Указ 10 марта 1 699 года учредил, по примеру Европы, орден — Св. апостола Андрея Первозванного. Удивляя соотечественников, Петр с этого же времени, в отличие от своих предшественников на русском престоле, собственноручно подписывает международного характера акты — грамоты, ратификации. Царь сам, при закрытых дверях, ведет переговоры с иностранными представителями в Москве.

В январе 1699 года Петр обнародует указ о городской реформе. Создаются органы городского самоуправления — Ратуша в Москве и земские избы в других городах.

Еще при царе Алексее Михайловиче его любимец А. Л. Ордин-Нащокин, канцлер, выдающийся дипломат, пытался, правда, неудачно из-за интриг вельмож, провести подобную реформу во Пскове, где одно время воеводствовал.

Теперь же, три десятилетия спустя, Петр и его помощники решительно ввели новые порядки, необычные для русского посадского сословия. Петровский указ снова, как и во времена Тишайшего и Ордина-Нащокина, говорил о цели реформы — оградить купцов от приказной волокиты и разорения. Правда, власти, давая городам самоуправление и освобождая их от контроля воевод, потребовали от посадских людей внесения двойных налогов. Это была цена реформы. Но те отказались ее платить, не согласились на условие, предложенное указом. Правительство пошло на уступка — налоги оставило прежними, реформу распространило на все города.

На Ратушу и земские избы возложили сбор таможенных пошлин и кабацких доходов. Это отныме должны были делать не воеводы, а выборные люди из купцов. Правительство, проводя эту реформу, надеялось на оживление ремесла, промышленности и торговли.

Тогда же начались другие административные преобразования. Помимо городской реформы, которая ввела новые учреждения, Петр и его приближенные занялись и старыми.

Высшим законодательным и судебным органом при Петре оставалась Боярская дума. Она состояла из высших думных чинов — бояр, кравчих, окольничих, думных дворян, стряпчих с ключом, думных дьяков. В начале 1690-х годов их было 182 человека, а в конце века — 112. Старые бояре и прочие умирали, новые же назначения почти не производились. Боярская дума, таким образом, вымирала естественным путем. На 1 января 1702 года в ней осталось 86 человек, за десятилетие Дума уменьшилась более чем вдвое.

Но на заседаниях Думы присутствовали далеко не все, обычно человек 30–40: одних посылали с поручениями по стране, других попросту не приглашали. Самое же главное то, что она занималась вопросами второстепенными (например, о записи крестьян в купцы, взимании пошлин при заключении сделок и тому подобное). Важные дела рассматривал и решал царь. Оповещали о них его именные указы. Да и в самой Боярской думе появились новшества, дотоле небывалые: князь Ф. Ю. Ромодановский, не являвшийся формально ее членом (имел чин стольника), по воле Петра председательствовал на заседаниях Думы.

Продолжали работать приказы. На 1 сентября 1699 года их насчитывалось более четырех десятков. Как и раньше, проводилось объединение приказов: по близости, однородности порученных им дел, по традиции. В объединение во главе с Посольским приказом входили, например, приказы Великороссийский, Малороссийский, княжества Смоленского, Новгородский, Галицкий, Владимирский, Устюжский. Существовала группа приказов по дворцовому управлению — Большой дворец, упоминавшийся выше, Дворцовый судный (судебные дела), Каменных дел (строительство), Конюшенный (лошади и конюшни, кареты и сани; одним словом — придворная транспортная служба). Иноземский, Рейтарский и Стрелецкий приказы в конце XVII века подчинялись одному лицу — князю Ф. С. Урусову, потом боярину А. С. Шеину. Ф, А. Головин ведал, помимо группы приказов во главе с Посольским, еще группой из Оружейной, Золотых дел, Серебряных дел (тоже дворцовые приказы, ведавшие изготовлением оружия, золотых и серебряных изделий «на царский обиход»), затем — Ямским приказом (почтовая служба), наконец, Военным морским приказом (учрежден 11 декабря 1698 года для управления флотскими специалистами, приехавшими из-за рубежа).

Закрыли Земский приказ, ведавший полицейскими функциями в Москве. Их передали Стрелецкому приказу, который после раскассирования московских стрелецких полков утратил эту часть своей компетенции; другие дела — противопожарные меры — за ним остались и дополнились теперь общими полицейскими функциями. В связи с этим он стал называться иначе: Приказ земских дел.

Палаты Золотых и Серебряных дел, а также особый Ствольный приказ слились с Оружейной палатой (указ 19 января 1700 года). В феврале того же года объединили Иноземский и Рейтарский приказы; возглавил новое ведомство в звании «обер-комиссара» князь Я, Ф. Долгорукий, посему называли его в переписке «Приказом комиссарии», позднее — Приказом Военных дел. Тогда же закрыли Каменный приказ, вместо него возникло ведомство «генерал-провианта» окольничего С. И. Языкова (сбор со всего государства хлебных запасов, их распределение в войсках). 19 мая Пушкарский приказ передали в ведение «генерала артиллерии» царевича имеретинского Александра Арчиловича (во время пребывания за границей Великого посольства он хорошо изучил в Гааге артиллерийское дело), и с начала 1701 года его ведомство стали называть Приказом артиллерии, но иногда по-прежнему именовали и Пушкарским приказом.

24 августа 1700 года создали новый приказ — Рудокопный — для организации работ по сыску руд, «золотых и серебряных и иных».

Как-то сами собой исчезли приказы Великороссийский (назначал воевод в великороссийские города), Владимирский, Костромская четверть.

Все эти административные изменения — прямой результат инициативы Петра. С одной стороны, он делал то же, что и его предшественники, пытался как-то централизовать, обобщить, упростить управление. С другой — царь вводил новые учреждения, по военному прежде всего управлению, и это понятно — начиналась Северная война за выход к Балтике. Общее количество приказов сократилось с 44 до 34.

Не обошел Петр своим вниманием и церковь. Как и его предшественники, начиная с Ивана III в конце XV века и Ивана Грозного в середине следующего столетия, как его отец, он стремится ослабить ее влияние, пресечь претензии на верховенство по отношению к светской власти, подорвать ее экономические позиции, очень и очень крепкие. Царь и раньше высказывал свое отрицательное отношение к богатым и брюхатым бездельникам, каковыми считал монахов российских. При жизни матери он еще сдерживался. Но и тогда в ряде случаев не очень-то считался с иерархами.

После взятия Азова Петр устремил свой зоркий глаз на церковь: потребовал от нее отчеты о доходах, заставил строить на свои средства корабли, запретил возводить в монастырях новые корпуса, а тем из иерархов, кто имел поместья, платить жалованье.

В 1700 году умер патриарх Адриан. Нового патриарха, которого ждали верующие, так и не назначили. Вместо него Петр ввел новую должность — местоблюстителя патриаршего престола, который имел только функции духовного пастыря. А имущество церкви поступило в Монастырский приказ во главе с И. А. Мусиным-Пушкиным, лицом светским. Доходы от него шли в царскую казну (более 1 миллиона рублей за 1701–1710 годы). По сути дела, Петр провел частичную секуляризацию, продолжил попытки своих предшественников и предвосхитил полную секуляризацию, объявленную Екатериной]] в 1764 году.

Разумеется, перемены в администрации не устраняли чересполосицу функций, громоздкость, однако Петр и его правительство сделали новый шаг вперед, продолжили и развили то, что делалось до них, и заложили основу для более решительной перестройки системы государственного управления, центрального и местного, которую они провели позднее, в ходе Северной войны.