Полномочия рахбара конституционно обеспечивают ему возможность мощного влияния на все аспекты государственной политики. Конституция закрепила преобладание в первые годы после революции радикальных взглядов, получивших в мировой литературе определение «исламский фундаментализм». На практике это привело к построению централизованной политической и экономической системы, жесткой регламентации социальной, культурной, политической и экономической жизни общества. Происходило становление новой политической и государственной структуры, в которой сочетались и светские и религиозные элементы.
Одним из высших органов власти стал Совет экспертов, созданный еще в августе 1979 г. для разработки конституции, а затем конституционно введенный в структуру власти как орган, главной обязанностью которого являются выборы рахбара. Теократический характер режима нашел свое воплощение также и в созданном по конституции 1979 г. Наблюдательном совете (половина из 12 его членов являются богословами, назначаемыми рахбаром), без одобрения которого ни один из принятых меджлисом законопроектов не может получить статус закона. Основой правовой деятельности по конституции 1979 г. становились принципы ислама и нормы шариата. Созданный в 1979 г. Верховный судебный совет, как высший орган судебной власти, должен был обеспечить принцип доминирования исламского правопорядка.
Конституция предусматривала пост президента как второго после рахбара лица в государстве. Высшим законодательным органом становился однопалатный парламент — меджлис. Президент и меджлис избирались на основе прямых, тайных и всеобщих выборов.
В январе 1980 г. состоялись выборы первого президента Ирана, на которых Хомейни поддержал кандидатуру светского лица — своего экономического советника Банисадра. На выборах в меджлис 60 % мест получили представители духовенства. Председателем меджлиса стал ходжат-оль-эслам Али Акбар Хашеми-Рафсанджани, один из учеников Хомейни и активных лидеров революции. Исламский революционный совет был объявлен распущенным. Формирование первого правительства происходило с огромными трудностями, так как премьер-министром по рекомендации генерального секретаря ПИР аятоллы Бехешти и с личной санкции Хомейни был назначен М. Раджаи, с которым у Банисадра было много противоречий.
Политическое противостояние происходило на фоне экономического кризиса, усугубившегося в результате нерешенности вопроса об освобождении американских заложников. В апреле США объявили о разрыве дипломатических отношений с Ираном, введении торгового эмбарго, еще ранее были заморожены все иранские авуары в США. К экономическим санкциям в мае 1980 г. присоединились страны ЕЭС. Внутренняя ситуация осложнялась и развитием сепаратистских движений на национальных окраинах Ирана.
Особенно сильным было движение за автономию Курдистана. Сразу же после революции в крупнейших его городах власть захватили вооруженные отряды Демократической партии Иранского Курдистана (ДПИК), с осени 1979 г. на подавление движения были брошены силы армии и КСИР.
Значительно ухудшились отношения с Ираком, который требовал пересмотра Багдадского договора 1975 г. о границе по тальвегу р. Шатт-эль-Араб. В сентябре 1980 г. иракские войска перешли иранскую границу и началась ирано-иракская война, которая затянется на долгие восемь лет. Война потребовала возобновления работы промышленности, особенно оборонных заводов, поставок оружия, т. е. изменения отношений с мировым рынком. Уже в начале ноября 1980 г. меджлис принял решение освободить американских заложников, США в ответ смягчили санкции в отношении Ирана.
Духовенство рассчитывало, что война с Ираком поможет ему сплотить общество. В определенной мере так и произошло, но ценой этого стало усиление авторитарности режима, подавление политической и национальной оппозиции. Война повысила политическое влияние Банисадра как главнокомандующего. Раджаи, пользуясь отъездами Банисадра на фронты военных действий, практически сосредоточил исполнительную власть в своих руках. Противостояние Банисадру, стороннику более светской государственной системы, со стороны духовенства усилилось. В июне 1981 г. он был освобожден от обязанностей главнокомандующего, а 19 июня меджлис признал его «политически некомпетентным». Не дожидаясь ордера на арест, Банисадр с помощью Масуда Раджави, лидера оппозиционной режиму партии «Моджахеддине хальк», бежал из Ирана.
Политическая борьба становится настолько острой, что все чаще начинают использоваться террористические методы как со стороны «Моджахеддине хальк», открыто выступившей против режима, так и новой власти. Так, во время выступления в мечети Абазар был ранен разорвавшейся бомбой ходжат-оль-эслам Хаменеи. Спустя два дня взрыв прогремел на внеочередной конференции ПИР, на которой партия должна была выдвинуть своего кандидата на пост президента. Наиболее вероятными кандидатами являлись Али Раджаи и глава Верховного суда, генеральный секретарь ПИР аятолла Бехешти. В результате взрыва погибло 77 человек, в том числе Бехешти.
2 августа президентом страны стал Али Раджаи, а премьер-министром ходжат-оль-эслам Бахонар. Он же сменил Бехешти на посту генерального секретаря ПИР. Но не прошло и двух месяцев, как они оба погибли в результате взрыва в канцелярии главы правительства. Ответственной за взрывы режим посчитал организацию «Моджахеддине хальк».
Созданные по указанию Хомейни революционные трибуналы с середины 1981 г. основным объектом своей борьбы сделали не столько сторонников бывшего режима, сколько новых противников, также принимавших участие в антишахской борьбе. На них обрушилась волна репрессий, беспрецедентных в истории Ирана. Фактически все партии были запрещены, в том числе «Туде». В начале 1983 г. был арестован ее генеральный секретарь Нураддин Киянури, многие члены этой партии также были арестованы и подвергнуты пыткам. От задержанных требовали публичных покаяний, репортажи об этом транслировались по телевидению. Военный трибунал приговорил десять членов «Туде» к смертной казни, шесть человек — к пожизненному заключению. Постепенно практика публичных покаяний прекратилась, но политические репрессии продолжались.
В сентябре 1981 г. президентом страны становится Али Хаменеи, пост премьер-министра занял Мир Хосейн Мусави. Эти посты они занимали вплоть до смерти Хомейни в 1989 г. Хаменеи одновременно являлся генеральным секретарем ПИР, его заместителем — спикер парламента Хашеми-Рафсанджани, а Мусави — членом Исполнительного комитета ПИР. Таким образом. Партия Исламской республики добилась одной из своих главных целей, возглавив все центры власти.
Одним из основных направлений политики режима стало завоевание духовенством высших государственных постов и исламизация не только государственной структуры, но и всей жизни общества. Наиболее наглядно она выразилась в проведении «исламской культурной революции», которая сопровождалась закрытием университетов, увольнением преподавательских кадров, «чисткой» государственных служащих, а главное, «исламизацией» психологии и образа жизни. Внедрялись шариатские нормы морали, культивировались традиции шахадата (мученичества), шариатские наказания. Возрожденные после революции мусульманские традиции, особенно в духе патернализма, не только способствовали единению населения, но и вписывались в создаваемую модель социально-экономического развития, где главная роль принадлежала государству.
На улицах, в учреждениях отряды стражей исламской революции строго следили за исполнением исламских норм поведения, ношением разрешенной шариатом одежды. Радикально изменился репертуар театров, кинотеатров, радио и телевидения. Запрещена была современная зарубежная музыка, дискотеки, продажа видеокассет, даже безалкогольных импортных напитков. Европеизированный Тегеран, не говоря о других городах страны, за два-три года превратился в типично восточный город. Постепенно стала ограничиваться партийная деятельность.
