Последние судороги неудавшейся революции затихли в 1906 г. [6], и в России установился короткий период псевдоконституционных уступок, сделанных скрепя сердце царем. Для Бухарина и его друзей это был год решительного политического самоопределения, как свидетельствует Эренбург: «Больше не было ни митингов в университете, ни демонстраций, ни баррикад. В тот год я вошел в большевистскую организацию и вскоре распрощался с гимназией» ^{66}. Будучи старше Эренбурга и уже закончив гимназию, Бухарин тоже вступил в большевистскую организацию во второй половине 1906 г. ^{67}. Таким образом, в семнадцать лет он стал одним из тех, кого Ленин называл профессиональными революционерами, и в течение следующих пяти лет, пользуясь в своей нелегальной деятельности партийной поддержкой, работал главным образом как большевистский организатор и пропагандист. Работа Бухарина в большевистском подполье, среди «почвенников», доказывает, что последних нельзя четко отделить от партийных интеллигентов, виднейшим представителем которых был Бухарин, и что «почвенники» вовсе не всегда были такими мрачными, черствыми, лишенными юмора людьми, какими их обычно представляют. Эренбург позже писал: «Говорили мы о партийных делах, но и шутили, смеялись… Как хорошо шутил Николай Иванович, какой задорной и светлой была наша ранняя молодость!» ^{68}.

Первое партийное назначение Бухарина — пропагандист Замоскворецкого района Москвы. Его деятельность, сразу привлекшая внимание царской охранки, состояла главным образом в организации студенческого движения, продуктом которого он сам являлся. Осенью 1906 г. он и Григорий Сокольников, другой юный москвич, впоследствии видный советский руководитель, объединили молодежные группы Москвы в одну общегородскую организацию, а в 1907 г. они созвали всероссийский съезд социал-демократических студенческих организаций. Съезд поддержал программу и тактику большевиков и учредил то, что должно было стать постоянной всероссийской молодежной организацией; однако на следующий год в связи с полицейскими репрессиями организация была распущена, а руководители ее были переведены на другую работу. (Созданный после 1917 г. комсомол стал как бы вторым рождением организации 1907 г., а Бухарин, занимавшийся в то время в Политбюро делами комсомола, олицетворял живую связь комсомола с его предреволюционным прошлым ^{69}.) В 1907 г. Бухарин вел работу и среди рабочих, он и Эренбург руководили стачкой (или просто в ней участвовали — точно неизвестно) на крупной обойной фабрике ^{70}.

Профессиональный революционер мог иметь и побочные занятия. Ведя подпольную деятельность, Бухарин в то же время готовился к вступительным экзаменам и поступил в Московский университет осенью 1907 г. Хотя он продолжал числиться в списках студентов экономического отделения юридического факультета вплоть до своей ссылки в 1911 г., он, очевидно, проводил мало времени в аудиториях и еще меньше времени уделял академической программе ^{71}. Обязанности партийного работника, требовавшие полного рабочего дня, он сочетал с эпизодическими занятиями в университете. Самодержавие, пересмотрев свои конституционные уступки, быстро вернулось к репрессиям, и Московский университет опять стал центром борьбы. Вскоре после вступления в него Бухарин и Н. Осинский (псевдоним Валериана Оболенского), другой юный большевик, созвали массовый студенческий митинг, первый после 1906 г. ^{72}. Основной целью Бухарина в университете были «теоретические налеты», как он сам их называл. Вместе с другими студентами-большевиками Бухарин выступал с марксистской критикой на семинарах «какого-либо почтенного либерального профессора» ^{73}.

Стремительное продвижение Бухарина в московской организации — свидетельство того, что он тратил гораздо больше времени и энергии на политику, чем на учебу. В 1908 г., через два года после вступления в партию, он кооптируется в Московский комитет — городской исполнительный орган — и назначается ответственным организатором крупного и важного Замоскворецкого района. Место в составе МК было закреплено за ним в ходе выборов, проведенных в начале 1909 г. Так двадцатилетний Бухарин стал одним из видных большевистских руководителей в крупнейшем городе России ^{74}. Очевидно было, что теперь полиция надолго не оставит его на свободе. 23 мая 1909 г., во время налета на МК, Бухарин был впервые арестован. В июле он освободился, но заключение положило конец его беспрепятственной революционной деятельности; осенью его снова арестовали, затем снова выпустили под залог до решения суда ^{75}.

Его арест был лишь маленьким эпизодом в общей картине упадка социал-демократического движения по всей России. Общее число членов РСДРП снизилось со 100 тыс. человек в 1907 г. до менее 10 тыс. за два года. Не более пяти-шести большевистских комитетов еще действовали в России, а московская организация в конце 1909 г. могла похвастаться лишь 150 членами ^{76} [7]. Вести нелегальную работу стало практически невозможно, и некоторые социал-демократы (их стали называть «ликвидаторами») призывали к роспуску подпольного партийного аппарата. Бухарин резко выступил против «ликвидаторства», однако, вторично выйдя из тюрьмы, тоже счел нужным перейти к легальным формам работы. Он работал в марксистских школах, политических клубах и в профсоюзной газете вплоть до 1910 г., когда, вероятно, пытаясь избежать повторного ареста в связи с готовившимся судом над московскими социал-демократами, ушел в подполье. Он скрывался от полиции до конца года, когда охранка с помощью своих осведомителей в партии схватила оставшихся московских лидеров, включая и Бухарина, и фактически уничтожила последние остатки городской организации ^{77}.

Обстоятельства, приведшие к аресту Бухарина, позднее оказали влияние на его отношения с Лениным. Настоящим бедствием партии в течение нескольких лет были провокаторы — ситуация, достигшая нелепых пропорций в московской организации, где в 1910 г. не менее четырех ее руководителей были агентами охранки. Последний арест Бухарина, а также несколько более ранних инцидентов убедили его, что Роман Малиновский, один из руководящих московских большевиков, знавший приблизительное местонахождение Бухарина, — агент охранки ^{78}. Это подозрение, которое Ленин наотрез отказался принимать всерьез, стало постоянным источником трений между Бухариным и Лениным, начиная с их первой встречи в 1912 г. и вплоть до 1917 г., когда виновность Малиновского была неопровержимо доказана с помощью документов из полицейских архивов. Можно понять, почему Бухарин был раздосадован нежеланием Ленина верить его обвинениям. Предательство Малиновского прервало деятельность Бухарина в пределах России до 1917 г. Пробыв свыше шести месяцев в заключении в Бутырской и Сущевской тюрьмах Москвы, он в июне 1911 г. был выслан в Онегу, городок в отдаленной Архангельской губернии. Убежденный, что вскоре получит каторгу, 30 августа 1911 г. он скрывается из Онеги. Объявляется уже в Ганновере (Германия) и в Россию до 1917 г. не возвращается ^{79}.