Пугачевская артиллерия выработала свою тактику. Очень подвижная, она обычно быстро открывала огонь по неприятелю, расстраивала его порядки, после чего казаки шли в атаку. В бою, стремясь избежать атаки на орудия, артиллеристы часто меняли свои позиции. Генерал Кар рапортовал о непрерывных маневрах пугачевских артиллеристов, «что весьма проворно делают и стреляют не так, как от мужиков ожидать должно было». Ему вторит полковник Михельсон, сообщавший, что пугачевцы встретили правительственные войска такой артиллерийской и ружейной «стрельбою, какой я, будучи против разных неприятелей, редко видывал».
На втором и третьем этапах Крестьянской войны большое значение в сражениях против правительственных войск приобрели боевые действия отдельных отрядов, в большинстве состоявших из крестьян и работных людей. Отдельные отряды, как, например, отряд И. Н. Белобородова, являли собой образец порядка, дисциплины, строгой и стройной организации. Этот отряд так шел на марше, что его принимали за регулярную воинскую часть. Большинство же отрядов «пугачей» отличались от «подлинно воинских казаков» не только вооружением, но и неумением воевать. Но действия этих отрядов, нередко стремительные и дерзкие, их исключительная храбрость были опасны и грозны для правительственной армии в силу своей массовости и всенародного характера.
Тактика восставших меняется к третьему этапу войны. К ее концу хоть какое-то оружие имела лишь треть повстанцев. Ружьям, штыкам, саблям, пистолетам регулярных войск, их линейной тактике восставшие могли противопоставить лишь рогатины, топоры и дубины, свою неистребимую ненависть к господам, что помогало им даже с таким оружием наносить поражения частям регулярных войск.
Таково было войско «набеглого царя» — Пугачева, его полковников, бесчисленных «пугачей», войско восставшего народа.
Одной из особенностей Крестьянской войны 1773–1775 гг., в отличие от предшествующих крестьянских войн под предводительством Болотникова и Разина, было то, что в ней проявились значительно сильнее, чем когда-либо ранее, элементы порядка и организованности. Это объясняется в первую очередь тем, что действия восставших до некоторой степени направлялись единым центром, а именно Государственной военной коллегией восставших, созданной в самом начале Крестьянской войны Пугачевым и его соратниками и просуществовавшей до последних дней восстания. Впервые в истории крестьянских войн был создан руководящий и направляющий повстанческий центр, который выполнял функции главного штаба и верховного суда, ведал снабжением войска восставших и выступал в качестве органа управления властью на территории, освобожденной от помещиков, чиновников и царских войск. Создание Государственной военной коллегии было обусловлено размахом Крестьянской войны, требовавшей руководства действиями отдельных отрядов восставших со стороны единого центра движения, разнообразными и сложными задачами, которые стояли перед Пугачевым и его ближайшим окружением. Яицкие казаки усматривали в Государственной военной коллегии орган не только коллективного руководства восстанием, но и надзора за Пугачевым. Наконец, в этом проявилось стремление создать вместо ненавистной Государственной военной коллегии Екатерины II свою коллегию с тем же названием. Казаки и сам Пугачев понимали необходимость создания такого штаба как органа власти восставших. Учреждение Военной коллегии произошло в Берде, в ставке Пугачева, 6 ноября 1773 г. Возглавил коллегию казак Андрей Витошнов — войсковой атаман, первый заместитель Пугачева по командованию Главным войском; в состав ее вошли «словесные судьи» — яицкий казак Максим Шигаев, второй заместитель Пугачева, илецкий казак и пугачевский полковник Иван Творогов и яицкий казак Данила Скобычкин. Секретарем Государственной военной коллегии Пугачев назначил Максима Горшкова, думным дьяком — Ивана Почиталина, автора первых манифестов, а в качестве повытчиков выступали казаки Семен Супонов, Иван Герасимов, Игнатий Пустоханов и заводской писарь Иван Григорьев. Составлением документов на иностранных языках ведал взятый в плен и перешедший на сторону восставших прапорщик Михаил Шванович. Идыр Баймеков и его сын Болтай несли обязанности толмачей (переводчиков). Болтай составлял манифесты на арабском, персидском и «турецком» языках и переводил документы с русского языка на восточные.
Кроме Государственной военной коллегии восставших действовала и Походная канцелярия, во главе которой стоял атаман Главного войска казак Андрей Овчинников. Он непосредственно руководил боевой деятельностью Главного войска во время отсутствия Пугачева, когда тот водил из-под Оренбурга отдельные его части в походы.
Государственная военная коллегия развернула кипучую деятельность: давала наставления командирам отдельных отрядов восставших, рассылала именные указы Пугачева и свои распоряжения, заботилась о провианте и фураже, творила суд и расправу, создавала на местах органы власти восставших, заботилась о снабжении Главного войска пушками, порохом, снарядами, ружьями и холодным оружием, ведала конфискованным имуществом и казной и т. п.
Естественно, что в отдельных отрядах восставших имелись свои повытчики и писари. Войсковой писарь был у Ивана Кузнецова, а в корпусе Ивана Белобородова всем делопроизводством ведал повытчик Максим Негодяев. В отрядах, состоявших из башкир, татар и других, роль писарей чаще всего выполняли муллы. В деревнях и на заводах, в слободах и городах обязанности писцов брали на себя грамотные крестьяне и работные люди, низшее духовенство, а нередко в городах — офицеры, чиновники и купцы, по разным причинам и в силу разных обстоятельств примыкавшие к восстанию.
Прежде всего Государственная военная коллегия восставших стремилась расширить районы восстания, поднять на борьбу новые слои трудового люда разных народностей. С этой целью во все стороны направлялись именные указы и повеления «Петра III» — Пугачева, указы «Из Государственной военной коллегии», ее постановления и увещевательные письма и т. п. Эти указы имели самое широкое распространение в народе. Содержание их не только передавали из уст в уста, но чаще всего их переписывали, размножали и, в свою очередь, рассылали в разные места.
Назначенный после Кара командующим правительственными войсками, действовавшими против восставших, Бибиков вынужден был признать, что «Пугачевские дерзости и его сообщников из всех пределов вышли: всюду посылают манифесты, указы, приводя тем самым в возмущение население». Всем бумагам, как данным от имени «императора Российского», «сасодержавного императора», «великого государя Петра Федоровича», так и «указам его императорского величества самодержавца Всероссийского из Государственной военной коллегии», придавался вид официальных бумаг того времени. Они скреплялись подписями и специальными печатями, которыми повстанцы обзавелись в декабре 1773 г. Печатями в пугачевском войске служили фамильные дворянские и заводские печати, а также печати из серебра и меди, специально сделанные для скрепления манифестов и указов Пугачева и Государственной военной коллегии. Эти печати наряду с внешним оформлением пугачевских бумаг являются подтверждением стремления и самого Пугачева, и лиц, возглавлявших отдельные отряды восставших, придать всем своим действиям законный, государственный характер.
Обязанности, падавшие на Государственную военную коллегию, были многочисленны и разнообразны. Они не были одинаковыми на отдельных этапах войны.
На первом ее этапе, во время осады Оренбурга Главным войском Пугачева, Государственная военная коллегия была штабом и административным центром на территории, освобожденной восставшими, органом снабжения войск и высшей судебной инстанцией. Она занималась распространением призывов и идей восставших, комплектовала войско, ведала казной и имуществом, отобранным у классовых врагов, стремилась установить в войске порядок и дисциплину. Прежде всего надо было начинать с организации Главного войска. Повытчики Государственной военной коллегии и писцы отдельных отрядов стремились завести реестры, т. е. списки личного состава. В реестрах «служивых казаков» кроме имен встречаются указания на то, откуда прибыл тот или иной казак, кто «выбежал из плена», кто «пошел в службу охотно», кто ранен или болен.
