Для переговоров к восставшим вышли князья Ф. Ф. Волконский и М. М. Темкин-Ростовский, окольничий Б. И. Пушкин, думный дьяк М. Волошенинов. Первых двух «чернь к себе поимаша», то есть задержала в качестве заложников. Стрельцы не только отказались арестовать активных восставших — челобитников, но и ясно показали, на чьей они стороне: бояр «обесчестили и платья на них ободрали, одва оне ушли в верх к великому государю». К движению присоединились холопы, задолго до восстания собиравшиеся под мостом через реку Неглинную.

2 июня и на следующий день восставшие перешли от требований и угроз к действиям: «разграбили многие боярские дворы и окольничих, и дворянские, и гостиные». От их гнева, классовой мести пострадали десятки дворов (по данным анонима-шведа — 70 дворов, другие источники говорят о более чем 40 дворах), принадлежавших московским боярам и дворянам, дьякам и богатым купцам. Повстанцы разгромили дома Б. И. Морозова, П. Т. Траханиотова (начальника Пушкарского приказа), Н. И. Чистого (начальника Посольского приказа), Л. С. Плещеева (начальника Земского приказа) и др. Н. Чистого, который был известен в народе как беззастенчивый взяточник, инициатор огромного налога на соль, введенного за несколько лет до восстания и отмененного за полгода до него, восставшие схватили и изрубили, бросив тело на кучу навоза.

3 июня участников продолжавшего бушевать восстания пытались уговорить патриарх Иосиф и другие церковные иерархи. С этой целью они вышли на Лобное место. Переговоры с народом, заполнившим Пожар (Красную площадь), вела и новая депутация бояр, окольничих, дьяков; среди них были противники Б. И. Морозова, в том числе родственник царя И, И. Романов, который вступил в активные переговоры с повстанцами, призывал их успокоиться, не требовать смерти Морозова, ограничиться его ссылкой.

Романов, как и другие, вел политическую игру с тем, чтобы сбросить ненавистного ему Морозова и занять его место в правящей верхушке. Восставшие, видевшие в Романове «доброго», «хорошего» боярина, в отличие от «плохих» Морозова, Плещеева и прочих, хотели, чтобы он управлял делами «вместе с царем», получив при этом «должности и чины, которыми облечен Морозов», Они кричали ему: «И покаместь его, великого государя, о том указ к нам не будет, и мы из города из Кремля вон не пойдем; и будет межуусобная брань и кровь большая з бояры и со всяких чинов людьми у нас, у всяких людей и у всей черни и у всего народу!»

Вынужденный под напором стихии народного движения уступить, Алексей Михайлович приказал «всему народу выдать головою» Плещеева, Палач вывел его из Кремля, и восставшие буквально растерзали «бургомистра».

3 и 4 июня продолжались погромы дворов знатных и богатых людей — бояр, дворян, дьяков и подъячих, гостей и более бедных торговцев, во время которых уничтожали или портили крепостные документы в боярских и дворянских домах.

Участники восстания потребовали выдачи Траханиотова. Правда, его загодя отправили воеводой в Устюжну Железнопольскую. Но 4 июня по распоряжению царя вдогонку за ним поскакал отряд. Около Троице-Сергиевой лавры его догнали и арестовали. На следующий день Траханиотова, привезенного во дворец к царю, выдали, и восставшие его ту! же казнили.

Повстанцы по-прежнему требовали выдачи главы правительства для расправы. Морозов пытался бежать из Москвы, но в Дорогомиловской слободе его узнали ямщики и чуть было не убили. Он вернулся в Кремль, где прятался в царских покоях.

Вскоре в события включились дворяне и верхи посада, Используя обстановку народного восстания, растерянность и ослабление правительства, они подали челобитную. В ней выдвигались требования упорядочения судопроизводства, правильного ведения всех деп в приказах, созыва Земского собора для разработки нового закона — Уложения.

Уже на следующий день, 11 июня, в Кремль пригласили большое число дворян. А 12 июня отряд из тех же дворян и стрельцов, всего 400 человек, выехал из Москвы, чтобы конвоировать Морозова, отправленного в ссылку в Кирилло-Белозерский монастырь. Несомненно, это был компромисс, соглашение между правящей верхушкой во главе с царем, с одной стороны, и дворянством и верхами посада, с другой.

Но волнения в столице продолжались. Перебросились они и на периферию. В этой неспокойной обстановке власти созвали 16 июля Земский собор. На нем присутствовали церковные иерархи, бояре и другие думные чины, московские дворяне, представители провинциального дворянства, гости, «лутчие люди» из числа посадских. Для подготовки Уложения создали комиссию во главе с боярином князем Н. И. Одоевским. Созыв Земского собора для рассмотрения и утверждения закона назначили на 1 сентября. Одновременно определили нормы представительства от сословий во время выбора делегатов от феодалов и «добрых лутчих» посадских людей, то есть посадской верхушки. Основная масса ремесленников и торговцев, а также крестьяне и приборные люди представительства не получили. Правящие верхи пошли, таким образом, на уступки в первую очередь дворянству и посадской верхушке, которые, используя недовольство и восстание низов, получили наибольший выигрыш: первое добилось бессрочного сыска беглых, вторая — ликвидации белых мест и слобод, в которых жили ремесленники, крестьяне феодалов, выступая конкурентами посадских людей в торговых и прочих делах, но не отбывая тягла. Конечно, ликвидация беломестцев на посадах («посадское строение») отвечала интересам и более широких слоев посада.

Правительство уже в дни восстания начало массовую раздачу земель, крестьян и жалованья мало- и беспоместным дворянам и детям боярским. Чтобы задобрить стрельцов, им осенью выдавали жалованье. Но одновременно наиболее, очевидно, активных ссылали в Поволжье и Сибирь партиями по нескольку десятков или сотен человек, подвергали телесным наказаниям.

Основными движущими силами восстания были московские посадские люди (чернь), стрельцы (исключая стремянной полк), солдаты, холопы, находившиеся в столице, а также подмосковные, приезжие. В дни восстания активизировались выступления крестьян в ряде районов страны (например, в арзамасских вотчинах Б. И. Морозова, подмосковных владениях ряда помещиков и др.). Усилилось бегство крестьян и холопов от владельцев.

Пойдя под напором восстания на уступки, применяя политику пряника и кнута, правящие круги постепенно овладели положением. В октябре царь вернул из ссылки Морозова. Но волнения продолжались до конца января 1649 года, когда, после принятия Соборного уложения, положение окончательно стабилизировалось.

Одновременно с событиями в Москве и под их влиянием народные движения охватили многие города на юге, в Поморье и Сибири. В них против гнета государства и насилий местных властей выступали служилые люди по отечеству и по прибору, беглые крестьяне, бобыли, холопы, посадские бедняки.

В южно-русских уездах наиболее сильные восстания произошли в Курске, Козлове, Ельце, Ливнах, Валуйках, Чугуеве и других; на севере — в Сольвычегодске, Устюге Великом; в Сибири — Томске, Енисейском остроге, Кузнецке, Верхотурье. Они продолжались и во второй половине XVII века.

Заметными проявлениями классовой борьбы в городах были восстания 1650 года во Пскове и Новгороде. Выступления против властей, феодалов сопровождались здесь ожесточенной борьбой между «меньшими» и «лучшими» людьми в посадских общинах. Как и в ряде восстаний в южных и поморских городах, здесь в городах и их уездах тоже наблюдались совместные действия посадских людей и окрестных крестьян.