Партизанские отряды или группы организовывались на оккупированной и на неоккупированной территориях. Их формирование на неоккупированной территории сочеталось с обучением личного состава в специальных партизанских школах. Эти отряды или оставлялись в намеченных районах перед захватом их противником, или перебрасывались в тыл врага. В ряде случаев формирования создавались из военнослужащих, на положение партизанских отрядов переходили истребительные отряды, создававшиеся в прифронтовых районах для борьбы с вражескими диверсантами и шпионами. В ходе войны практиковалась заброска в тыл врага организаторских групп, на базе которых возникали партизанские отряды и даже крупные соединения. Особенно большую роль такие группы сыграли в западных районах Украины, Белоруссии и в Прибалтике, где в связи с быстрым продвижением немецко-фашистских войск многие обкомы и райкомы партии не успели в полной мере наладить работу по развёртыванию П. д. В этих районах значительная часть партизанских отрядов возникла после их захвата противником. Для восточных районов Украины, Белоруссии и западных областей РСФСР была характерна заблаговременная подготовка к развёртыванию П. д. В Ленинградской, Калининской, Смоленской, Орловской, Московской и Тульской областях и в Крыму по предложению партийных органов базой формирования стали истребительные батальоны. Особой организованностью отличалось развёртывание партизанских сил в Ленинградской, Калининской, Смоленской и Орловской областях, где партийные организации заблаговременно создали партизанские отряды, районы их базирования и склады материальных средств. Особенностью П. д. в Ленинградской области было активное участие в нём наряду с местным населением рабочих, студентов и служащих из Ленинграда. Характерной чертой П. д. в Смоленской, Орловской областях и в Крыму было участие в нём значительного числа воинов Красной Армии, оказавшихся в окружении или бежавших из плена, что значительно повышало боеспособность партизанских сил.
Состав и организация партизанских формирований, несмотря на их разнообразие, имели много сходного (см. схему ). Основной тактической единицей являлся отряд, насчитывавший в начале войны обычно несколько десятков чел., а позже — до 200 и более бойцов. В ходе войны многие отряды объединялись в соединения (бригады) численностью от нескольких сот до нескольких тыс. чел. В вооружении преобладало лёгкое оружие (автоматы, ручные пулемёты, винтовки, карабины, гранаты), но многие отряды и соединения располагали миномётами и станковыми пулемётами, а некоторые — артиллерией. Все лица, вступавшие в партизанские формирования, принимали партизанскую присягу; в отрядах устанавливалась строгая воинская дисциплина.
В зависимости от конкретных условий существовали различные формы организации партизанских сил: мелкие и крупные формирования, региональные (местные) и нерегиональные. Региональные отряды и соединения постоянно базировались в одном районе и несли ответственность за защиту его населения и борьбу с оккупантами в данном районе. Нерегиональные соединения и отряды выполняли задания в различных районах, совершая продолжительные рейды, и являлись по существу подвижными резервами, маневрируя которыми, руководящие органы П. д. сосредоточивали усилия на главных направлениях для нанесения мощных ударов по тылам врага.
На формы организации партизанских сил и способы их действий влияли физико-географические условия. Обширные леса, болота, горы являлись основными районами базирования партизанских сил. Здесь возникли партизанские края и зоны, где могли широко применяться различные способы борьбы, в том числе открытые бои с противником. В степных же районах крупные соединения успешно действовали лишь в ходе рейдов. Находившиеся здесь постоянно небольшие отряды и группы обычно избегали открытых столкновений с врагом и наносили ему ущерб главным образом диверсиями.
В ряде районов Прибалтики, Молдавии, южной части Западной Украины, которые только в 1939—40 вошли в состав СССР, гитлеровцам удалось через буржуазных националистов распространить своё влияние на некоторые слои населения. Поэтому крупные партизанские формирования не могли длительно базироваться в одном районе и действовали главным образом рейдами. Существовавшие здесь небольшие партизанские отряды и подпольные организации вели главным образом диверсионно-разведывательные действия и политическую работу. В Карелии, где подавляющая часть населения была эвакуирована на В. или вывезена на принудительные работы в Финляндию, партизаны вели борьбу путём рейдов, базируясь на территории, занятой советскими войсками.
Общее стратегическое руководство вооруженной борьбой партизанских сил осуществляла Ставка Верховного Главнокомандования, которая определяла основные задачи партизан на каждом этапе войны и в отдельных стратегических операциях и организовывала стратегическое взаимодействие партизан с Советской Армией. Непосредственное стратегическое руководство боевой деятельностью партизан осуществлял Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД; начальник штаба П. К. Пономаренко ) при Ставке, созданный 30 мая 1942 и существовавший до начала 1944. Центральному штабу были подчинены в оперативном отношении республиканские и областные штабы П. д., которые возглавляли секретари или члены ЦК компартий республик, крайкомов и обкомов: на Украине — Т. А. Строкач, в Белоруссии — П. З. Калинин, в Литве — А. Ю. Снечкус, в Латвии — А. К. Спрогис, в Эстонии — Н. Г. Каротамм, в Карелии — С. Я. Вершинин, в Ленинградской области — М. Н. Никитин, в Орловской области — А. П. Матвеев, в Смоленской области — Д. М. Попов, в Ставропольском крае — М. А. Суслов, в Крымской АССР — В. С. Булатов и др. Штабы П. д. подчинялись также Военным советам соответствующих фронтов. В тех случаях, когда на территории республики или области действовало несколько фронтов, при их Военных советах создавались представительства или оперативные группы республиканских и областных штабов П. д., которые, осуществляя руководство боевой деятельностью партизан в полосе данного фронта, подчинялись соответствующему штабу П. д. и Военному совету фронта. Укрепление руководства П. д. шло по линии улучшения связи партизан с «Большой землёй», совершенствования форм оперативного и стратегического руководства, улучшения планирования боевой деятельности. Если летом 1942 лишь около 30% партизанских отрядов, состоявших на учёте штабов П. д., имели радиосвязь с «Большой землёй» (из них 1 /2 за счёт соседей), то в ноябре 1943 почти 94% отрядов поддерживали радиосвязь с органами руководства П. д., в том числе около 1 \2 имели свои радиостанции. Создание штабов П. д. с чёткими функциями и улучшение связи с «Большой землёй» придавали П. д. всё более организованный характер, обеспечивали большую согласованность действий партизанских сил и способствовали улучшению их взаимодействия с войсками.
Большое внимание уделялось систематическому снабжению партизан оружием, боеприпасами, минно-подрывной техникой, медикаментами и др., эвакуации авиацией тяжелораненых и больных на «Большую землю». В 1943 только Авиацией дальнего действия и Гражданским воздушным флотом было совершено свыше 12 тыс. самолётовылетов в тыл врага (половина из них — с посадкой на партизанские аэродромы и площадки).
Размаху П. д. способствовала огромная политическая работа среди населения оккупированных районов, которую проводили партизаны и подпольщики под руководством партийных органов. Население оказывало партизанам помощь продовольствием, одеждой и обувью, укрывало их и предупреждало об опасности. Советские патриоты вели разведку, являлись связными и проводниками, пополняли партизанские отряды. Партия мобилизовывала население оккупированных территорий на саботаж всех политических, экономических и военных мероприятий противника. Советские люди срывали планы обеспечения германской промышленности рабочей силой из оккупированных районов, уклонялись от мобилизации на оборонительные работы. Работавшие на предприятиях и транспорте задерживали выпуск и снижали качество продукции, затягивали сроки формирования поездов, ремонта паровозов и вагонов, нарушали связь. Советские патриоты прятали различное имущество, машины, скот, продовольствие, саботировали уборку и обмолот хлебов. Срыв фашистских планов по использованию людских и материальных ресурсов оккупированных районов и превращению в пустыню советской территории во время отхода немецко-фашистских войск — одна из важнейших заслуг партизан и подпольщиков.