Л.А. Вторыгин считает, что миф о пустом самолете разошелся по Советскому Союзу для успокоения общественности, напуганной убийством невинных людей. Второе объяснение, что тела превратились в порошок, было сразу же отвергнуто специалистами по авариям. Тот факт, что тела находились под водой почта пятьдесят дней, прежде чем останки самолета были обнаружены, может свидетельствовать в пользу третьей теории: они были съедены гигантскими крабами и акулами. Капитан 1-го ранга О. Малов, бывший водолаз ВМФ, участвовавший в этой операции, говорит, что видел части человеческих тел среди обломков самолета, все они были в состоянии сильного разложения.

Б. Шлоссберг возражает против того мнения, что должно было быть найдено большое количество скелетов и костей. Корреспонденты газеты «Известия» Шальнев и Иллеш беседовали с Михаилом Игоревичем, капитаном советского подводного аппарата «Тинро-2», который предложил четвертое объяснение: большинство пассажиров могли быть вытянуты из самолета наружу в результате декомпрессии и лишиться одежды в воздухе; в этом случае их тела рассредоточены в более обширном районе. Возможно, комбинация третьего и четвертого объяснений более всего соответствует истине.

 Вскоре после того как самолет был сбит, группа экспертов, представляющих Министерство обороны, КГБ и Министерство авиационной промышленности начала работу с «черными ящиками», которые в конце октября в обстановке секретности были подняты и доставлены в НИИ ВВС в Москве. В своем первом письме па имя Ю.В. Андропова тогдашний министр обороны маршал Д. Устинов и председатель КГБ В. Чебриков отмечали, что секретность в отношении факта подъема «черных ящиков» соблюдена: «В настоящее время у нас нет данных о том, что какая-либо информация о подъеме указанного оборудования и его доставке в Москву стала доступной разведывательному сообществу США и Японии». Этот документ, предназначенный для внутреннего использования, был обнародован в 1992 г. по распоряжению Б. Ельцина; документ демонстрирует абсолютную уверенность советских экспертов в том, что вторжение авиалайнера было умышленным.

28.11.1983 г. эксперты представили свой анализ «черных ящиков» Ю.В. Андропову. В их докладе подчеркивалось, что экипаж не пытался взять на себя управление самолетом для того, чтобы скорректировать траекторию полета, «несмотря на то, что имелась вся необходимая приборная информация, показывающая значительное отклонение от международной трассы». Более того, экипаж использовал текущие данные от инерциалыюй навигационной системы (ИНС) для «представления фальшивой информации пунктам управления воздушным движением относительно положения самолета на международной воздушной трассе». В анализе подчеркивалось, что «ни единичная ошибка, ни комбинация ошибок в программировании траектории полета экипажем не могли привести к подобному полету, поскольку постоянный магнитный курс контролируется ИНС». В заключение анализа говорится: «есть основания полагать, что южнокорейский самолет следовал по заранее проложенному маршруту и его экипаж знал действительное местоположение в течение всего времени полета».

В декабрьском письме советскому руководителю Д. Устинов и В. Чебриков также подчеркнули, что «ИНС не была подключена к автопилоту и использовалась только для получения информации о местоположении самолета на международной трассе в любое время в течение всего полета». Устинов и Чебриков пишут в заключение: «Принимая во внимание... высокие профессиональные навыки летного экипажа и высокую надежность навигационного оборудования самолета, следует считать как несомненно установленный факт, что вторжение южнокорейского самолета в воздушное пространство СССР было намеренным». Однако, следуя рекомендациям специалистов, министр обороны и председатель КГБ предложили не передавать бортовые самописцы в международную организацию гражданской авиации (ИКАО), поскольку информация может быть неправильно понята и использована в «кампании антисоветской истерии».

 Для советского руководства инцидент с рейсом «КАЛ» № 007 был хладнокровно спланированным американским заговором, целью которого было подвергнуть Советский Союз остракизму на международной арене. Последующая антисоветская пропаганда в ООН и других международных организациях подтвердила это. Фишер приводит высказывание Андропова, сделанное им 29.09.1983 г., относительно американо-советских отношений: «Если кто-то и питал иллюзии относительно возможности эволюции к лучшему в политике действующей американской администрации, то недавние события их полностью развеяли».

За четыре недели США положили конец кубинскому господству на Гренаде, крохотном островке в Карибском море, который был к тому же и членом британского Содружества наций. Через неделю, 02.11.1983 г., НАТО начало плановые десятидневные командно-штабные учения под кодовым наименованием «Able Archer-83» («Умелый стрелок-83»). Особенностью плана учений было условное осложнение обстановки с условным введением боевой готовности № 1 — высшей степени боевой готовности и условное нанесение ядерного удара. Бывший резидент КГБ в Лондоне О. Гордиевский писал, что Москва ошибочно приняла учения «Умелый стрелок-83» за уловку, призванную скрыть подготовку к реальному ядерному удару. Ночью 8 ноября КГБ неправильно информировал свои резидентуры о том, что американские войска в Европе отмобилизованы, что может означать начало обратного отсчета времени для неожиданного ядерного удара. От резидентур КГБ потребовали дать немедленное подтверждение этой информации.

В ту ночь у П. Хухтхаузена, бывшего тогда военно-морским атташе США в Белграде, состоялся неожиданный телефонный разговор с его соседом, советским военным атташе полковником Владимиром Жуком. Хотя Жук проживал менее чем в 1000 метров от резиденции военно-морского атташе США, Хухтхаузен редко виделся с советским атташе. После ввода советских войск в Афганистан в декабре 1979 г. большинству западных атташе запретили общаться с их советскими коллегами. Но поздний телефонный звонок был на самом деле чем-то неслыханным. Жук был озабочен, он спросил, не может ли Хухтхаузен зайти к нему, чтобы поговорить. Поскольку американского военного атташе, начальника Хухтхаузена, на тот момент в городе не было, он согласился зайти к Жуку. Когда Хухтхаузен пришел, его провели в казенно обставленную комнату с темно-красными портьерами, закрывавшими стены, и неприветливым Лениным на портрете. «Известно ли вам что-нибудь о военных приготовлениях НАТО к нападению на СССР?» — задавший этот вопрос советский полковник говорил на прекрасном сербо-хорватском. Захваченный врасплох Хухтхаузен немного подумал, потом сказал: «Полковник Жук, если бы НАТО собиралось неожиданно напасть на вашу страну, то меня здесь, в Белграде, они бы наверняка информировать не стали. Я о таких планах не знаю». Жук потом достал бутылку водки, и они подняли тост за дружбу.

Имевший место ранее всплеск активности секретных каналов связи между Вашингтоном и Лондоном, который на самом деле относился к американскому вторжению на Гренаду, вроде бы подтверждал опасения Москвы. В качестве ответной меры Советский Союз привел в повышенную готовность свои ядерные силы и установил высшую степень готовности для самолетов-носителей ядерного оружия, и, возможно, для других стратегических сил. Москва, получившая информацию от своих агентов, отменила высшую степень боевой готовности после окончания учений НАТО 11 ноября. Историк Войтех Маетны считает, что в критический момент восточногерманская разведка убедила Москву. Сообщалось, что президент Рейган был очень удивлен, когда ему рассказали о советских страхах. Узнав об операции «РЯН», он заявил своему советнику Р. Макферлейну: «Не понимаю, как они могли в это поверить, но это что-то такое, над чем стоит задуматься». В то же время американская разведка посчитала предупреждения Гордиевского за пропаганду. Годом позже, в мае 1984 г., в отчете ЦРУ было сказано, что «советские руководители не осознавали подлинной опасности неминуемого конфликта».