А. Муталибов попытался изменить сложившуюся в Азербайджане в 1970–1980 гг. систему государственного управления, базировавшуюся на кланово-земляческих отношениях и позволявшую привлекать во властные структуры людей «своего» клана или региона. Но получить поддержку всех региональных элит президенту не удалось.
Наиболее влиятельной фигурой оставался Гейдар Алиев — бывший председатель КГБ Азерб. ССР, первый секретарь ЦК КП Азерб. ССР, член Политбюро ЦК КПСС. Весной 1990 г. он обосновался после отставки из Политбюро (она произошла в 1987 г.) на своей родине — в Нахичевани, где в сентябре 1991 г. возглавил Верховный Совет Нахичеванской АССР. Там же в ноябре 1992 г. была основана Партия «Ени Азербайджан» («Новый Азербайджан» — ПНА), председателем которой был избран Г. Алиев. Он целенаправленно продвигался к власти, опираясь, как утверждали в Азербайджане, на «нахичеванский» и «ереванский» (родом из ереванских азербайджанцев была супруга Алиева) кланы.
К провокациям и интригам, расшатывавшим власть А. Муталибова, добавились неудачи зимы 1992 г. на карабахском фронте (подробнее о карабахском конфликте см. ниже). На организованных оппозицией демонстрациях звучали требования отставки президента Муталибова, и он в конечном итоге вынужден был 6 марта 1992 г. уйти со своего поста. Обязанности президента стал временно исполнять Якуб Мамедов. Через какое-то время А. Муталибов попытался воспользоваться возникшим в связи с неудачами азербайджанской армии в Карабахе (захватом армянами в мае 1992 г. г. Шуши) замешательством в Баку и вернуть себе власть. Прибыв в Баку 15 мая, он совершает «парламентский путч» — созывает лояльный ему Верховный Совет, который и восстанавливает его в должности президента. Продержавшись всего два дня, Муталибов вынужден был бежать из страны, после того как вооруженные отряды НФА захватили телевизионный центр и здание парламента. 18 мая 1992 г. Милли меджлис избрал одного из лидеров НФА Ису Гамбара временным президентом республики.
7 июня 1992 г. в Азербайджане состоялись первые в период независимости президентские выборы, на которых победил А. Эльчибей. Большинство мест в парламенте и правительстве перешло к тандему партий — НФА и «Мусават» («Равенство»). Следствием протурецких симпатий новоизбранного президента и его команды стало установление теснейших отношений Азербайджана с Турцией. Одновременно в Баку был взят курс на дистанцирование от России и от процессов, разворачивавшихся по ее инициативе в СНГ.
Новой власти, однако, не удалось взять под контроль развитие негативных тенденций в республике, приблизить ситуацию к стабилизации. Поражения на карабахском фронте азербайджанской армии, общественно-политический, экономический, военный кризис, охвативший Азербайджан, достиг апогея к весне-лету 1993 г., когда по ряду городов страны прокатились антиправительственные митинги. На их волне всплыл полковник Сурет Гусейнов — директор фабрики по переработке шерсти в Гяндже, богатый и влиятельный деятель «теневой» экономики, связанный, как утверждали многие, с наркобизнесом, но сыгравший заметную роль благодаря умело проведенным операциям с торговлей оружием в карабахском конфликте: А. Эльчибей назначил его даже своим полномочным представителем в Нагорном Карабахе. 4 июня 1993 г. С. Гусейнов вывел подконтрольные ему армейские формирования с карабахского фронта в Гянджу, а далее, сломив сопротивление правительственных войск, они прошли победным шествием на Баку. А. Эльчибей призвал на помощь Г. Алиева и сдал ему власть в обмен на гарантии собственной безопасности.
На экстренном заседании Милли меджлиса 15 июня Г. Алиев был избран его председателем. 25 июня Милли меджлис начал процедуру импичмента президента А. Эльчибея и 1 сентября 1993 г. по результатам проведенного в конце августа референдума (97,5 % принявших в нем участие высказались против А. Эльчибея) отстранил его от власти. Своим указом от 1 июля 1993 г. Г. Алиев назначил С. Гусейнова премьер-министром и верховным главнокомандующим, заручившись тем самым поддержкой последнего и сумев остановить антиправительственный мятеж. 3 октября 1993 г. Г. Алиев был избран президентом Азербайджана, получив на выборах свыше 98 % голосов избирателей (кандидаты от оппозиции бойкотировали выборы, объявив их антиконституционными).
Г. Алиеву удалось консолидировать изрядно расшатанную власть, повысить ее управляемость, остановить распад страны и подавить попытки государственных переворотов (в начале октября 1994 г., 13–14 марта 1995 г., в январе 1997 г. и январе 1998 г.). Уничтожена была представлявшая угрозу новым властям военная оппозиция. Сурет Гусейнов, хотя и бежал из страны, был затем выдан Москвой и приговорен азербайджанским судом к пожизненному заключению (вышел на свободу после подписания президентом Ильхамом Алиевым 17 марта 2004 г. указа о его помиловании). Деятельность НФА, обвиненного в причастности к беспорядкам, была временно приостановлена.
12 ноября 1995 г. одновременно с выборами в Милли меджлис в Азербайджане прошел референдум по новой конституции. Большинством голосов (91,9 %) конституция была одобрена, и страна стала официально именоваться Азербайджанской Республикой — «демократической, правовой, светской, унитарной». Государственная власть стала организовываться на основе принципа разделения властей: высший законодательный орган — однопалатный парламент (Милли меджлис); исполнительную власть олицетворял президент, судебную — суды различной компетенции.
На прошедших 11 октября 1998 г. президентских выборах Г. Алиеву удалось подтвердить свой статус, несмотря на сообщения о многочисленных нарушениях, допущенных в ходе голосования. На парламентских выборах 5 ноября 2000 г. — еще более недемократичных, по мнению независимых наблюдателей, нежели все предшествующие — победу, как и раньше, одержала проправительственная ПНА.
Между тем власти постарались придать Азербайджану имидж правового демократического государства. Так, в 1997 г. азербайджанский президент подписал мораторий на исполнение смертной казни. Следствием ряда «косметических» мер стало принятие Азербайджана в январе 2001 г. в Совет Европы. Тем не менее, формировавшаяся в Азербайджане весьма специфичная модель государственного устройства напоминала скорее «третьемирские» образцы, нежели западные демократии.
Власть здесь добилась преимуществ в виде контроля над природными ресурсами — нефтяными и газовыми, что облегчило ей выстраивание абсолютной президентской вертикали. Партии власти — «Ени Азербайджан» — удалось занять большинство мест в парламенте и в основном укомплектовать из своих членов кадровый состав властных структур и управленческого аппарата. Не забыла правящая элита и о своих региональных корнях, предоставив выходцам из родственных кланов значительные политические, экономические и финансовые преференции.
В первую половину 1990-х годов Азербайджан испытал серьезные экономические трудности, вызванные переходом от централизованной плановой экономической системы к рыночной. К тому же экономические реформы были начаты в Азербайджане намного позже, чем в России и других бывших советских республиках, да и протекали они замедленными темпами. Переломным в ходе экономических реформ, проводившихся в Азербайджане, стал 1997 год, когда была начата «большая приватизация». В 1998 г. была приватизирована металлургическая, химическая промышленность, телекоммуникации. В начале 2000 г. большая часть мелкого бизнеса перешла в частные руки. В соответствии с принятыми в 1995–1996 гг. законами о проведении аграрной реформы в частную собственность были переданы земли и имущество совхозов и колхозов. К началу 2000 г. было приватизировано 85 % предусмотренного для этого земельного фонда.
С 1997 г. в Азербайджане наблюдаются тенденции к установлению макроэкономической стабильности, прекращению спада в экономике. Относительно прочной по отношению к доллару становилась введенная в августе 1992 г. национальная валюта — манат. Все это стало возможным благодаря тому, что ставка в Азербайджане была сделана на нефтедобывающую отрасль, где государство создало режим наибольшего благоприятствования для западных инвесторов. Вместе с тем уровень жизни основной массы населения оставался низким: к 2001 г. средний доход в Азербайджане составлял от 50 до 100 долл. Деньги зарабатывались либо за счет торговли, либо за пределами республики: там обосновалось около 3 млн. человек. Остались нетронутыми и «болевые точки» азербайджанской экономики: коррупция, «теневой» рынок, инфляция, неразвитость рынка труда.
