Край запустел, но не обезлюдел. В устье Невы, в окрестностях ее, в старинных русских поселениях все еще оставалось коренное, хотя и поредевшее, население — русские, водь, ижора.

После того как по Столбовскому миру Ижорскую землю захватила Швеция, королевское правительство стало привлекать в завоеванный край шведских и немецких феодалов, раздавая им земли, покинутые прежними владельцами. Усиленно переселяли на берега Невы финских крестьян из северо-западной Финляндии. Они положили начало собственно финскому (суоми) населению Ижорской земли, переименованной шведами на свой лад в Ингрию, или Ингерманландию. Переселенцы-финны, состоявшие из двух этнических групп — савакот и эвремейсет, получили у русских название «чухонцы», «чухны». Именно они дали названия многим рекам, озерам и поселениям Ижорской земли.

В начале XVIII столетия в дельте Невы стояло несколько деревушек ижоры и переселенцев-финнов: Манола — у современной Калашниковской набережной, Вихтула — на Черной речке у Александро-Невской лавры, Гольтинс, или по-русски Ллтынец, Ситала — около Волкова кладбища и там, где пересекаются Лиговский проспект и Обводный канал, — деревня Антала. Все это были крохотные деревушки в пять-шесть дворов с курными избами, топившимися по-черному.

Для местного русского населения настали времена испытаний.

Тоской по родине проникнут «Плач о реке Нарове», написанный в 1665 г. в Стокгольме приехавшим из Ругодива (Нарпа) русским Леонтием Петровичем Белоусом. В «Плаче» Белоус рисует трагедию русских людей Ижорской земли от Наровы до Невы, подпавших под власть шведского короля и подвергшихся притеснениям, унижениям, оскорблениям. Грабежи и вымогательства шведских властей, произвол, переселение в разные края сделали жизнь русских людей в землях, отошедших к Швеции, невыносимой.

Связи их с Россией не прерывались. Русские купцы из Новгорода, Ладоги плыли Ладожским озером, Невой, добирались до Канцев, плыли «за море», «за свейский рубеж», в «Стекольно» (Стокгольм). Из-за нового «свейского рубежа» русские подданные шведского короля ходили на заработки в Новгород, Вологду, Белоозеро, Москву, косили сено на русской стороне, нередко пахали пашню.

Во время походов русских войск в Ижорскую землю в 1656–1657 гг. русское население и ижора энергично помогали русским воеводам, доставляли сведения о шведах, снабжали продуктами, помогали строить укрепления, расправлялись со шведскими и немецкими феодалами.

Овладев Ниеншанцем, русские должны были действовать решительно: на взморье виднелись суда шведского адмирала Нумерса, а в каких-нибудь двадцати пяти километрах к северу от Ниеншанца, на берегах реки Сестры, стояли шведские войска.

8 мая русские войска под командованием Б. П. Шереметева двинулись к Копорью и вскоре вступили в этот древний русский город. Другой отряд русских войск освободил от шведов город и крепость Ям (современный Кингисепп). Под натиском русских войск шведы отступали на запад.

В первые дни мая 1703 г. Петр в своих письмах, в том числе к Августу II, подчеркивал, что пишет из Шлотбурга.

После взятия Ниеншанца перед Петром встал вопрос: где именно на невских берегах «ногою твердой стать при море»?

Переименовав Ниеншанц в Шлотбург, что означало по-голландски «город-замок», Петр еще не решил его судьбы. Пока было неясно, где целесообразнее всего построить город-крепость и одновременно гавань и военно-морскую базу России на Балтийском море.

Ознакомившись с островами дельты Невы, Петр отказался от идеи строить город-крепость и порт на месте Ниеншанца. Ниеншанц был мал, «не гораздо крепок от натуры», т. е. не имел серьезных естественных рубежей, в частности не был огражден водой с севера и северо-востока, а также удален от моря. Стоило шведам укрепиться на островах дельты Невы, как, даже владея Ниеншанцем — Шлотбургом, русские все равно оказались бы отрезанными от моря.

Город-крепость должен был стоять именно «при море», а не в нескольких километрах от него. Вот почему было «по несколько днях найдено к тому удобное место»: Заячий остров (по-фински — Ени-Саари, названный шведами Луст-Эйланд — «веселая земля»). Расположенный недалеко от моря остров стоял у разветвления Невы на два больших рукава и со всех сторон был окружен водой, создававшей естественную преграду.

Заячий остров невелик — около 750 метров в длину и 360 в ширину. Постройка крепости на нем имела ряд преимуществ. Крепость могла бы занять почти всю площадь острова. У противника не оказалось бы, по сути дела, ни клочка земли, на которой можно было бы расположиться. В то же время орудия крепости могли бы держать под прицелом неприятельские корабли при возможной их попытке пройти к городу по Неве или Большой Невке. Отсюда их можно было бы расстреливать чуть ли не в упор. С суши, со стороны Березового острова, крепость была труднодоступна из-за проток и болот, почти непроходимых.

В день закладки крепости — 16 мая Петра не было на Заячьем острове: 11 мая царь уехал в Лодейное Поле, откуда вернулся в Шлотбург лишь 20 мая. Фактически закладку крепости на Заячьем острове на месте крохотного «поселения чухонского», жители которого вымерли, вел «друг сердешный» Петра А. Д. Меншиков.

29 июня заложили церковь святых Петра и Павла, ознаменовав это событие пальбой из пушек. Не в свою честь, а в честь своего христианского патрона, апостола Петра, день которого (Петров день) отмечался 29 июня, Петр назвал новую крепость и возникающий вокруг нее новый город «Санкт-Питербурхом». Какое-то время город носил и другое название — Петрополь. Оно не привилось.

Имя апостола Петра, по христианскому преданию, обладателя ключей от врат рая — «ключаря» являлось в глазах Петра символом. Город, носящий имя его святого покровителя, по замыслу Петра должен был стать ключом от Балтийского моря. Шлотбург — Ниеншанц потерял свое значение.

Работы по возведению крепости шли очень быстро и успешно. Г. И. Головкин писал Петру в августе 1703 г., что «городовое дело строится истинно с великим прилежанием». На работах были заняты солдаты, находившиеся в Шлотбурге, солдаты и рабочие, трудившиеся над укреплением Шлиссельбурга. Это были первые строители Петербурга. В июле на строительство Петербурга пришли «работные люди» из других городов, согнанные на берега Невы по царскому указу. К осени 1703 г. насчитывалось уже несколько тысяч «подкопщиков» — чернорабочих, занятых главным образом на весьма тяжелых земляных работах. На них же возложили обязанность валить лес для строительства и сплавлять его по Неве.

Петр, хотя и отлучался часто по разным делам из Петербурга, уезжал то к реке Сестре, где русские разгромили шведов, то в Лодейное Поле, где руководил строительством кораблей Балтийского флота, но при первой же возможности возвращался на берега Невы и следил за постройкой крепости.

Особенно напряженная ситуация сложилась под Петербургом в июле 1703 г., когда шведский полководец Крониорт со стороны Выборга подошел к реке Сестре. 7 июля 8-тысячный русский отряд под командованием Петра, состоявший из 4 кавалерийских и 2 пехотных полков, выступил навстречу шведам.

Драгуны под начальством полковника Ренне, несмотря на сильный огонь шведской артиллерии, овладели мостом через реку, заставили противника отступить, а затем обратили его в бегство. Войска Крониорта отступили к Выборгу. Петр придавал большое значение сражению на реке Сестре — он опасался за судьбу молодого Петербурга.

Вскоре строителям Петербурга пришлось впервые столкнуться с обычным для устьев Невы явлением — наводнением. 19 августа 1703 г. началась «жестокая погода с моря», и во многих «станах» вода залила «рухлядь» (имущество), «помочила людишек». Но свершилось и радостное событие — в том же месяце к устью Невы подошли первые торговые голландские корабли. Голландцы закупали у шведов лес и на этот раз явились для того, чтобы совершить обычную торговую операцию, но вместо шведов застали русских. Нисколько этим не смущенные, голландцы обратились к Меншикову с просьбой разрешить им закупить лес и нагрузить лесом 12 судов. Меншиков охотно согласился и попросил голландцев войти в Неву. Но шведский адмирал Нумере, эскадра которого крейсировала в Финском заливе, воспротивился, и голландцам пришлось повернуть назад. Тем не менее «окно в Европу» было пробито, и ничто в дальнейшем не могло воспрепятствовать России «завести торг с иноземными» в новом городе-крепости.