Адмиралтейство располагало большим числом всевозможных вспомогательных предприятий, среди них: Смоляной двор, водяная пильная мельница на реке Ижоре, ветряные пильные мельницы, вначале расположенные на Васильевском острове (примерно на территории современного Центрального военно-морского музея), а затем перенесенные на Мойку, несколько кирпичных заводов, построенных на берегу Невы. Адмиралтейство имело на Охте свой гонтовый завод, изготовлявший дранку для крыш, в Петербурге и Дудергофе — пергаментные заводы, на реке Ижоре — восковый завод, в Красном Селе и в Петербурге — бумажные мельницы. Адмиралтейство завело свои сухарные и пивоваренные заводы, пиво тогда считалось хорошим противоцинготным средством, и, наконец, даже водочный завод. Адмиралтейство со всеми своими подсобными предприятиями представляло собой крупный промышленный комплекс.

Русские судостроители были искуснейшими мастерами. По общему признанию, русские суда «превосходны по конструкции и по добротности материалов». Англичанин Джефферис писал, что в Петербурге «корабли строятся… не хуже, чем где бы то ни было в Европе».

«Враг не словами, а оружием побеждается», — говорил Петр. Это оружие поставлял прежде всего Литейный, или Пушечный, двор, основанный на Московской стороне, у просеки, давшей начало Литейному проспекту. Это было второе по величине государственное промышленное предприятие Петербурга. Ведал постройкой Пушечного двора выдающийся инженер В. И. де Геннин, а затем генерал-фельдцехмейстер Я. В. Брюс. Уже в 1713 г. на Пушечном дворе отлили первые пушки. К тому времени «анбар» Литейного двора оброс мастерскими — слесарной, токарно-лафетной, столярной, паяльной, кузнечной и др. В начале нынешнего Литейного проспекта по обеим его сторонам располагались Старый пушечный двор и Новый пушечный двор. На Литейном дворе отливали медные пушки, вначале с готовым каналом ствола, а позднее «глухие пушки», высверливая канал в готовой отливке, изготовляли ядра, гранаты, фитили для пушек и т. п. Сверлильные станки приводились в движение конной тягой. Вся эта совокупность дворов, мастерских и «анбаров» в середине 1720-х годов стала именоваться Арсеналом.

Сюда же переводили отовсюду на «вечное житье» литейщиков, кузнецов, медников, слесарей и других мастеровых. Переселяли и тульских оружейников. Вначале, в 1714 г., на Пушечном дворе работали всего 37 человек. В 1720-х годах число людей возросло до 200, причем среди них были рабочие 25 специальностей. Многие из них имели высокую квалификацию, как, например, плавильный мастер Григорий Леонтьев, пушечный мастер Филипп Шпекла, мастер медного дела Семен Терентьев. На Литейном дворе с 1717 г. работали и каторжники.

Первым пороховым заводом в Петербурге являлся Зелейный завод, построенный на Березовом острове, по дороге к Кронверку. На нем применялась конная тяга. А несколько позднее, в 1715 и 1716 гг., два пороховых завода поручили строить Мокею Гусеву на Охте. Они имели водяные двигатели («мельницы»), установленные у плотин.

В 1719 г. по приглашению Петра в Петербург приехал пороховых дел мастер Петр Шмидт, который был обязан организовать производство пороха улучшенного качества. Но Шмидт не открыл русским пороходелам своих производственных секретов и вскоре умер, передав их лишь жене Валентине де Вель. Она была взята на службу в качестве «пороховой мастерицы» и прослужила 40 лет. Валентина де Вель открыла производственные тайны русским пороходелам Ивану Леонтьеву и Афанасию Иванову.

В 1720 г. Охтинские пороховые заводы возглавил талантливый механик сержант Яков Батищев. Он перевел ряд производственных процессов с ручного на механический труд. В частности, специальные приспособления, так называемые «грохоты», приводимые в движение водой, применялись при зернении пороха. Батищев построил новый пороховой завод на Охте, на котором установил вместо каменных жерновов тяжелые медные полые жернова, залитые внутри свинцом.

Основную массу рабочих трех пороховых заводов Петербурга составляли специалисты-пороходелы и их ученики, переведенные из Москвы. Численность их была невелика. В 1721 г. «мастеровых людей и прочих служителей» насчитывалось всего 125 человек. Поэтому до самого конца царствования Петра I по количеству произведенного пороха Петербург уступал Москве.

Петропавловская крепость с Кронверком, Адмиралтейство, Кроншлот укрепили Петербург, сделав его неприступным для врагов. Но огонь по противнику открывали только пушки Кроншлота. Ни Петропавловская крепость, ни Адмиралтейство не выпустили по неприятелю ни одного ядра, ни одной гранаты, ни одного заряда картечи: успехи русских войск и флота отодвинули театр военных действий на суше и на море далеко от устья Невы.

Система укреплений Петербурга была новой и опрокидывала традиционные представления и практику возведения крепостей в Западной Европе и России.

Сущность традиции заключалась в том, что вокруг города создавалась единая система укреплений. Она состояла из стен, рвов и других сооружений, опоясывающих город. Разрушение противником этого кольца в одном месте приводило к тому, что враг оказывался внутри укреплений и овладевал ими. Создание же на подступах к городу трех крепостей, одна из которых стояла на пути противника, угрожавшего Петербургу с моря, рассредотачивало силы врага, вынуждало отказаться от обычного прорыва, делало оборону прочной и устойчивой. В фортификации, военно-инженерном искусстве это был большой шаг вперед. Не за горами было то время, когда Петербург смог отодвинуть далеко на север от Невы свои новые форпосты — Корелу и Выборг.

Перед Адмиралтейством располагалась открытая площадь — гласис. Городская застройка разрешалась лишь по окраинам гласиса: перед крепостью должно было расстилаться открытое пространство, чтобы строения, деревья, кусты не могли стать укрытием для противника. Впоследствии на этом пустыре, обычно называвшемся Адмиралтейским лугом, разбили сад, названный Александровским в честь царя Александра II (ныне Сад трудящихся имени А. М. Горького). Дома строили, начиная лишь от реки Мьи, как тогда называли Мойку.

Невдалеке от Адмиралтейства, у Зимней канавки с 1711 г. стоял маленький домик «на голландский манер», построенный «для зимнего пребывания царя». Ближе к Адмиралтейству располагались дома Ф. М. Апраксина и А. В. Кикина. Там, где сейчас раскинуло свои крылья здание Главного штаба, стоял небольшой дом вице-президента Адмиралтейств-коллегии адмирала К. Крюйса. Рядом начиналась «Большая першпективная дорога» — будущий Невский проспект.

Продолжалось укрепление Петропавловской крепости. С весны 1706 г. там начали возводить каменные бастионы. В 12-метровых сложенных из кирпича стенах прорезали Петровские, Невские, Васильевские, Никольские и Кронверкские ворота. Над Царским бастионом (Государевым раскатом) направо от ворот развевался большой желтый флаг с двуглавым орлом, державшим в когтях четыре моря — Белое, Черное, Каспийское и Балтийское.

По свидетельству современника, зимой и летом с этого бастиона три раза в день раздавалось три выстрела: на рассвете, «в 11 часов перед полуднем» и, наконец, «вечером на солнечном закате».

Петербург, особенно после Полтавской битвы, рос со сказочной быстротой. Еще в те майские дни 1703 г., когда закладывалась Петропавловская крепость, Петр и его единомышленники хорошо знали, что надо строить не только крепость, но и город. Поспешность, с которой строился и заселялся Петербург, объяснялась необходимостью поскорее укрепиться в устье Невы.

Тем не менее первые два-три года «городовая работа шла зело медленно». Но уже в 1703 г. на Березовом острове, на правом берегу Невы, стоял маленький бревенчатый домик Петра, уцелевший до наших дней. Дом выстроили солдаты всего за несколько дней. Он не имеет фундамента. Обтесанные сосновые бревна дома раскрашены под кирпич. Высокая крыша покрыта гонтом в виде черепицы. В доме семь окон разной величины со свинцовыми переплетами. Они закрывались на ночь ставнями и запирались болтами. Потолки в комнатах низкие — два с половиной метра. Низкие и двери. Самая высокая из них была ниже роста Петра. Входя в дверь, царь (его рост был 2 м 4 см) пригибался, чтобы не удариться лбом о притолоку. Низкие потолки не смущали Петра. Он не любил хоромы с высокими потолками, и если по необходимости ему приходилось останавливаться в таких домах (особенно часто это бывало во время поездок за границу), он приказывал натягивать над кроватью какую-либо материю. Дом не имел ни печей, ни дымохода: Петр жил в нем только летом.