказуемость своей внешней политики. Как писал в 1968 г. министр иностранных дел Адам Малик, он видел своей задачей «возвратить утраченное доверие не обещаниями, а доказательствами того, что Индонезия является надежным партнером как в политических, так и в экономических вопросах». В 1966 г. была прекращена антималайзийская кампания, которая перестала быть нужной пришедшей к власти армии. 8 августа 1967 г. Индонезия вместе с Малайзией, Сингапуром, Таиландом и Филиппинами подписала декларацию о создании Ассоциации государств Юго-Восточной Азии (АСЕАН) с целью «совместных начинаний для ускорения экономического и культурного развития и социального прогресса», а также для содействия региональному миру и стабильности «путем уважения к справедливости и правопорядку в этом районе». Довольно скоро обозначилось негласное доминирование Индонезии в этой организации, хотя Джакарта всячески избегала подозрений в региональном гегемонизме. В сентябре 1966 г. страна восстановила членство в ООН.
В этот период резко ухудшились отношения с Китаем. Великодержавная и одновременно ультрареволюционная политика тогдашнего маоистского руководства КНР наложилась на антикоммунизм режима «новый порядок», а близость позиций компартий Индонезии и Китая в начале 1960-х годов послужила искомым поводом для враждебности.
Западные страны в 1970-1980-х годах видели в Индонезии в первую очередь оплот борьбы против коммунизма в Юго-Восточной Азии, закрывая глаза на авторитаризм режима и его кровавые расправы с оппонентами. Но даже в худшие годы репрессий Индонезия сохраняла отношения с КНДР, Демократической Республикой Вьетнам и не установила связей с Сайгоном. Со временем Джакарта стала склоняться к определенному уровню политического взаимодействия с ДРВ, что было связано с ухудшением вьетнамско-китайских отношений.
При подстрекательстве американской администрации Индонезия в 1975–1976 гг. оккупировала и присоединила территорию бывшей португальской колонии Восточный Тимор, что было крупнейшей ошибкой внешней политики страны. Большинство тиморцев не приняло этого акта. Возник очаг вооруженной борьбы, закончившейся уже после падения «нового порядка» поражением Индонезии. Неспособность правящей армии решить проблему Восточного Тимора способствовала дискредитации вооруженных сил и режима в целом.