«Бэмфорд совершенно игнорирует тот факт, что всего за два дня до 8 июня 1967 г. Соединенные Штаты в Совбезе ООН публично заявили на весь мир, что на сотни миль от зоны боевых действий нет ни одного американского военного корабля. Цепная реакция началась с сообщения израильской армии о взрывах в Эль-Арише. Поскольку израильтяне контролировали ситуацию на земле и в воздухе, они предположили, что их обстреливают с моря, с какого-то военного корабля, бывшего у них па виду. Принимая во внимание публичное заявление США, кажется более логичным, что израильтяне приняли нечетко видный серый военный корабль, плывущий у них на глазах, за судно противника, а не за американский корабль».

Замечание Кристола о взрывах в Эль-Арише подтверждает разговор А. Шелдона-Дюпле с египетским лоцманом, который произошел 20 апреля 1988 г. на борту французского эсминца «Монкальм» во время прохождения эсминцем Суэцкого канала. Лоцман канала был раньше морским офицером и в июне 1967 г. служил на ракетном катере класса «Комар». По словам лоцмана, египетские катера выпустили несколько ракет «Стикс» по израильским наземным войскам, наступавшим возле Эль-Ариша. По мнению лоцмана, израильская атака «Либерти» была вызвана стремительными действиями египетских ракетных катеров и их последующим исчезновением с места событий, что оставило израильтян в недоумении относительно действительного источника этой бомбардировки с моря.

Государственный секретарь США Дин Раек и командующий ВМС США в зоне Атлантики адмирал Томас Мурер израильские объяснения не приняли. Для многих выживших членов экипажа «Либерти» и писателя Д. Бэмфорда, израильская торпедная атака, которая последовала за авиационным ударом по «Либерти», вряд ли может быть объяснена неправильным определением национальной принадлежности.

Торпедная атака подтверждает их заявления о том, что это было обдуманное и циничное нападение с целью убрать нежелательного свидетеля. Кристол, однако, оспаривает утверждения о том, что нападение израильских ВВС длилось около двенадцати минут и было прекращено, как только израильтяне поняли, что «Либерти» не является арабским судном. Кристол далее поясняет: «Пока ВВС начинали спасательную операцию, подошли торпедные катера, которые остановились и начали подавать сигналы «Либерти». «Либерти» ответило стрельбой по торпедным катерам, вследствие чего катера начали торпедную атаку. Она длилась менее пятнадцати минут, и все это время на торпедных катерах считали, что перед ними находится противник, который их обстрелял». Столкнувшись с фактами, военно-морская разведка Израиля представила свой вариант событий, который в изложении Кристола выглядит так:

«На рассвете 8 июня, примерно в 06:00, самолет-разведчик ВМС Израиля обнаружил «Либерти», которое двигалось курсом на юго-восток и находилось более чем в 70 милях к юго-западу от Эль-Ариша. Была определена национальная принадлежность судна, после чего информация была передана в штаб военно-морской разведки, который отметил «Либерти» значком на планшете боевой обстановки в штабе ВМС. Прошло пять часов, и отметку «Либерти» на планшете посчитали устаревшей информацией и удалили с планшета. В 11 :00 в штабе произошла смена дежурных, однако информация о «Либерти» не была доложена офицеру, который принял дежурство. Приблизительно в 13:00, когда стало известно о судне, находящемся в 14 милях от побережья Синайского полуострова и двигающемся на запад, и обстреле с моря позиций израильской армии, старший морской начальник ничего не знал об утреннем обнаружении «Либерти» за много миль к западу».

Аналитики ЦРУ пришли к выводу, что «Либерти» и египетский транспорт на удалении могли выглядеть одинаково и поэтому по ошибке могли быть приняты один за другой. Более убедительным выглядит заявление доктора М. Новицки. Бывший переводчик иврита в ВМС США, находившийся в тот момент на борту разведывательного самолета АНБ ЕС-121, писал Бэмфорду: «Мы записали многое, если не все, о нападении. Далее, наши материалы перехвата, до этого никогда не публиковавшиеся, свидетельствуют, что со стороны Израиля нападение было случайным». В журнале «Уолл Стрит джорнал» от 16.05.2001 г. Новицки писал, что израильская атака действительно произошла по ошибке: «Мое мнение, которое противоречит мнению мистера Бэдфорда, состоит в том, что... нападение было величайшей ошибкой». Ставшие достоянием публики материалы перехвата АНБ подтверждают эту точку зрения.

Рассказ египетского лоцмана о том, что взрывы в Эль-Арише были вызваны ракетами, выпущенными с катеров класса «Комар», что, в свою очередь, вынудило израильские ВВС искать виновника взрывов в море, может послужить еще одним свидетельством для снятия обвинении с Израиля в умышленной атаке на своего лучшего союзника.

 После инцидента с «Либерти» заместитель начальника штаба ВМС США приказал вооружить все разведывательные корабли США. 14.12.1967 г. разведывательным судам «Бэннер», «Пуэбло» и «Атакапа» перед последующими разведывательными операциями в море было приказано установить минимум по два пулемета калибра 12,7 мм. Это, конечно, вряд ли могло быть эффективным средством против реактивных истребителей и торпедных катеров, которые напали на «Либерти». Несмотря на неуспех с «Либерти», ВМС США продолжал сбор разведывательной информации в Средиземном море, на Черном море, у побережья Африки, на Кубе и в западной части Тихого океана. (Модернизированный морской буксир «Атакапа» работал в Средиземном море с июня по октябрь 1968 г.)

В 1967 г. «Пуэбло», построенное двадцать пять лет тому назад и использовавшееся сухопутными войсками США для прибрежных грузовых перевозок, было переоборудовано в надводное разведывательное судно и планировалось к использованию в ходе второго этапа операции «Жук-щелкун». Боевой приказ командующего военно-морскими силами США в Японии № 301—68 от 12.03.1968 г. гласил:

«Мной успешно проверены боевые возможности и политическая значимость использования одиночного малоразмерного судна типа траулер в качестве корабля наблюдения на море и ведения разведки. Второй этап предусматривает расширение объема операции с использованием двух судов («Бэннер» и «Пуэбло») для обеспечения непрерывного ведения разведки в заданном районе или в ходе операции. Целью операции является также проверка реакции Советского Союза на непрерывное присутствие американских разведывательных судов в районах действия советского ВМФ. Предполагается, что как опыт, накопленный в ходе выполнения второго этапа, так и тактические приемы и оборудование, разработанные и примененные нашими силами, последовательно приведут к выполнению третьего этапа операции — использованию большего количества малых судов».

Инструкции второго этапа операции «Жук-щелкун» требовали от разведывательных судов держаться не ближе 13 морских миль от берега и избегать любых действий, которые могут быть расценены как провокация. Погодные условия вдоль советского побережья в это время года и агрессивное поведение военных кораблей красных китайцев заставили отправить в первое плавание свежеиспеченного разведчика «Пуэбло» к берегам Кореи, «страны утренней свежести». Риск от предстоящей операции представлялся минимальным, поскольку однотипное судно-разведчик «Бэннер» и более крупное «Оксфорд» во время их предыдущих походов к берегам Кореи не подвергались никаким угрозам. Служба перехвата иностранных широковещательных станций слышала предупреждения Пхеньяна о провокационных актах в территориальных водах «катерами-разведчиками», замаскированными под рыбацкие лодки, но американцам показалось, что недовольство северокорейского флота распространяется только на рыбаков и военные корабли Южной Кореи.

Начальник отдела текущей разведывательной информации при штабе командующего ВМС США в зоне Тихого океана Б.Р. Инман не был встревожен. Он не был знаком с телеграммой директора АНБ от 29.12.1967 г., в которой отмечалась усиленная активность морских сил Северной Кореи, в том числе и потоплении ими южнокорейского патрульного катера, однако позже заявил, что указанная телеграмма вряд ли бы повлияла на его оценку обстановки. 11 января 1968 г. «Пуэбло» покинуло Японию. Двенадцатью днями позднее судно было окружено канонерскими лодками Северной Кореи и, при попытке оторваться от них, было обстреляно, что привело к гибели одного американского моряка. Коммандер Л. Блэчер не пошел на риск потерять своих людей в ледяной воде и сдал судно в плен. Восемьдесят два члена экипажа «Пуэбло» были доставлены в Вонсан (КНДР) в качестве пленников. В последующие одиннадцать месяцев северные корейцы подвергали пленников пыткам, заставив некоторых моряков угрозами подписаться под «признаниями» в их вине и выступить по радио в политических передачах. Президент Линдон Джонсон отверг несколько военных вариантов решения вопроса и пошел на переговоры. 23 декабря 1968 г. экипаж судна был освобожден. ВМС США не стали предавать военно-полевому суду капитана судна и его первого помощника. Несмотря на все усилия экипажа, они не смогли уничтожить все имевшиеся на борту «Пуэбло» секретные документы, которые требовались им для выполнения поставленной задачи.