Ямской приказ обеспечивал организацию ямской гоньбы — почтовой связи для нужд государства. Ему подчинялись ямские слободы с ямщиками, которые обслуживали подводами и лошадьми казенных гонцов. Ямщики за свою службу получали жалованье и прогонные деньги. В приказ шли ямские деньги: один из налогов, собиравшихся с тяглого населения.

Казенным каменным строительством, заготовкой для него материалов занимался Приказ Каменных дел. Он ведал записными ремесленниками — каменщиками, обжигальщиками, кирпичниками, подвязчиками.

Монастырский приказ, созданный в 1650 году, управлял хозяйственными делами монастырей и церковных иерархов (митрополитов, архиепископов, епископов), собирал налоги с населения их многочисленных владений, разбирал спорные судебные дела. Это учреждение получило подобные функции по Соборному уложению; до него они находились в Приказе Большого дворца. Монастырское ведомство, появление которого связано с общим курсом светской власти на подчинение себе церковного управления в интересах дворянства, существовало только при жизни царя Алексея: в 1677 году приказ упразднили, но в 1701 году, с началом церковной реформы Петра I и частичной секуляризации владений духовных феодалов, его восстановили.

Три приказа ведали финансами. Приказ Большого прихода собирал через своих представителей на местах таможенные доходы, наблюдал за мерами длины и веса. Правда, в 1665 году таможни южных городов передали Разрядному приказу.

Приказ Новой четверти, или Новая четь, ведал кабацкими сборами в Москве и южных городах, вел борьбу с незаконной продажей вина и табака.

Приказ Большой казны имел широкие полномочия: в его подчинении была казенная промышленность и торговля, сами торговцы — гости, торговые люди Гостиной и Суконной сотен; наконец, Денежный двор, то есть чеканка монеты. Указом от 22 октября 1680 года ему передали таможенные и кабацкие сборы, изъяв их из ведения других приказов.

Некоторые приказы ведали судебными делами. Разбойный, занимающийся уголовным делопроизводством, разбирал дела об убийствах, разбоях, кражах по всей стране, кроме Москвы; Земский ведал уголовными делами, а также осуществлял полицейские функции в столице. Но, помимо этих двух, суд над отдельными группами населения или на определенной территории вершили другие приказы, Политические, должностные преступления тоже разбирались в разных учреждениях. Согласно Соборному уложению, по судебным делам каждому челобитчику следовало обращаться в соответствующий приказ, «кто в котором приказе ведом».

Для бояр и дворян создали Владимирский и Московский судный приказы. Делами о несвободных людях, холопах, принадлежавших тем же феодалам, занимался Приказ Холопьего суда (закабалением свободных людей боярами и дворянами, спорами о холопах, сыском беглых холопов, подавлением их протеста). Всякие записи, служилые кабалы на холопство проверялись и регистрировались в приказе. В случае несостоятельности должника кредитор получал его «в зажив головою до искупу» (до отработки долга), и акт об этом тоже записывался в Приказе Холопьего суда.

В Челобитенном приказе судились начальники, дьяки, подьячие, сторожа самих приказов. Он же выступал в роли высшей апелляционной инстанции по судебным делам всех остальных приказов. Приказ как бы стоял над другими учреждениями. Сходные, но более широкие функции имел Приказ тайных дел, контролировавший деятельность всех государственных учреждений, послов, воевод; ему же подчинялось все хозяйство царской фамилии. Существовал он, правда, недолго: с 1654 года до смерти Алексея Михайловича (1 676 год).

Компетенция нескольких приказов носила областной характер. Пять из них, так называемые четверти; Владимирская, Галицкая, Костромская, Новгородская (Нижегородская) и Устюжская — собирали налоги, осуществляли управление и суд на определенной территории. Собранные деньги эти приказы расходовали на общегосударственные нужды, например, платили жалованье служилым людям. Поскольку последние получали его из четвертей, их называли четвертчиками. В распределении городов по четвертям царила чересполосица: Можайск и Руза подчинялись Устюжской четверти, Боровск и Калуга — Владимирской, Алексин и Малоярославец — Костромской и т. д.

Всем Поволжьем, землями бывших Казанского и Астраханского ханств управлял Приказ Казанского дворца. Он же ведал землями Сибири, присоединение которой началось с конца XVI века и продолжалось в следующем столетии. В 1637 году для управления Сибирью учредили специальный Сибирский приказ. В него поступал ясак. Денежные же сборы расходовались на месте — в Поволжье, Башкирии, Сибири. Оба приказа ведали служилыми людьми местных городов.

Земский приказ тоже имел областную компетенцию: управлял населением столицы, собирал с него налоги, судил москвичей, в том числе и по уголовным делам, следил за порядком, благоустройством, санитарным состоянием города.

Для исполнения неожиданно возникавших поручений создавались временные приказы, например сыскные. Они сыскивали беглых крестьян и холопов; закладчиков, которые, «избывая тягла», закладывались, то есть поступали в зависимость к богатым и знатным феодалам. Другие учреждения подобного типа пересматривали жалованные грамоты, производили отписку частновладельческих («белых») слобод в посады, расследовали политические преступления и т. д.

В 1621 году возник Приказ счетных дел, который проверял доходы и расходы всех приказов, их приходно-расходные книги, финансовые отчеты должностных лиц из приказов, послов, воевод, земских целовальников. Это учреждение, как и приказы Тайный, Челобитенный, осуществляло надзор, контроль за другими приказами. В этом проявлялось стремление верховной власти как-то объединить, собрать воедино слишком разросшееся и раздробленное центральное управление.

Особое место занимала группа дворцовых приказов, ведавших обслуживанием царского семейства и двора. Приказ Большого дворца управлял дворцовым хозяйством в столице, дворцовыми волостями и селами по всему государству. Одно время часть его функций перешла к Тайному приказу, но после кончины царя Алексея все вернулось к старому порядку. Население дворцовых учреждений и вотчин подчинялось приказу в делах административных, финансовых, судебных. Все доходы шли на содержание царской семьи и двора: на них работали Хлебный, Кормовой, Житенный и Сытенный дворы, которыми ведал приказ.

В Казенном приказе (дворе) хранилась вещевая казна монарха. Сюда поступали меха для «поминок» (подарков) крымскому хану и его приближенным. В Конюшенном приказе наблюдали за царскими конюшнями и мастерскими, изготовлявшими кареты, сани, упряжь для царских выездов. Приказ собирал по всей стране конские пошлины при продаже и покупке лошадей.

Аптекарский приказ занимался охраной здоровья царя, членов его семьи, а также, по его благоволению, и вельмож. Для того имелись аптека, иноземные лекари и ученики из русских. Во второй половине столетия приказ сыграл немалую роль в налаживании военно-медицинской службы.

Царская мастерская палата и Царицына мастерская палата (или Постельный приказ) имели штат мастеров и мастериц, которые шили платье и белье для царской семьи.

Внешнеполитические функции были прерогативой Посольского приказа. Он ведал сношениями с иностранными государствами, отправлял туда посольства, принимал иностранные посольства, вел дела с иностранными купцами, в том числе и судебные. Он же собирал со всей страны налоги на выкуп пленных: полоняничные деньги. Ему подчинялись донские казаки, служилые татары, перешедшие на русскую службу после присоединения Поволжья, Приуралья и Сибири и получившие поместные владения в центре Европейской России (например, в районе городов Романова-Борисоглебска, Касимова и Елатьмы, которые и подчинялись Посольскому приказу). Поскольку в приказе хранились большая и малая государственные печати, которыми заверялись грамоты к иностранным государям и акты по внутреннему управлению, его служители собирали печатные пошлины. Впрочем, иногда эти функции исполнял Печатный приказ.