В 1989 г. российские военно-морские историки вели исследовательскую работу со старыми секретными документами, хранившимися в архивах, и раскопали там несколько интересных фактов, относящихся к гибели линкора. И хотя ни один из этих фактов не ведет к заключительному выводу относительно точной причины катастрофы, собранные вместе они показывают, до какой степени русский мозг, освобожденный от многолетнего подавления, цепляется за теорию заговоров. Исследование историков заканчивалось следующими выводами:

— Произошло два взрыва, один под корпусом, другой рядом с ним — а не один взрыв, как зафиксировало первоначальное расследование.

— Взрыв проделал пробоину в носу по правому борту, однако корабль дал крен на левый борт и опрокинулся.

— Эксперты по минам свидетельствуют, что немецкие донные мины, которые, как известно, были поставлены в районе Севастополя и сняты после войны, не могли, если бы они взорвались, проделать две большие воронки под кораблем; как докладывали водолазы, воронки имеют слишком большой диаметр и имеют слишком большую глубину.

—  Ни на затонувшем линкоре, ни под ним, ни вокруг него не было обнаружено осколков мин.

— Специалисты по взрывчатым веществам заявляют, что взрыв не имел характеристик удара торпеды.

— Вахтенный офицер, выполнявший свои обязанности в момент взрыва, предположил, что взрыв произошел в неиспользуемых пространствах машинного отделения и высказал догадку, что взрывчатка была заложена туда до приема корабля в 1949 г. от итальянцев.

— Один из переживших взрыв офицеров с нижних палуб утверждал, что перед взрывом он слышал тихое урчание и звук царапанья, что, возможно, могло указывать на присутствие транспортного средства, в котором находились подводные пловцы.

— За месяц до взрыва противоторпедная сеть, охранявшая северную часть бухты, была снята для ремонта.

—  Боновое ограждение бухты и противолодочная сеть, охранявшая якорную стоянку «Новороссийска», были открыты вечером накануне взрыва; это было сделано во исполнение приказа командующего ЧФ С. Горшкова о недопущении задержек с прибытием и отходом кораблей.

— Гидроакустическая станция прослушивания противолодочной борьбы «Сатурн-12», охранявшая подходы к севастопольской бухте, была в день накануне взрыва выключена для проведения ремонтных работ в период с восьми утра до семи вечера и поэтому была не в состоянии обнаружить подводного нарушителя, проникшего в бухту.

— Дежурный патрульный корабль — большой охотник за подводными лодками «БО-427» — в момент взрыва стоял у причала, а не занимался, согласно поставленной задачи, патрулированием бухты.

Эти заново вскрытые факты оспаривают секретные выводы самого первого расследования, проведенного ВМФ, которое в ноябре 1955 г. было поспешно завершено комиссией, возглавляемой Членами Военного совета адмиралами В.А. Малышевым и Н.М. Кулаковым.

П. Хухтхаузен опубликовал короткий очерк о гибели линкора «Новороссийск» в первом номере журнала «Военно-морская история» за 1996 г., который издается военно-морским институтом ВМС США. В ответ на публикацию автор получил письмо от сына одного из членов группы пловцов, руководимых В. Боргезе в годы Второй мировой войны. Автор письма утверждал, что его отец никогда бы не принял участия в подобной акции после окончания войны.

Несмотря на свидетельства и контрсвидетельства относительно обстоятельств гибели линкора, определенное сокрытие официальными кругами НАТО действий Боргезе в послевоенное время дает основания для подозрений. Писатели Джек Грин и Алессандро Массиньяни в подробностях описали тот туман, который напускают правительство Италии и официальные лица НАТО, контролирующие основные архивы, в своей книге «Черный князь» и морские дьяволы: история Валерио Боргезе и элитных подразделений «Десима «MAC», которая вышла в 2004 г.

Еще более неожиданным является свидетельство, представленное бывшим офицером КГБ морским пограничником Вячеславом Сергеевым, чей небольшой корабль имел задачу патрулировать крымское побережье. По словам Сергеева, утром следующего дня после взрыва на «Новороссийске» его патрульный корабль был выслан на прочесывание севастопольской бухты на предмет обнаружения чего-нибудь подозрительного. Он и команда его корабля обнаружили магнитную мину, прикрепленную к ближайшему швартовочному бую, у которого должен был швартоваться крейсер «Керчь». Мина была поставлена в положение «на взрыв» с задержкой в 10 дней, т.е. на 7-е ноября — день, когда в Советском Союзе официально праздновалась очередная годовщина Октябрьской революции. Крейсер «Керчь», как и «Новороссийск», был изначально итальянским военным кораблем и назывался «Герцог Эммануэль Фильберто д'Аоста».

 Вне зависимости от того, что явилось причиной гибели линкора, опасения по поводу возможности новых подобных катастроф вызвали резкий скачок в советских усилиях по подводной обороне, включая разработку специальных датчиков и организацию специальных сил для защиты бухт. В 1953 г. ленинградский Институт изучения акустики «Морфизприбор» начал разработку стационарной подводной системы датчиков для защиты бухт; новая система должна была заменить старые системы, показавшие свою неэффективность. Разработка получила кодовое наименование «Волхов» и после катастрофы с «Новороссийском» стала высшим приоритетом. После завершения государственных испытаний в 1956 г. началось серийное производство «Волхова». После этого один комплект данной системы был развернут на Северном флоте, и второй комплект — на Тихоокеанском флоте. Для защиты Черноморского флота под Феодосией устанавливалась более новая система под названием «Лиман». И все же наиболее впечатляющим было развитие специальных подводных сил.

Советский ВМФ использовал подводных пловцов в годы Второй мировой войны; первая боевая часть пловцов была образована в Ленинграде в 1941 г., ее задачей было ведение разведки немецких войск, осаждавших город. После окончания войны потребность в боевых пловцах сохранилась, и в 1954 г. на Черном море был организован Шестой военно-морской полк подводной разведки. Одним из факторов, заставившим сделать упор на подводную оборону, явилось обнаружение следов ласт неизвестного пловца на пляже вблизи элитного санатория для советских государственных и партийных работников; это открытие вызвало настоящую тревогу и подтвердило опасения относительно того, что НАТО проводит операции специальных сил на советском побережье. В октябре 1956 г. еще один полк подводной разведки, получивший название «Парусники», был образован на Балтике.

В том же году в Портсмуте (Англия) получил известность случай подводного шпионажа, в котором был замешан боевой пловец королевских ВМС коммандер Крэбб (о нем подробнее рассказывается в другой главе этой книги). Опасения относительно того, что морские дьяволы Черного Князя могли быть причастны к гибели «Новороссийска», послужили еще одним обоснованием для принятия решения на ускоренное развитие подводных разведывательных полков, способных вести как оборонительные, так и наступательные действия. Соответственно, в 1957 г. по приказу министра обороны маршала Жукова были сформированы особые подводные разведывательно-диверсионные части, или части морского спецназа.

Еще один повод к необходимости готовить боевых пловцов появился в июне 1967 г., когда Шестидневная война на Ближнем Востоке застала врасплох Москву и ее ВМФ. Корабли советского ВМФ разных типов находились в Порт-Саиде (Египет), и советское верховное командование вдруг осознало, что советские корабли оказались там беззащитными против возможной подводной атаки израильских специальных сил. Как итог в советском ВМФ был сформирован 1-й противодиверсионный полк, который базировался на Черном море и имел боевую задачу защищать корабли и береговые сооружения от боевых пловцов.