Правительство очень боялось, что с низовьев Волги восстание перебросится на Дон. Для изоляции донского казачества оно предприняло ряд мер. Но и на Дон проникли слухи о «государе», а кое-где казаки стали «сумневаться» в правоте своего начальства и «обольщаться» призывами Пугачева.

Крестьянская война охватила обширный край от Гурьева на берегу Каспийского моря и до Екатеринбурга, Ирбита и Кургана, от Шадринска до Самары и Ставрополя. «Чернь бедная» разных народностей и вероисповеданий с оружием в руках добывала себе волю и землю.

В январе 1774 г. правительство предприняло новое наступление на обширной территории. Одна группа правительственных войск вела наступление на Оренбург от Самарской укрепленной линии до Елабуги. Войска, действовавшие от Мензелинска до Сарапула, шли на Уфу, а расположенные между Кунгуром и Красноуфимском направили свой удар в район Екатеринбурга.

Муфель и Гринев оттеснили пугачевские отряды из Ставрополь-Самарского края, Ю. Бибиков разбил восставших при Каюках и Тубе. 17 января под ударом войск Бибикова и Кардашевского пал Заинек. За ним правительственные войска заняли Мензелинск, Елабугу, Нагайбак. Восставшие потерпели поражение под Кунгуром, Красноуфимском, Бугурусланом, Бузулуком.

Новому наступлению правительственных войск Пугачев не мог противостоять. Его отряды были разбросаны на огромных пространствах. Осада Оренбурга отняла у Пугачева самое дорогое — время. Это отметила Екатерина, назвав осаду Оренбурга «счастьем». Правительство стягивало войска.

Главнокомандующий регулярными войсками, действовавшими против Пугачева, генерал-аншеф А. И. Бибиков был хорошо осведомлен о силе и огромной мощи народного движения, охватившего Поволжье, Приуралье, Сибирь. Не доверяя солдатам и крестьянам, горожанам и «инородцам», даже сельскому духовенству, власти надеялись только на регулярную армию. К концу января под командованием Бибикова против восставших действовали отряды Фреймана, Деколонга, Муфеля, Кардашевского, Ю. Бибикова, Гагрина, Голицына, Мансурова, Михельсона. На восставших двигалась армия, которая могла помериться силами с армией любого государства. Дворянство, купечество, татарские феодалы, мурзы и купцы формировали надежные отряды.

Восставшие отходили к Чесноковке, где стоял Зарубин-Чика, под Оренбург, в Берду, к Пугачеву. Вести приходили в Берду все более и более тревожные. В начале марта Пугачев перешел в наступление, но потерпел поражение от войск Голицына у деревни Пронкиной. Войска восставших, насчитывавшие около 9 тыс. человек, концентрировались у Татищевой крепости, где Пугачев намеревался дать генеральное сражение. Однако, имея значительное превосходство в силах, он рассредоточил свои войска. Оставив под Оренбургом большую часть артиллерии и войска, Пугачев не смог собрать под Татищевой достаточно войск для того, чтобы, используя численное превосходство, нанести удар по противнику.

Пугачев отдал приказ подготовить крепость к обороне, насыпать снежный вал, вкатить на него пушки. Все дистанции были измерены, намечены цели, наведены пушки. Крепость замерла. Пугачев рассчитывал на то, что Голицын посчитает крепость незанятой и поставит свои войска под губительный огонь 36 орудий. Но разведка чугуевских казаков сорвала этот план. Два уцелевших в стычке чугуевца донесли, что крепость готова к обороне. Вскоре началась артиллерийская дуэль, продолжавшаяся почти 4 часа. Войска Голицына начали штурм, но пугачевцы предприняли вылазку. Долгое время шло ожесточенное сражение. Голицын ввел в бой части Долгорукого, Аршеневского, Ю. Бибикова, Мансурова, Фреймана. Повстанцы бились мужественно и упорно. В первых рядах сражался сам Пугачев. Но натиск регулярных войск трудно было сдержать. 22 марта в бою под Татищевой крепостью восставшие были разбиты. Пугачев уехал в Берду, 23 марта он ушел из Берды, а через несколько дней войска Голицына вступили в Оренбург. Овчинников и Дехтерев со своими казаками и заводскими рабочими отошли в Яицкий городок. Пугачевцы потеряли около 2 тыс. убитыми, 4 тыс. ранеными и пленными, орудия и обоз. Бой у Татищевой крепости был первым крупным поражением восставших. 24 марта под Чесноковкой были разбиты Зарубин-Чика и Салават Юлаев. Под Екатеринбургом потерпел поражение Белобородов. Бой под Сакмарским городком 1 апреля закончился новым поражением Пугачева.

Потери восставших были велики. Пушки достались врагу. По приказу Пугачева сожгли дела его Военной коллегии. В сражениях с правительственными войсками в плен попали Зарубин-Чика, Почиталин, Подуров, Мясников, Кожевников, Толкачев, Горшков. Пропал без вести Витошнов. Схватили Хлопушу, пытавшегося спасти свою семью. Сотни повстанцев были захвачены в плен.

Поражения под Оренбургом и Уфой вовсе не означали победы лагеря феодалов. Лишь несколько затихнув на короткое время, Крестьянская война разгоралась с новой силой, только перемещался главный ее очаг.

С отрядом в 500 казаков, работных людей и заводских крестьян, башкир и татар Пугачев ушел на Урал. Начался второй этап восстания. Пугачев не терял присутствия духа. Он говорил: «Народу у меня, как песку, и я знаю, что вся чернь меня с радостью примет». Движение отнюдь не было разгромлено. В Оренбургском крае действовали калмыки; Салават Юлаев с 3 тыс. башкир шел на помощь к Пугачеву; Белобородов занял Саткинский завод. На новом этапе базой восстания становятся заводы Южного Урала и Башкирия. Народ поддерживал повстанцев.

В первой половине апреля Пугачев пришел на Вознесенский завод, откуда двинулся на Авзяно-Петровский завод, где к нему присоединилось 400 заводских работных людей. Они составили отдельный полк. Так начался поход Главной армии по Уралу. Около трех недель Пугачев оставался на Белорецком заводе. На Белорецком заводе в Авзянский полк влились еще 300 человек заводских крестьян. Во главе полка был поставлен заводской крестьянин Дорофей Загуменнов.

На заводах Южного Урала Пугачев развернул кипучую деятельность. Снова заработала Государственная военная коллегия, секретарями которой были назначены исетский казак Иван Шундеев и «заводский работник» Григорий Туманов. Большую помощь оказывал Пугачеву Кинзя Арсланов. Башкирские старшины и заводские приказчики отовсюду посылали Пугачеву вооруженных людей. Вскоре Главная армия восставших, стоявшая на Белорецком заводе, выросла до 2 тыс. русских и башкир. Пугачев собирал силы. Еще 4 апреля Белобородов, стоявший на Саткинском заводе, получил от Пугачева приказ собрать отряд из русских, башкир и марийцев. 2 мая Пугачев ушел из Белорецкого завода и направился к Магнитной, куда приказал явиться и Белобородову. 6 мая, не имея ни одной пушки, Пугачев с четырехтысячным войском штурмом овладел Магнитной. Пугачев сражался в первых рядах и получил ранение картечью в правую руку. Исетские казаки и солдаты, составлявшие гарнизон Магнитной, перешли на его сторону.

Вслед за Пугачевым на Урал двинулся отряд казаков под предводительством А. Овчинникова (прикрывавший отход Пугачева от Татищевой крепости) и отряд Перфильева (отошедший от Яицкого городка после захвата его правительственными войсками). Потерпев поражение от войск генерала Мансурова 15 апреля на реке Быковке между Генварцовским и Рубежским форпостами, отряды Овчинникова и Перфильева, непрерывно пополняемые заводскими крестьянами, подошли к Кананикольскому и Вознесенскому заводам. 7 мая Перфильев и Овчинников пришли в Магнитную с отрядом в 500 казаков и заводских крестьян.

На этом этапе Крестьянской войны базами и опорными пунктами восставших стали уральские заводы. На Симском заводе находились башкиры Салавата Юлаева. Саткинский завод стал базой Белобородова, на Кыштымских и Каслинских заводах находились отряды Грязнова и Туманова. Многочисленные отряды восставших занимали Троицкий, Воскресенский и другие заводы.

Численность Главного войска Пугачева достигла 5 тыс. человек. Пугачев не собирался оставаться на заводах, занятых Главным войском и другими отрядами. Его целью являлся Челябинск, который находился в руках восставших. Челябинск, посылал гонцов к Пугачеву, а они, возвращаясь, сообщали, что «государь» «следует с толпою к Челябе». Путь Пугачева лежал через Вознесенский, Авзяно-Петровский и Белорецкий заводы, находившиеся на дороге к Челябинску. В Главном войске Пугачева продолжала свою деятельность Военная коллегия, повытчиком которой стал Григорий Туманов, а секретарем — Шундеев. Василий Михайловский принимал меры для обеспечения войска восставших провиантом и фуражом на всем его пути к Челябинску.