В 1805 году Бетанкур начал снова подумывать о поездке на Кубу. Прежде всего это было связано с его финансовым положением: Испания вошла в полосу гиперинфляции. Во Франции совместное предприятие с Бреге терпело убытки, и Бетанкуру пришлось отказаться от своей доли. Августин никогда не мечтал о богатстве, но ему постоянно не хватало денег. И хотя у него были возможности заработать, он всегда на первое место ставил науку, а уж затем выгоду.

Поездка на Кубу давала уникальную возможность — крупно заработать на сахарном производстве и стать пионером по внедрению паровых машин в Вест-Индии. К тому же сам Мануэль Годой был заинтересован в этом — он имел там личные финансовые интересы. Более того, сама королевская семья подумывала о том, чтобы оставить Мадрид и на какое-то время перебраться в Мексику, как это сделает впоследствии португальский король, переехав в Бразилию.

Однако военно-морское сражение 21 октября 1805 года на атлантическом побережье Испании, около города Кадис, у мыса Трафальгар, между английскими и франко-испанскими вооруженными силами внесло заметные изменения в жизнь не только королевской семьи, но и всех испанцев. В этой решающей морской битве Франция и Испания потеряли двадцать два корабля, а Великобритания — ни одного, правда, в сражении погиб легендарный командующий английским флотом адмирал Нельсон. Победа Великобритании закрепила морское превосходство Лондона, установленное в Атлантике и в Средиземном море ещё в XVIII веке. Всем стало ясно, что из-за политики умиротворения Наполеона, проводимой Мануэлем Годоем («князем мира»), Испания окончательно потеряла Вест-Индию. И хотя де-юре это произойдёт на несколько лет позже, де-факто отделение Вест-Индии от Испании — неминуемо, как произошло, например, в 1776 году, когда Соединенные Штаты Америки объявили о своей независимости от Великобритании.

Ехать на Кубу не имело смысла. Испания потеряла военный флот и не могла контролировать и охранять торговые пути из метрополии в Новый Свет. Бетанкур снова вернулся к предложению русского посланника Ивана Матвеевича Муравьева-Апостола.

В 1805 году Муравьев-Апостол был неожиданно отозван в Санкт-Петербург и снят со всех должностей. По некоторым данным, он впал в немилость у Александра I за разглашение «недостоверных сведений» о подготовке убийства Павла I. От поездки в Россию на какое-то время опять пришлось отказаться. 1806 год Бетанкур полностью посвятил преподавательской работе. Он переработал учебные планы по математике, плоскостной и сферической тригонометрии, коническим сечениям, дифференциальному и интегральному исчислению, а также основам теоретической и экспериментальной физики. Учебные планы, составленные Бетанкуром, являлись продолжением и обобщением работы, проделанной в Париже его учителями Гаспаром Монжем и Жаном Родольфом Перроне.

Заслуга Бетанкура заключалась не только в том, что он засеял французские семена в испанскую почву, — он теоретически переосмыслил учебные планы Политехнической школы в Париже (Ecole Polytechniqe), Парижской школы мостов и дорог (Ecole des Ponts et Chaussees) и Высшей нормальной школы (Ecole normale superieure). При этом базой для создания Мадридской школы, как уже было сказано, явился Королевский кабинет машин в Буэн-Ретиро. Это отличало учебный процесс в Испании от учебного опыта Франции — в Париже за учебной партой ещё не изучали паровые машины двойного действия.

Ещё в 1799 году Бетанкур выкупил у государства ткацкую фабрику в Авиле и переоборудовал её машинами и станками собственного изобретения. Фабрика выпускала материю из набивного хлопка. Для Испании, особенно для центральной её части, производство было революционным: основные текстильные мануфактуры располагались в Каталонии, а само изготовление хлопчатобумажных тканей в Европе было открыто впервые только в 1772 году в Англии. Однако преподавательская работа отнимала у Бетанкура много времени и не позволяла ему заниматься бизнесом в полную силу, поэтому фабрика оказалась нерентабельной.

Кроме того, Бетанкуру приходилось часто бывать при королевском дворе и принимать участие во всякого рода увеселениях; к ним он относился, с одной стороны, с равнодушием, но с другой — отлично понимая, что это часть его повседневной работы. Именно благодаря частому пребыванию при дворе он смог добиться, чтобы казна вернула себе фабрику в Авиле, а ему возместила издержки, понесённые при модернизации производства. К этому времени долги фабрики достигли двух миллионов реалов. Несмотря на тяжелое финансовое положение самого монарха, он удовлетворил прошение Бетанкура и выкупил предприятие.

Но положение Бетанкура стало не намного легче. В испанской казне совсем не было денег на крупные инженерные проекты, интересовавшие учёного. Все деньги съедал непомерно раздутый военный бюджет и неоправданно высокие расходы на содержание королевского двора. Чтобы пополнить казну, без зазрения совести продавались чины, должности, звания и привилегии. При этом государство не имело флота, а войска находились в жалком состоянии. Чтобы угодить Наполеону, «князь мира» отправил один корпус, под начальством генерала Офарильи, в Тоскану, а другой, в количестве четырнадцати тысяч человек, под командованием маркиза Ла-Романа, — в Данию.

Таким образом, Испания лишилась лучших своих солдат, тогда как под предлогом войны с Португалией на Пиренейский полуостров вторгся двадцатичетырехтысячный французский контингент под командованием маршала Жюно.

После Трафальгарского сражения торговля с Вест-Индией почти полностью замерла. Фабрики и мануфактуры пришли в упадок. В это время Бетанкур принимает решение уехать в Париж, и, к его удивлению, Карл IV его с легкостью отпускает. Через несколько лет из России он напишет старшему брату Хосе: «…в эту эпоху от королевского двора отчуждалось всё индивидуальное, всё у что пользовалось хоть некоторым уважением. Мне предоставили разрешение на путешествие сразу же, как только я его попросил»,

В мае 1807 года Бетанкур навсегда покинул Испанию. Через несколько недель после его отъезда в Мадриде начались народные волнения, которые привели к отставке Годоя. Под давлением королевы и для спасения Мануэлито Карл IV отрёкся от престола в пользу своего сына Фердинанда, но, как только дело было сделано, написал Наполеону письмо с отзывом своего отречения. Бонапарт воспользовался моментом и, пригласив в Байонну Карла IV и его сына, лишил того и другого короны, надев её на голову своему родному брату Иосифу, взошедшему на испанский престол под именем Хосе I.

Многие из друзей и коллег Бетанкура присягнули новому монарху. Среди них профессор Хосе-Мария де Ланц, а также освобождённый из тюрьмы Мариано Луис де Уркихо. Властитель дум — писатель, юрист, экономист и общественный деятель эпохи Просвещения Гаспар Мельчор де Ховельянос тоже встал на сторону французов. Этих людей простые испанцы стали презрительно называть Zosefinos или Afrancesados — офранцуженные. Бетанкур ни в коем случае не хотел принадлежать к когорте предателей. К тому же он не мог простить французам, что они сожгли и растащили его коллекцию в Королевском кабинете машин во дворце Буэн-Ретиро, а в Мадридской школе дорог, каналов и портов подожгли архив, практически полностью выгоревший.

2 мая 1808 года в Мадриде вспыхнуло народное восстание, которое французы потопили в крови. Сотни испанцев независимо от того, принимали они участие в мятеже или нет, были расстреляны. После этого события уже вся Испания взялась за оружие. Вот что позднее, в 1886 году, писал Эдуардо Эчегарай: «…в голове Наполеона сверкнула идея пристегнуть нашу родину к своей триумфальной колеснице; его армии не замедлили войти в неё, и началась та ужасная борьба между испанцами и этим колоссом XIX века, продолжавшаяся шесть лет… Школа каналов, дорог и портов исчезла, потому что профессора и студенты, оставив карандаш и циркуль, поспешили взяться за шпаги, а строители, покинув свои орудия труда, схватились за ружья и принялись по воле божьей убивать французов. Школа уже не открылась, её останки были развеяны, Бетанкур покинул свою родину и перешёл на службу к русскому императору, Инспекция путей сообщения исчезла…»