Для Москвы основная головная боль заключалась в другом. 22 ноября советский посол в Гаване направил срочную телеграмму А.И. Микояну, главному кремлевскому переговорщику, находившемуся в это время в США:

«Директива кубинского МИД Лечуге, своему представителю в Нью-Йорке, содержит следующую фразу: «У нас есть тактическое оружие, которое мы должны сохранить». Советуем нашим кубинским друзьям срочно скорректировать эту часть директивы Лечуге, и четко сказать ему, что у кубинцев нет ядерного оружия. Важно немедленно дать такое указание Лечуге, чтобы он не сделал какого-нибудь заявления в несерьезном разговоре, который кто-нибудь может услышать».

Американская разведка, безусловно, была в неведении относительно этого дополнительного тактического ядерного оружия. Советский Союз, в конце концов, согласился убрать все бомбардировщики Ил-28, а Кеннеди выполнил свое обещание не вторгаться на Кубу. И это можно считать самым долгосрочным успехом операции «Анадырь» — как с точки зрения СССР, так и Кубы.

14.12.1960 г. директор АНБ (Агентство национальной безопасности) вице-адмирал Л.Х. Фрост ввел состояние боеготовности «Браво» (предшествует высшей степени боевой готовности) всем американским станциям радиоперехвата на Дальнем Востоке. Повышенная готовность, введенная Вашингтоном, была вызвана обнаружением американскими средствами радиоразведки воздушного моста, организованного Советами для поддержки коммунистических групп в Лаосе. В последующем администрация Кеннеди даже направила дипломатический протест в Москву. Вашингтон действительно опасался, что возможное вмешательство Советов или китайских коммунистов, или и тех и других в конфликт в Лаосе подтвердит на практике «теорию домино» бывшего президента Д. Эйзенхауэра. Если Лаос рассматривался стратегическим ключом к Юго-Восточной Азии, то проникновение коммунистов в Южный Вьетнам, которое проводилось под руководством лидера Северного Вьетнама Хо Ши Мина, вскоре тоже стало предметом озабоченности президента Кеннеди. Прошло совсем немного времени, и северные вьетнамцы стали использовать в своей стратегии и морские просторы.

Проникновение морем в Южный Вьетнам началось в 1963 г. Тогда под руководством северовьетнамского контр-адмирала Тран Ван Зяна была создана воинская часть для выполнения задачи инфильтрации по морю, которая получила наименование «Группа 759». 603-й отдельный батальон этой группы, базировавшийся на Хайфон, имел своей боевой задачей переброску личного состава и материальных средств на юг страны морским путем вдоль побережья. Второй организацией, занимавшейся подобными вопросами, была секция связи исследовательского управления Партии трудящихся Вьетнама (ПТВ), доставлявшая партийных агентов на юг по морю вдоль береговой линии протяженностью 1200 миль; для маскировки своих действий секция успешно использовала присутствие многочисленных рыбацких суденышек, традиционно занимавшихся промыслом в этих районах. Американская радиоразведка вскоре пришла к выводу, что отслеживать северовьетнамские лодки-нарушители практически невозможно. С другой стороны, сочетание радиоразведки с источниками агентурной разведки, преимущественно с захваченными экипажами и документами противника, также не было эффективным противодействием потоку северовьетнамских агентов на юг.

В декабре 1961 г. ВМС США установили линию патрулирования, которая являлась морским продолжением существовавшей на суше демилитаризованной зоны, разделявшей северную и южную части страны, вдоль параллели 17 градусов. Этот район моря постоянно контролировался пятью минными тральщиками, имевшими большой радиус действия, и несколькими самолетами-разведчиками сухопутных войск и ВМС США. Несмотря на первоначальный скептицизм, высказанный командующим ВМС США в зоне Тихого океана относительно северовьетнамского проникновения морским путем, министр обороны Р. Макнамара приказал продлить линию патрулирования в Южно-Китайском море па юг и на запад вдоль побережья Камбоджи до острова Фукуок. К марту 1962 г. ВМС опять пришли к выводу, что их усилия по противодействию проникновения на юг были непродуктивными: «Исходя из полученных к настоящему времени результатов, следует считать, что патрулирование оказалось неэффективным в захвате нарушителей, если значительное проникновение действительно имело место, хотя, возможно, присутствие патрульных кораблей несколько остудило пыл».

 Недавно рассекреченная информация позволяет по-новому взглянуть на то, что же на самом деле случилось летом 1964 г. в Тонкинском заливе. В декабре 2007 г. была частично рассекречена работа исследователя из АНБ Р.Д. Ханьока под названием «Спартанцы в темноте: АНБ, американская радиоразведка и война в Индокитае, 1945—1975 гг.» В этой работе впервые представлена полная версия американской радиоразведки относительно развития событий в Тонкинском заливе в период с 1 по 4 августа 1964 г. Исследование Р.Д. Ханьока основано на изучении 122 документов радиоразведки того периода вместе с примечаниями, сделанными в центрах перехвата, и личными беседами с участниками тех событий. Р.Д. Ханьок приводит в своей работе телеграммы, которыми обменивались между собой центры перехвата и военные штабы разных уровней, вовлеченные в Тонкинский инцидент. Информация, которую приводит Р.Д. Ханьок, показывает, как грубая ошибка радиоразведки вынудила президента Джонсона бросить Соединенные Штаты в самый кровавый конфликт со времени окончания Второй мировой войны.

Новый сайгонский режим, и в предшествующие годы неспособный контролировать проникновение северных вьетнамцев морским путем, в 1964 г. все так же вяло противодействовал организованному Северным Вьетнамом проникновению Вьетконга на юг. После убийства президента Нго Динь Дьема власть в Сайгоне перешла к новому правительству. Министр обороны Макнамара и только что вступивший в президентскую должность Л.Б. Джонсон были полны решимости оказать тайную и эффективную поддержку своему южновьетнамскому союзнику. Они приказали усилить военное давление па Ханой. В начале 1964 г. министерство обороны США взяло под свой контроль все тайные операции в этом регионе, которыми до этого занимались другие американские структуры и которые были одиночными и не скоординированными.

Новый план действий охватывал период в 12 месяцев и предусматривал выборочные нападения, которые можно было бы «приписать» Южному Вьетнаму, который старается «убедить руководство Северного Вьетнама прекратить руководство и поддержку подрывной деятельности в Республике Южный Вьетнам и Лаосе». Далее но плану предусматривались «неприметные» регулярные беспокоящие нападения, которые вынудили бы Ханой выделять для их отражения значительные силы. Следующий этап, «изматывающий», предусматривал атаку важных военных и гражданских объектов, потеря которых могла вызвать «временную приостановку поступления важных ресурсов», что, в свою очередь, могло спровоцировать народные выступления на севере страны. В заключительной, «карательной» части плана, рассматривалась возможность повреждения или уничтожения важнейших гражданских или военных объектов. Заключительная фаза плана разрешала проведение кампании воздушных бомбардировок с целью заставить Ханой отказаться от поддержки Вьетконга. Тот же план давал «зеленый свет» новым и более агрессивным операциям на море, которые планировалось проводить на быстроходных катерах «Нейсти» норвежской постройки, предоставляемых и эксплуатируемых ВМС США. Эти норвежские катера перевозили солдат специальных войск Южного Вьетнама, которые были усилены наемниками из числа южнокорейцев и чанкайшистских китайцев. Позднее на эти же катера возложили задачи обстрела северовьетнамских РЛС в ночное время и, путем высадки диверсантов, распространения террора на побережье, уничтожения мостов и других объектов прибрежной инфраструктуры Северного Вьетнама. Какими бы блестящими ни казались эти операции, северные вьетнамцы оказались способными успешно реагировать на них. Самым ужасным недостатком этих операций являлось отсутствие надежной разведывательной информации о назначенных целях до начала выполнения этих операций.