После развала Советского Союза некоторые бывшие подводники бывшего советского Балтийского флота, часть из которых является выходцами из стран Балтии, заявляли о том, что они принимали участие в операциях внутри территориальных вод других стран, занимаясь преимущественно высадкой агентов. Такие заявления были опровергнуты в книге бывшего подводника отставного капитана 1-го ранга Апрелева, однако подобные операции являются обычной практикой подводников всех стран, и трудно поверить, чтобы советский ВМФ не занимался сходной деятельностью. В целом же Советский Союз при проведении своих морских и воздушных разведывательных операций был более предусмотрителен и осторожен, чем Запад, и инцидент в Карлскруна действительно был навигационной ошибкой подводной лодки С-363 на каком-то этапе ее действий.

Тем не менее, как объяснял шведский эксперт по подводным нарушениям контр-адмирал Э. Свенссон, подразделения советского спецназа, базировавшегося в Налдиски, вели разведку шведских берегов с применением сверхмалых подводных лодок «Сирена» и «Тритон», чьи действия обеспечивали траулеры. Позднее они применяли более крупные сверхмалые подводные лодки «Тритон-2», но они всегда были зависимы от судов поддержки. Даже нахождение на противоположном берегу Балтийского моря этой специальной элитной части советских боевых пловцов само по себе являлось важной косвенной уликой. Было еще две совершенно секретных части ГРУ, прозванные «Краб»; сегодня номера этих частей известны—40056 и 45707. Они были созданы в 1965 г. и 1976 г., соответственно, и были нацелены на операции против американской системы СОСУС. На Балтике они не базировались, но могли действовать там с носителя — подводной лодки.

Были и другие свидетельства, указывающие на деятельность Варшавского договора в Швеции. Службы безопасности Швеции обнаружили в 1986 г., что сотрудники польской разведки, под видом торговцев произведениями искусства, побывали в домах примерно ста двадцати шведских лоцманов, с целью установления их личностей и, вероятно, изучения возможности устранения с началом боевых действий. Аналогично, предполагалось, что группы спецназа Балтийского флота, высаженные с подводных лодок, смогут гораздо эффективнее нейтрализовать шведские военно-морские базы, порты, позиции РЛС, средства связи и береговую артиллерию, чем это сделали бы бомбардировки.

Американский военно-морской аналитик Роберт Вейнланд предположил, что СССР мог планировать с началом боевых действий захват и использование аэродромов в южной части Норвегии, подобные намерения могли быть вызваны и организованными «Солидарностью» беспорядками, которые ослабили надежность польского союзника по выполнению его задач и захвату Датских проливов. По мнению Вейнланда, всплеск с активностью подводных лодок-нарушителей мог быть связан с внутренней ситуацией в Польше.

В 1995 г. новая шведская комиссия по подводным лодкам-нарушителям проводила опрос относительно роли Советского Союза в нарушениях шведских территориальных вод и по работе шведской комиссии 1983 г. Агентство радиоразведки Швеции (FRA) в письме на имя министра обороны сообщило, что не располагает данными радиоперехвата о переговорах советской стороны во время преследования нарушителей в Харсфьярдене. Более того, сигналы, которые передавались из шведских вод, даже не будучи окончательно идентифицированы по их национальной принадлежности, «были определены как переданные на западной аппаратуре связи». Как министр юстиции, так и министр иностранных дел поставили под сомнение выводы комиссии 1983 г. по подводным лодкам и высказались против направления формального протеста Советскому Союзу.

 В 2000 г. бывший министр обороны США Каспар Уайнбергер дал весьма примечательное интервью программе шведского телевидения под названием «Стриптиз»:

«Шведское телевидение: Имела ли НАТО основания нарушать шведские воды?

Уайнбергер: Одна из обязательных сторон деятельности НАТО, как оборонительного альянса, заключалась в проверке состояния обороны против нападения советских подводных лодок во всех районах. И, несомненно, были случаи, когда НАТО желала убедиться, что надлежащая береговая оборона какого-то государства действительно существует как элемент единой оборонительной линии альянса. Я обратил внимание, что бывший премьер-министр Карлссон сделал несколько заявлений о том, что НАТО готовится к войне. Это абсолютно неправильно. НАТО готовится к защите против нападения. У НАТО нет наступательных возможностей и нет наступательных планов.

Операции в водах Швеции являлись частью обычных плановых проверок обороноспособности, которые проводила и вынуждена была проводить НАТО, если она действительно хотела видеть себя ответственной за оборону и могущей ее осуществлять. Случай с советской подводной лодкой класса «Виски» в 1981 г. был настоящим нарушением, подводные лодки могут появляться там, где их присутствие нежелательно, и именно поэтому мы делали эти проверки боеготовности и различные маневры, чтобы убедиться, что они не смогут этого сделать, не обнаружив себя... Прямые консультации и дискуссии одних ВМС с другими ВМС, которые мы проводили, причем со всеми странами, не только со Швецией, были направлены на обеспечение способности НАТО выполнить эту задачу и иметь широкие возможности для проверок, путем маневров, или в какой-то иной форме, адекватности обороны и наличия у Советов новых возможностей, которые бы требовали каких-то изменений в нашей обороне или других действий подобного рода. Помимо тогдашнего нарушения, совершенного подводной лодкой класса «Виски», других нарушений не было. Советы не показали иных возможностей для нападения, против которых у нас не было бы защиты... Дело в том, что требовалось часто проверять возможности всех стран, не только на Балтике, которая, безусловно, имеет важное стратегическое значение, но и в Средиземном море, и в морях Азии, и во всех остальных.

Шведское телевидение: Как часто это делалось в Швеции?

Уайнбергер: Не знаю. Достаточно часто, чтобы удовлетворить требованиям военных о том, что все в норме. Мы знали, когда Советы получают подводную лодку нового типа. Потом нам требовалось посмотреть, как выглядит наша оборона против этой лодки. Все это делалось на регулярной основе, и на согласованной основе».

Шведский премьер-министр отреагировал на это интервью на следующий день, выступив в парламенте Швеции: «Бывший министр обороны США, в своем длинном интервью в четких выражениях представил рациональное обоснование того, что, по его мнению, НАТО несомненно делала в наших водах».

 В 2001 г. еще одна комиссия — уже третья комиссия по подводным лодкам, возглавляемая послом Р. Экеусом, — производила переоценку фактов. В ходе работы комиссии министр обороны Швеции Бьорн фон Сидов предоставил исследователю Оле Тунандеру доступ к ранее секретным документам по инциденту в Харсфьярдене. Изучение документов Тунандером пролило свет на многие поразительные факты.

Темно-серая рубка подводной лодки, которую шведская пара заметила в конце сентября, была высотой один метр, шириной полтора метра и имела форму квадрата. Рубка подводной лодки, которую 4 октября в Садхамме наблюдал командир местной береговой охраны, имела квадратную форму и была высотой около 10 метров. Как пояснил контр-адмирал Свеннсон, «в темноте он наблюдал ходовые огни (красный и зеленый) на объекте, который сначала приблизился к наблюдателю, а затем удалился от него за островок. Он определил его высоту в 10 метров. Однако нельзя сказать, каким был угол наблюдения в тот момент, когда он прикидывал размер объекта. Можно сделать двоякий вывод — он видел либо рубку, либо подводную лодку. В 1982 г. я отнес это наблюдение к подводной лодке, потому что быстроходный патрульный катер вскоре после названного наблюдения обнаружил в том же районе подводный объект. Не уверен, сделал бы я подобную интерпретацию сегодня». Согласно записям в журнале регистрации военно-морской базы от 5 октября, по показаниям гидролокатора цель классифицировалась как небольшая подводная лодка длиной 35—40 метров. Через два дня в Берга отметили темную квадратную рубку размером 3 на 4 метра. Выставляя напоказ свои рубки, подводные лодки умышленно привлекают внимание, что крайне необычно для советской подводной лодки. Описания двух квадратных рубок — одна большая, одна маленькая — не подходят для советских лодок. Наблюдение длилось несколько минут, и идентификация лодок не составила бы проблемы, особенно если бы лодки принадлежали к хорошо известным классам советских подводных лодок.