Все чаще и чаще Софье приходилось выслушивать такие слова: «Довольно, матушка, поправила, пора и в монастырь». Положение ее становилось день ото дня все более двусмысленным, и она решилась покинуть Москву. 20 августа вместе с обоими царевичами она уезжает в подмосковное село Коломенское. Потом она перебирается в Саввин-Сторожевский монастырь и, наконец, в село Воздвиженское близ Троицкого монастыря. Здесь она созывает дворянское ополчение.

Дворяне были недовольны своеволием стрельцов, распоряжавшихся престолом и недвусмысленно угрожавших им, и поэтому охотно явились к Троице. Почувствовав себя достаточно сильной, Софья вызвала в Воздвиженское начальника Стрелецкого приказа князя Ивана Хованского с сыном Андреем. 17 сентября, в день своих именин, она приказала обоих казнить.

Стрельцы попытались было оказать сопротивление, «сели в осаду» в Кремле. Но видя, что сила не на их стороне, явились к Софье с повинной.

Теперь Софья могла навязать стрельцам свою волю. Стрелецкие вольности были уничтожены. Знаменитый столб на Красной площади в память 15–17 мая был снесен. Новым начальником Стрелецкого приказа был назначен думный дьяк Федор Шакловитый.

Так началось правление Софьи Алексеевны.

В отличие от всех русских царевен — затворниц царских теремов, проводивших все свое время в утомительном безделье с мамками, приживалками и теремными девушками, Софья Алексеевна была деятельным человеком.

Воспитанница ученого монаха Симеона Полоцкого, она получила хорошее образование и много читала. Симеон Полоцкий привил ей интерес к «латинским» языку и культуре. Властолюбивая и гордая, Софья стремилась к единодержавному правлению и была поглощена заботами об укреплении собственной власти.

Взяв бразды правления в свои руки, Софья почувствовала, насколько дорога ей власть, и стремилась во что бы то ни стало сохранить ее за собой. В трудной борьбе за удержание власти Софья прежде всего опиралась на своего фаворита, или, как тогда говорили, «галанта» — Василия Васильевича Голицына. Этому умному и образованному государственному деятелю принадлежит заслуга ряда преобразований и многих замыслов, которые говорят о его прозорливости и могли бы оказать честь деятелям даже более позднего времени.

По почину Василия Голицына был создан совет для подготовки преобразования русского войска. Результатом деятельности этого совета был указ от 12 января 1682 г. Указ отменял местничество, при котором замещение государственных и военных должностей зависело от «породы», т. е. от знатного происхождения, а не от деловых качеств.

Иностранец Невилль сообщает, что в беседе с ним Голицын делился своим замыслом преобразования русского войска. С этой целью Голицын, по словам Невилля, считал необходимым изменить положение государственных крестьян, предоставив им землю и обложив их особым государственным налогом. Немало других «прожектов» роилось в голове у «великого Голицына», как называл его Невилль. Эти замыслы рождались в тиши покоев, стены которых, вопреки старорусским боярским обычаям, были уставлены книжными полками, увешаны географическими картами, часами и термометрами.

Этот человек мог бы найти свое место среди сподвижников Петра, не свяжи он свою судьбу с политической карьерой властолюбивой правительницы. Софья же чересчур дорожила властью, чтобы сочувствовать преобразовательным замыслам Голицына, осуществление которых восстановило бы против нее боярство, ревниво соблюдавшее «древнее благочестие» и родную старину.

Что касается внешней политики правительства Софьи, то она не была успешной. Правда, заключение «вечного мира» с Польшей в 1686 г., по условиям которого за Россией был закреплен Киев, удовлетворило дворянство. Но последовавшая затем борьба с Крымским ханством, также предусмотренная условиями «вечного мира» с Польшей, окончилась неудачей.

В порядке осуществления договора с Польшей весной 1687 г. почти стотысячное русское войско под командованием Василия Васильевича Голицына двинулось на юг, в степи «Дикого поля», на далекий Крым. На Украине к войску Голицына присоединилось несколько десятков тысяч казаков украинского гетмана Самойловича. В июне начались степные пожары. По сожженной, дымившейся степи армия идти не могла. Не дойдя 100 верст до Крыма, Голицын с огромными потерями повернул назад, свалив всю вину на Самойловича, вместо которого и был избран другой гетман — Иван Степанович Мазепа.

Для Софьи поражение Голицына было большим ударом: она знала непопулярность своего «галанта» среди родовитого московского боярства.

Для того чтобы восстановить престиж Голицына и укрепить собственное положение, Софья вынуждена была дать распоряжение о подготовке к новому походу против Турции.

Настал 1689 год. В феврале этого рокового для Софьи года огромное войско, насчитывавшее более 150 тыс. человек, выступило в дальний поход. Прошли южные степи, оставив там половину воинов, усеяв пыльные «шляхи» костями людей и павших коней.

20 мая показался Перекоп. Укрепления Перекопа оказались неприступными. Голицын не решился их штурмовать и, видя безрезультатность своих усилий, приказал отступать. Русское войско начало откатываться назад, теряя сотни и тысячи ранеными, больными и отставшими, страдая от голода и жажды, болезней и налетов татарских чамбулов.

Вернувшись в Москву из второго похода, Голицын понял, что его карьере нанесен сокрушительный удар. Поняла шаткость своего положения и Софья. Правительница увидела себя одинокой: за ее спиной стояла лишь часть боярской родовитой знати, но и эта часть была бездеятельна. Дворянство, избавившее Софью от буйных и своевольных стрельцов, получив на первых порах и «честь», и «жалованье», было затем забыто ею и глухо роптало. Переговоры с иезуитами и гугенотами, «латинские прелести» и дружба с иноземцами восстановили против Софьи и Голицына русскую церковь во главе с патриархом Иоакимом.

Росло недовольство и в народе. То тут, то там вспыхивали восстания. На Дону поднялись «воровские» казаки Матвея Скалозуба. В ответ на преследования правительством раскольников ревнители «старой веры» уходили на север, в дальние заволжские и северные скиты. Увеличивалось число «гарей». Раскольники поднимали и восстания (как, например, на Донце, где выступил старец Иосиф, поддержанный казачеством). В Конотопе Афанасий Беляев рассказывал о готовящемся в Путивле восстании.

Государственная власть была не в силах справиться с преступлениями и разбоем. Разбойничали даже такие знатные люди, как князь Лобанов-Ростовский, Петр Кикин, Иван Микулин.

Правительница Софья чувствовала, как почва под ее ногами колеблется. И в трудную минуту взоры ее снова обратились к стрельцам. Мечтавшая о царском престоле, заказавшая свой портрет в царском одеянии, Софья еще в 1687 г. поручила своему второму «галанту», Федору Шакловитому, выяснить, как отнесутся стрельцы к венчанию ее на царство. Стрельцы весьма сдержанно и холодно отвечали представителям правительницы. В их памяти были еще свежи воспоминания о сентябрьских днях 1682 г. и о казни Хованских.

Софья все же не расставалась со своей мыслью. Она все чаще и чаще появлялась на торжественных выходах, стараясь завоевать любовь народа. В официальных документах Софья именовала себя: «Всея Великия и Малыя и Белыя России самодержица». Этим она вызвала вопрос раздраженной Натальи Кирилловны: «Для чего же стала писаться с великими государями вместе? У нас люди есть, и они того дела не покинут».

Обе стороны старались сохранить видимость хороших отношений, соблюдали приличие и благолепие, но раздражение друг против друга, хотя и тщательно скрываемое, росло и все чаще прорывалось наружу.

Василий Васильевич Голицын сокрушался (это и подходило к его мечтательной натуре «прожектера») и говорил: «Жаль, что в стрелецкий бунт не уходили царицу Наталью…». Человек дела, а не слов, решительный Шакловитый считал дело поправимым и увещевал Софью: «Чем тебе, государыня, не быть, лучше царицу извести». Настроенные Софьей стрельцы роптали. Один из них, Черемной, говорил, что надо «уходить старую царицу, медведицу», а если Петр заступится за мать, то «чего и ему спускать? За чем стало?».