В дворцовых селах и волостях по всей стране административная и судебная власть находилась в руках дворцовых приказчиков. Подчинялись они Приказу Большого дворца.

Уже к концу XVI века в ряде пограничных городов и уездов, где требовалась сильная власть, появились воеводы, и не только в роли военачальника, водителя воев, ратников, полков, но и главного администратора и судьи как по гражданским, так и по уголовным делам. Он отвечал за поступление всех сборов, выполнение казенных служб, всяких повинностей; имел полицейские функции. С начала XVII века воеводская власть постепенно и довольно быстро распространяется на всю страну. Она охватывала все слои и все дела уездного общества и означала, по словам Ключевского, «решительный поворот от земского начала, положенного в основу местных учреждений царя Ивана, к бюрократическому порядку местного управления».

Хотя воеводы были представителями центральной, коронной власти, не наместниками, которые получали уезды в управление и для собственного кормления, однако реально психология этих людей, сыновей и внуков наместников предыдущего столетия, ничем не отличалась от родительской и дедовской: в челобитных они просили отпустить их на воеводство «покормиться», за счет местного населения, разумеется.

Широта полномочий, неопределенность прав и обязанностей приводили, и довольно часто, к превышению первых и пренебрежению вторыми. Фигура сребролюбивого и бездеятельного воеводы нередко встает со страниц документов XVII столетия. Это, конечно, не значит, что все они были такими, — дела требовали решений, центральная власть следила за ними, за ходом управления, исполнением своих приказов. Из воевод вышли многие крупные деятели, выдающиеся администраторы XVII века — князь Ю. Я. Сулешев и П. И. Годунов, князья И. С. Прозоровский и Г. Г. Ромодановский и др.

Центр воеводского управления в уездном городе — съежая или приказная изба помещалась в городской крепости, кремле; здесь же располагалась губная изба. Земская изба стояла на посаде. Воеводская власть постепенно подчинила себе, более того, подавила земские выборные органы, которые по всей России, за исключением Поморья, утратили свое прежнее значение. Очень выразительно характеризуют положение земской избы и земского старость! расходные книги: изо дня в день выборный человек ходит на двор к воеводе, носит «в почесть» мясо и рыбу, калачи и деньги «в бумажке» ему и его жене, детям и родственникам, слугам и приживалкам, служителям съезжей избы и т. д., вплоть до юродивого, обитавшего на воеводском подворье.

В помощь воеводам выделяли товарищей, тоже воевод (в крупные города) или дьяков, подьячих с приписью (с правом подписи документов) и просто подьячих. Все дела они решали «сообща». Делопроизводство лежало на дьяке или подьячем с приписью. В их же обязанность, негласную, конечно, входило наблюдение за воеводами, донесение в Москву о непорядках. Осуществление этой деликатной миссии вызывало, естественно, недоразумения, свары, конфликты.

Съезжую избу, в которой воевода творил суд и расправу, в крупных городах (например, в Астрахани и др.) называли приказной палатой. В ней, как и в московских приказах, имелись разные «столы», которые вели делопроизводство (денежный стол, хлебный, ясачный и др.). В распоряжении воевод и дьяков были рассыльщики, недельщики (дежурили по неделям). При очень широкой компетенции воеводской власти их исполнительный аппарат отличался малочисленностью и слабостью.

Надзор из центра, со стороны приказов, был мелочным и бдительным, хотя и не очень действенным. Для проверок и наведения порядка приказы посылали «сыщиков» на места, поощряли взаимную слежку и доносы воевод их товарищей, дьяков. Это приводило к открытым столкновениям. В Мангазее, например, доносы и стычки между воеводами Г. И. Кокоревым и А. Ф. Палицыным закончились форменным побоищем: в военные действия вступили ратные люди местного гарнизона, торговцы и промышленники.

Воеводы нередко попадали под следствие. Но злоупотребления не прекращались. Воевод довольно часто сменяли, но и это не помогало. Во многие города, особенно небольшие, для управления посылали служилых людей, престарелых, израненных, малоспособных или же попросту неграмотных. Все это сильно снижало эффективность местного управления.

Выборные учреждения и лица действовали под контролем воевод и их помощников. В Поморье черносошные крестьяне и посадские люди выбирали городового и всеуездного старосту, земских судеек, целовальников и прочих. Эти представители местного выборного управления осуществляли «развод» (распределение) общей суммы повинностей, служб, падавших на уезд с городом.

Далее, в посадских и волостных общинах всем «миром» во главе с выборными лицами делали «разруб» (разверстку) тех же повинностей и служб между отдельными тяглецами; выборные окладчики или разрубные целовальники собирали налоги, следили за исполнением повинностей. В ходе «развода» и «разруба» богатые, «лучшие» люди из крестьянских и посадских общин, нередко при поддержке воевод, перекладывали главную тяжесть обложения на средние и бедные слои населения. На этой почве возникали конфликты, вспыхивали восстания.

Соперничество и борьба шли и среди «лучших» людей посадского и крестьянского «мира», между выборными. И воеводы, не церемонясь, отменяли выборы: своей властью назначали выборных лиц, наказывали их батогами, сажали в тюрьму.

В других районах России отсутствовали и подобные, весьма скромные, элементы самоуправления. Так было, например, в южных и юго-восточных городах и уездах с преобладанием приборных служилых людей (стрельцы, пушкари, городовые казаки и др.) и мелкопоместных детей боярских. В них воеводы имели очень большую власть, вплоть до права набора и верстания служилых людей; воеводы эксплуатировали служилых людей в своих хозяйствах, оскорбляли их достоинство и т. д. В Поволжье и Сибири они же грабили нерусские народы.

Управление огромной страной с ее более чем 250 уездами, а в восточных районах их размеры были очень велики, представляло большие трудности. Этим вызвано формирование более крупных территориально-административных единиц, так называемых разрядов. Уже в предыдущем столетие формируются группы городов, где ставились гарнизоны и полки для защиты пограничных областей от нападений воинственных соседей. Прежде всего это «Береговой разряд», линия городов-крепостей по берегу реки Оки, на которые опирались войска для борьбы с нашествиями крымских и ногайских татар.

Центром береговой линии был Серпухов. Потом, по мере продвижения населения к югу от Оки, ослабления опасности набегов линия обороны тоже отодвинулась к югу, в «поле», ее центром стала Тула, «Города от польской украины» — так называли эту линию. Здесь сложился Украинный, или Тульский, разряд — своего рода пограничный военно-административный округ. Воеводы Тульского округа-разряда мобилизовывали военные ресурсы городов и уездов, им подчинявшихся, для организациии обороны страны с южной стороны. Собирали средства для содержания войск, управляли массой служилых людей. Тульский воевода направлял деятельность всех полковых и городовых воевод разряда.

Поскольку граница отодвигалась все дальше на юг, значение Тульского разряда постепенно падало. Центром южной обороны стала Белгородская засечная черта с центром в Белгороде. Здесь в 1663 году возник Белгородский разряд, или Белгородский полк, которому подчинялись несколько десятков городов и уездов. Белгородский воевода должен был «к Белгороду… ведать городы и в них воевод и ратных полковых и осадных всяких чинов людей службою и судом, и денежными и хлебными всякими доходы». Два года спустя власти организовали Севский разряд для защиты юго-западного пограничья, от Крыма и Речи Посполитой.