После заключения соглашения англичане сосредоточили основные усилия на разжигании сепаратистских настроений на юге Судана. Такие настроения ряда племен Южного Сутана играли на руку англичанам, стремившимся отделить юг Судана и установить над ним свой контроль. В результате в начале 1953 г. в Южном Судане начались беспорядки под лозунгом отделения Юга и создания автономии. События на юге Судана сильно подорвали авторитет Англии в глазах египтян.
В ноябре 1953 г. состоялись первые выборы в парламент Судана. Большинство мандатов получила Национал-юнионистская партия (НЮП), и ее председатель Исмаил аль-Азхари стал премьер-министром.
Важным фактором, способствовавшим отмене англо-египетского кондоминиума в Судане, явилась постепенная консолидация основных политических сил в стране. В 1955 г. был создан Объединенный фронт независимости, в состав которого вошли партия «аль-Умма», Социалистическая республиканская партия, Партия республиканской независимости. Союз студентов Хартумского университета и др. Фронт опубликовал Национальную хартию, в которой содержались требования эвакуации иностранных войск из Судана до 1 августа 1955 г., провозглашения независимости Судана, принятия демократической конституции, проведения независимой антиимпериалистической внешней политики, установления сотрудничества с Египтом, решения демократическим путем проблемы Юга. В поддержку этих требований Объединенный фронт провел демонстрации в столице и других городах. Чрезвычайная сессия суданского парламента единодушно приняла 16 августа 1955 г. резолюцию с требованием предоставления полной независимости Судану и незамедлительной эвакуации всех иностранных войск. На фоне развернувшейся политической борьбы за власть в переходный период активизировалась пропагандистская и организационная деятельность суданских исламистов.
В создавшихся условиях соперничество между Англией и Египтом за влияние в Судане стало принимать новые формы. Великобритания стремилась сохранить в Судане существующее соотношение политических сил, при котором большинством в парламенте располагала НЮП, считая, что она обеспечит осуществление английских интересов. Египет также развернул активную деятельность в Судане, мобилизуя оппозицию выступить против английского влияния.
На совещании оппозиционных партий («аль-Умма», Социалистическая республиканская партия и др.) было решено, что в качестве условия поддержки предложения правительства о том, чтобы нынешний парламент определил судьбу страны, оппозиция выдвигает требование формирования национального правительства, в котором ни одна из партий не имела бы абсолютного большинства, а также отставки английского генерал-губернатора и передачи его полномочий специальному «Совету опеки» в составе грех или пяти суданцев. Развернулась борьба за создание национального правительства с участием всех партий. Накануне решающих схваток за впасть происходила активная организационная работа суданских исламистов. По инициативе «Братьев-мусульман» и «Группы исламской миссии и реформы» в декабре 1955 г. в Омдурмане состоялась конференция мусульманских ассоциаций. На ней обсуждался вопрос о том, насколько предложенный инициаторами конференции проект исламской конституции соответствует воле мусульманского населения страны, а также положениям Корана и сунны.
В ноябре 1955 г. завершилась эвакуация британских войск из Судана. В декабре английский генерал-губернатор подал в отставку. 19 декабря 1955 г. суданский парламент принял резолюцию, в которой говорилось, что полная независимость Судана стала свершившимся фактом и необходимо избрать Учредительное собрание для разработки и принятия конституции страны. В ночь с 31 декабря 1955 на 1 января 1956 г. обе палаты суданского парламента одобрили временную конституцию, провозгласившую Судан унитарной демократической республикой. Премьер-министр Исмаил аль-Азхари провозгласил образование Республики Судан.
Главной задачей после достижения Суданом независимости явилось экономическое развитие страны. Была проведена национализация ряда предприятий обрабатывающей промышленности, ирригационных систем, железных дорог. Получив в свои руки собственность колониальной администрации, государство приобрело командные позиции не только в сельском хозяйстве, но и в промышленности, и на транспорте.
При участии английских специалистов в 1956 г. был разработан пятилетний план социально-экономического развития (1956–1961), во многом ориентированный на привлечение частного иностранного капитала в различные отрасли национальной промышленности путем предоставления льгот зарубежным инвесторам.
В 1956 г. Судан стал членом МБРР и МВФ, а в следующем году суданское правительство сделало важный шаг в направлении стабилизации финансовой системы — в обращение был введен суданский фунт, приравненный к находившемуся ранее в обращении египетскому фунту. Однако, несмотря на все предпринимавшиеся правительством меры и заявления, внутренняя нестабильность в регионе удерживала иностранных предпринимателей от вложения своих капиталов в экономику Судана. Правительство не получило также обещанных внешних государственных займов и кредитов от западных стран.
Не лучше обстояло дело и с внутренними источниками финансирования. Накопления в форме наличных денег, предназначенные для вкладов в сберегательные учреждения, оставались крайне незначительными. Возможности накопления для частных лиц были, как правило, ограничены низким уровнем доходов и высокими расходами на потребление. В этих условиях основными источниками пополнения государственного бюджета стали прямые и косвенные налоги.
В сфере экономики правительство продолжило начатую колониальной администрацией модернизацию сельскохозяйственного производства, главным элементом которой было осуществление проекта «Манакиль», предусматривавшего создание в районе эль-Гезира новых орошаемых плантаций хлопка на площади 800 тыс. федданов. Правительство поощряло и частное хлопководство, предоставив предпринимателям (преимущественно сторонникам «аль-Уммы») большие участки земли и воду для орошения на льготных условиях. В результате в 1958 г. в долине Нила насчитывалось уже 847 крупных частных плантаций общей площадью 1,5 млн. федданов и 2600 насосных установок.
Однако Судан смог реализовать лишь 50 % запасов хлопка урожая 1956 и 1957 гг. из-за неблагоприятной конъюнктуры на мировых рынках. Выручка от реализации хлопка сократилась с 42 млн. суд. ф. в 1956 г. до 22 млн. в 1958 г. Экономическое положение страны ухудшилось: торговый дефицит составил 14 млн. суд. ф.; валютные резервы страны сократились с 53 млн. суд. ф. до 5,3 млн.
21 октября 1958 г. по призыву Антиимпериалистического фронта, Федерации рабочих профсоюзов Судана (ФРПС) и Суданской коммунистической партии (СКП) была проведена всеобщая забастовка рабочих, в которой приняли участие 42 из 46 отраслевых профсоюзов. Ее поддержала часть крестьян-арендаторов, ремесленников, торговцев, студентов. В Хартуме, Омдурмане и других городах прошли демонстрации. Их участники требовали прекращения вмешательства США и Великобритании во внутренние дела страны, удаления иностранных чиновников из госаппарата, отказа от соглашения об американской помощи, признания ФРПС, повышения зарплаты, пересмотра трудового законодательства 1948 г. и принятия демократической конституции. Власти применили репрессии к участникам забастовок и демонстраций. Парламентская система переживала глубочайший кризис.
В этой обстановке главнокомандующий суданской армией генерал-майор Ибрагим Аббуд ввел войска в Хартум и другие города, а 19 ноября 1958 г. были сформированы новый высший орган власти — Верховный совет вооруженных сил (ВСВС) и новый кабинет министров.
По мере сосредоточения законодательной и исполнительной власти в руках ВСВС режим ужесточал борьбу против партий, профсоюзов и общественных организаций. Существующие политические партии были запрещены. Руководители профсоюзов и коммунисты подверглись преследованиям.
В 1959 г. Судан заключил торговые соглашения с рядом социалистических стран — Болгарией, Венгрией, Румынией и др. 16 марта 1959 г. было заключено первое торговое соглашение между СССР и Суданом, а в июле 1961 г. состоялся визит суданской правительственной делегации, возглавляемой Аббудом, в Москву. Были достигнуты договоренности об оказании экономического и технического содействия в строительстве в Судане ряда промышленных предприятий, а также в подготовке кадров. Во время визита в Судан советской правительственной делегации в ноябре 1961 г. было подписано соглашение об экономическом и техническом сотрудничестве между СССР и Республикой Судан.