После смерти Батура в 1653 г. у джунгаров начался период политической нестабильности. Сын Батура, Сенге, унаследовал престол, однако ему активно противодействовали два его единокровных брата, Сэцэн-тайджи и Цзобта-батур. Они вступили в союз с недовольным вождем хошотов и чуть было не развязали в 1657 г. междоусобную войну. Сенге добился временного успеха в 1661 г., разгромив противостоящую ему группировку хошотов. Основной проблемой внешней политики Сенге был конфликт с русскими в Сибири и Алтан-ханами в Кобдо по поводу сбора дани мехами (ясака) с лесных племен. Джунгары решили этот вопрос, завоевав государство Алтан-ханов в 1667 г. и вернув себе территории, утраченные ими в Северной Монголии полвека назад. В том же году Сенге атаковал русское поселение (острог) Красноярск с целью закрепить за собой право собирать дань с племен, на которые претендовала Москва (в частности, с качинцев и енисейских кыргызов).

Сэцэн-тайджи и Цзобта-батур попытались захватить в 1671 г. власть путем убийства Сенге, однако Галдан-Бошокту, младший брат Сенге, убил их и сам занял престол. Ранее Галдан побывал в Тибете в качестве монаха и в борьбе со своими единокровными братьями получал широкую поддержку от далай-ламы, а также от хошотов, чьи войска воевали на его стороне. Утвердившись на престоле, Галдан выступил против прежних союзников из числа хошотов и в 1676 г. убил их хана, чтобы установить над этим племенем и принадлежащими ему землями непосредственный контроль. В результате многие хошоты бежали в Ганьсу, где стали бесконечной головной болью для правительства Цин, которое было занято подавлением восстания Саньфань на юге Китая. Сразу после победы над хошотами Галдан двинулся на юг, чтобы взять под свой контроль мусульманские оазисы. Он восстановил ойратскую конфедерацию в прежнем виде, и в нее не вошли лишь торгоуты, обитавшие на берегах Волги.

Джунгары завоевали мусульманские оазисы, воспользовавшись междоусобными распрями, имевшими место в регионе. Города-государства этой области формально находились под властью древнего рода чагатайских ханов, однако наиболее влиятельными политическими фигурами в них были предводители двух соперничавших ветвей рода Махдум-зада (рода накшбандийских суфиев, известных как ходжи, базировавшихся в Кашгаре и Яркенде). В 1677 г. чагатайский хан Исмаил выступил против суфийской элиты и принудил кашгарского ходжу Хазрата Афака бежать. Хазрат Афак обратился за помощью к Галдану, захватившему в 1679 г. расположенные по соседству оазисы Хами и Турфан, а в 1680 г. — Кашгар. Исмаил был заключен в тюрьму, и таким образом наступил конец власти последних Чингисидов в Туркестане. Галдан назначил Хазрата Афака правителем джунгарского протектората в Кашгарии, территория которого вскоре расширилась до Яркенда[340].

Джунгарская политика непрямого управления оазисными государствами имела долгую предысторию. Со времен династий Хань кочевники эксплуатировали ресурсы Туркестана, манипулируя местными правителями. И хотя в некоторых случаях этот контроль основывался на потенциальной угрозе разрушения номадами изолированных оазисных государств, в нем имелся и положительный аспект. Международную торговлю с Китаем традиционно осуществляли купцы из Туркестана, которые нуждались в охране караванных путей, а также в поддержке со стороны могущественных кочевых правителей для проникновении на китайские рынки. Использование Галданом ходжей в качестве политического инструмента было джунгарским продолжением этой традиции. В результате туркестанских завоеваний Галдан приобрел целый ряд выгод — налоговые поступления, резервные фонды и торговлю, не обременив себя при этом административными функциями на завоеванных землях. Назначая мусульманских духовных лиц представителями джунгарской власти, он создавал буфер между исламским населением Туркестана и монголами-буддистами из северных степей.

Экспансии, предпринятой джунгарской империей под предводительством Галдана, Китай противостоять не мог, поскольку в то время династия Цин была занята ожесточенной борьбой с У Сань-гуем и саньфаньским восстанием. Однако, хотя Кашгария и находилась вне сферы традиционных китайских интересов, завоевание джунгарами оазиса Хами создавало опасность для западных окраин провинции Ганьсу, захваченной перед этим хошотами, бежавшими от Галдана. Стремительное возвышение новой степной державы на границе Китая представляло явную угрозу для Цин. В памяти искушенных в истории маньчжуров сохранились воспоминания о том, как государство их предшественников чжурчжэней пало под ударами монгольских племен, объединенных под началом Чингис-хана, пока династия Цзинь была занята войной с империей Сун на юге.

Хотя Галдан и захватил огромную территорию, он все еще не имел контроля над центральной частью монгольских земель. Впрочем, цинская власть в этом регионе была отнюдь не прочной. Поскольку войска и внимание Цинов были сосредоточены почти исключительно на юге, маньчжуры были неспособны обеспечить контроль над Монголией и не имели достаточно сил для предотвращения там восстаний. Когда в 1675 г. чахарский князь Барни поднял восстание и двинулся на Мукден, маньчжуры были вынуждены выставить против него армию, состоявшую из поваров и слуг. К счастью для династии Цин, этот сброд смог разбить чахаров[341].

Шестью годами позднее (в 1681 г.) Галдан попытался разжечь распри между восточными монголами, предложив союз хорчинскому князю (старейшему союзнику маньчжуров). В письме к нему он вопрошал: «Должны ли мы стать рабами тех, кем мы привыкли повелевать? Империя — это наследство наших предков»[342]. Хотя хорчинский князь и переслал это письмо Кан-си, угроза интересам Цин была очевидной. Она, помимо всего прочего, заключалась в том, что Галдан, ловко манипулируя связями с высшим духовенством Тибета в Лхасе, обеспечил себе влияние среди монголов-буддистов, находившихся под контролем Цин. Используя военные или религиознополитические средства, Галдан мог перетянуть восточных монголов на свою сторону — прежде всего халха-монголов на севере.

Во времена правления Галдана Северная Монголия принадлежала племенам халха-монголов, которые были разделены на три самостоятельных ханства: Дзасакту-ханов, Тушету-ханов и Сэцэн-ханов (четвертые, кобдоские Алтан-ханы, были завоеваны джунгарами). Кроме ханств, существовало еще буддийское духовенство под руководством джебдзундамбы-хутухты — наиболее важной религиозной фигуры в Северной Монголии. С 1639 г. должность джебдзундамбы-хутухты занимали лица, принадлежавшие к линии официально признанных «перерожденцев» (хубилганов). Глава буддистов обладал значительным состоянием и многочисленными подданными. Хотя он и не имел подконтрольной ему территории, его могущество и богатство равнялись таковым у любого из ханов.

Экспансия джунгаров, Цин и Московского государства привела к тому, что халха-монгольские ханства оказались окруженными со всех сторон агрессивными соседями. В связи с тем что территория ханств имела стратегическое значение, она стала ареной борьбы за власть во Внутренней Азии, причем Цины старались противостоять всем остальным соперничающим державам. Для маньчжуров Монголия представляла собой оборонительный форпост, обеспечивавший защиту северной границы Китая от нападений. Власть джунгаров в этом районе угрожала интересам Цин, поскольку отсюда джунгары могли нападать на Северный Китай и перетягивать на свою сторону южных монголов, подчиненных Цинам. Захват этого региона московитами также был неприемлем для Цин, особенно после того, как маньчжуры узнали о проникновении русских в бассейн Амура. Независимость Северной Монголии вполне устраивала Китай, но ханства были настолько раздроблены, что их шансы противостоять вторжению были минимальны.