Галдан открыто выступил против династии Цин в Монголии после конфликта, который возник между Дзасакту-ханом и Тушету-ханом. Цинский император Кан-си попытался разрешить конфликт путем переговоров, начатых в 1686 г. на межплеменном съезде, где присутствовали представители Галдана и далай-ламы. Халха-монголы согласились уладить разногласия, однако, воспользовавшись инцидентом, во время которого джебдзундамба-хутухта (брат Тушету-хана) оскорбил представителя далай-ламы несоблюдением принятого протокола, Галдан заставил более слабого Дзасакту-хана возобновить конфликт. В 1688 г. Галдан направил своего брата с небольшим отрядом джунгаров на помощь Дзасакту-хану. В ответ на эту провокацию Тушету-хан атаковал Дзасакту-хана и убил его вместе с братом Галдана. Это привело джунгаров в неописуемую ярость, и они вторглись в Монголию с тридцатитысячным войском, которое быстро разбило Тушету-хана и вынудило его бежать в Китай вместе с джебдзундамбой-хутухтой. Вслед за этим джунгары двинулись на Керулен и захватили огромное количество скота и другой добычи, вызвав бегство десятков тысяч халха-монголов в районы Южной Монголии, контролируемые маньчжурами, где Кан-си обеспечил беженцев провизией и деньгами. Теперь джунгары непосредственно противостояли маньчжурам в борьбе за власть над Монголией.
Продвижение джунгаров в Монголию создало военные и дипломатические проблемы для Цин. Цины опасались, что Галдан может вступить в военный союз с русскими против Китая. Маньчжуры уже имели конфликт с Москвой в связи с набегами казаков в Приамурье. Открытые враждебные действия имели место в 1685 и 1686 гг., когда русские строили крепость в Албазине, а цинские войска дважды сжигали ее. Неясно, собирались ли русские помочь джунгарам войсками, однако они, вероятно, поставляли последним оружие и порох (или мастеровых для их производства). Хотя маньчжуры и доказали свое военное превосходство над русскими на Амуре, цинское правительство стремилось заключить договор с Москвой с тем, чтобы не допустить возможный русско-джунгарский союз. Цинские послы быстро достигли взаимопонимания с русскими, и в 1689 г. был подписан Нерчинский мирный договор. В обмен на обещание нейтралитета маньчжуры гарантировали русским право на торговлю и урегулировали приграничный спор в районе Амура. Стратегия Цин победила, поскольку на следующий год, когда Галдан постарался заключить союз с русским царем, его предложения были отвергнуты[343].
Еще одной дипломатической целью Кан-си было добиться поддержки или хотя бы нейтралитета со стороны тибетского буддийского духовенства. «Великий пятый» далай-лама обладал огромным влиянием на всей территории Монголии, и Кан-си надеялся добиться его поддержки в вопросе об организации новых мирных переговоров между монголами. Переговоры не продвигались, поскольку «великий пятый» был мертв, хотя правивший от его имени регент[344] скрывал данный факт и утверждал, что далай-лама пребывает в уединении. Регент не только отверг предложение Кан-си, но, будучи сторонником Галдана, убеждал цинского императора согласиться с требованиями джунгаров. В то время как Кан-си переиграл Галдана, предотвратив заключение им союза с русскими, Галдан заручился поддержкой, по крайней мере формальной, наиболее важного духовного лица в буддийско-монгольском мире.
Конечной целью дипломатических усилий Кан-си было распространение прямого контроля Цин на племена халха-монголов. Последние оставались самостоятельными до вторжения Галдана. Первоначально джебдзундамба-хутухта искал поддержки у московитов, чтобы противостоять джунгарам, однако в конце концов последовал за халха-монгольскими князьями на территорию Цин. В связи с частыми джунгарско-халхаскими войнами и уроном, нанесенным восточным монголам вторжением Галдана, союз между джунгарами и халха-монголами был маловероятен. Однако, если бы джунгары укрепили власть над Северной Монголией и предприняли шаги для примирения с халха-монголами, отношение к ним со стороны последних могло измениться. Воспользовавшись незавидным положением халха-монголов, Кан-си принял их как беженцев и в 1691 г. включил в монгольскую систему знамен. Вожди халха-монголов пошли на это в основном потому, что были запуганы Галданом. Кан-си прибыл в Долон-нор, чтобы официально признать их подданство. Халха-монголы были разделены на 32 знамени в соответствии со своей численностью и традиционным племенным делением. В отличие от знамен Внутренней Монголии халха-монголы имели только одну или две стрелы в каждом знамени. Представители племенной знати всех уровней сохранили свое прежнее положение в новой системе, получив назначение на должности предводителей знамен и стрел под контролем Цин[345].
Эти дипломатические шаги показывают, что в XVII в. политическая ситуация в степи стала более сложной и многофакторной. Прежние маньчжурские династии беспокоились почти исключительно о том, чтобы поддерживать степные племена в состоянии разобщенности. Лесные районы Сибири и Амура никогда не играли существенной роли в этом взаимодействии, Тибет также не оказывал большого влияния на Монголию. Распространение власти московитов на Сибирь и включение Монголии в сферу интересов тибетского духовенства нарушили старую расстановку сил. Цинская политика на северных и западных рубежах отныне не могла ограничиваться только племенами Монголии. Чтобы проводить эффективную политику в Сибири, маньчжуры были вынуждены теперь общаться с далеким правительством России, полностью находившимся вне сферы их культурного воздействия, с правительством, отказывавшимся признавать традиционные китайские формы дипломатии. Компромиссы, на которые пришлось пойти Цин в контактах с русскими, были продиктованы необходимостью изоляции джунгаров. Участие Цин в тибетской политике было обусловлено той важной ролью, которую тибетский буддизм играл в Монголии. Буддийская церковь стала альтернативной политической организацией, которая ослабила племенные и региональные связи. Племенные вожди, такие как Галдан, использовали буддийское духовенство для распространения своего влияния на единоверцев вдоль границы Китая. Это духовенство могло стать инициатором восстания монголов, недовольных грубым обращением со стороны маньчжуров. В любом случае пограничная политика Цин все больше втягивала Китай в дела Внутренней Азии — гораздо больше, чем когда бы то ни было ранее, даже в период существования династии Юань.
Усилия Цин по обороне Монголии были неожиданно облегчены самими джунгарами, так как Галдан столкнулся с восстанием, поднятым его племянником Цэван-Рабтаном, сыном Сенге, и временно ослабил давление на Монголию. Эта междоусобная война началась как раз в тот момент, когда могущество джунгаров достигло апогея, и была типичным образцом войн за престолонаследие, погубивших многие кочевые государства. Галдан утверждал, что занимает престол на законных основаниях, ссылаясь на принцип наследования власти по боковой линии — от старшего брата к младшему. Однако джунгары часто применяли и принцип прямого наследования от отца к сыну, поэтому сыновья Сенге представляли угрозу существующей власти. Галдан убил старшего сына Сенге в 1688 г., однако младший брат убитого, Цэван-Рабтан, смог бежать вместе с небольшой группой своих сторонников. Пока Галдан воевал в Монголии, Цэван-Рабтан добился влияния в Джунгарии и организовал восстание против своего дяди. Галдан временно приостановил вторжение в Северную Монголию. Он вернулся домой в 1689 г., чтобы заняться племянником, однако оказался неспособным уничтожить его. Впрочем, тогда, по-видимому, это событие было расценено как незначительный эпизод — по сравнению с грандиозными завоеваниями в Монголии, которые Галдан возобновил на следующий год.
Во время кампании 1690 г. Галдан не встретил серьезного сопротивления в Северной Монголии и провел лето на Керулене. Затем он двинулся в Южную Монголию и был уже на расстоянии 700 ли от Пекина, когда в урочище Улан-Бутун встретился с цинской армией под командованием одного из братьев Кан-си. Маньчжуры, в распоряжении которых была артиллерия, предвкушали победу, однако Галдан выбрал удачную позицию для обороны и укрыл свою армию за спинами верблюдов, одетых в войлочные доспехи, которые сделали маньчжурские пушки неэффективными (хотя не ясно, сколько верблюдов выжило). Командующий цинскими войсками согласился на переговоры и заключил перемирие, по условиям которого Галдану было разрешено беспрепятственно уйти вместе с добычей. Кан-си пришел в ярость от малодушия своей армии и сместил ответственных за провал операции военачальников.