Борьба за престол в основном велась с опорой на маньчжурские знамена. Хотя Хунтайцзи и подчинил знамена имперскому правительству, выбор наследника по-прежнему оставался племенным делом. В период междуцарствия знамена приобретали большое значение, поскольку каждое знамя подчинялось только собственному предводителю. Все претенденты на престол, как, впрочем, и другие крупные политические деятели, контролировали знамена. В критической ситуации число знамен, поддерживающих того или иного претендента, определяло вероятную военную силу последнего, которая, в свою очередь, подкрепляла право на власть. Таким образом, собрание, посвященное выборам преемника Хунтайцзи, могло положить начало междоусобной войне как раз в то время, когда маньчжуры более всего нуждались в единстве.

Собрание с самого начала зашло в тупик, поскольку Доргонь и Хаогэ контролировали примерно равное число знамен. Другие предводители знамен предложили компромиссное решение, которое заключалось в том, чтобы провозгласить императором пятилетнего сына Хунтайцзи — Фулиня, Доргоня назначить первым регентом, а Цзиргалана (брата Амина) — вторым регентом. Чтобы удовлетворить далеко идущие амбиции Доргоня, ему отдали второе знамя, являвшееся одним из знамен Хунтайцзи. В результате Доргонь стал нетитулованным правителем маньчжурского государства. Он лично командовал двумя знаменами — как раньше император. Партия Хаогэ добилась того, что право наследовать престол теперь имели только сыновья Хунтайцзи, но это достижение стоило Хаогэ трона. Маньчжурская знать стремилась выработать этот компромисс для того, чтобы избежать междоусобной войны и воспользоваться выгодами от распада Китая. После того как разногласия, по крайней мере временно, были преодолены, Доргонь двинулся к Пекину и возвел на трон Фулиня под именем императора Шунь-чжи.

Ведя завоевательные войны против еще не покоренных территорий Китая, Доргонь продолжил политику Хунтайцзи по централизации маньчжурского государства, избавляясь от рудиментов коллегиального управления, которое импонировало вождям племен, и расширяя сферу деятельности китайской бюрократии. Вначале Доргонь выступил против самого слабого из предводителей знамен — второго регента Цзиргалана. Как и его брат Амин, Цзиргалан имел с остальными бэйлэ очень дальние родственные связи, и в конце 1644 г. Доргонь понизил его в должности — до помощника регента, а затем, в 1647 г., отправил в отставку. После смерти своего брата Додо, которого он назначил на место Цзиргалана, Доргонь стал единоличным регентом, при этом под его непосредственный контроль перешло третье знамя. В 1648 г. Доргонь арестовал Хаогэ, который, как и большинство арестованных претендентов на маньчжурский престол, скончался спустя год. Будучи полновластным, хоть и нетитулованным, правителем, Доргонь продемонстрировал свою власть при распределении территорий, захваченных в районе Пекина. Он пожаловал лучшие земли подчиненным ему белым знаменам, хотя это означало пренебрежение к традиционному порядку старшинства, по которому предпочтение отдавалось личным желтым знаменам императора.

Как и Хунтайцзи, Доргонь усилил централизацию власти при дворе (как для того, чтобы править Китаем, так и для противодействия влиянию знамен). Он сохранил большую часть минских административных институтов и даже оставил на своих местах мелких чиновников старой династии, контролируя их с помощью цинских официальных лиц (в основном представителей китайских знамен) — как в провинциях, так и при дворе. Любопытно, что эта политика подверглась нападкам как со стороны китайских чиновников, так и со стороны представителей маньчжурских знамен. Китайцы протестовали против того, что маньчжуры монополизировали реальную власть. Маньчжуры же, входившие в систему знамен, жаловались, что Доргонь отдает предпочтение китайцам.

Интересы представителей маньчжурских знамен и государства Цин были различны с самого начала. Маньчжурская племенная знать стремилась к быстрейшему получению выгод и противилась любым политическим шагам, уменьшавшим ее независимость, даже если они были необходимы для развития империи. Именно знать протестовала против завоевания Нурхаци Ляодуна и перенесения столицы на юг. Именно она сопротивлялась созданию Хунтайцзи бюрократического аппарата, укомплектованного китайскими чиновниками, и присоединения к цинской армии знамен, состоящих из неманьчжуров. Каждый правитель, включая Нурхаци, стремился оградить имперское правительство от давления со стороны племен. Сохранение Доргонем минских чиновников и учреждений было логическим продолжением этой политики. Племенная знать рассматривала цинский административный аппарат как орудие для расширения своего господства в Китае. Имперское руководство отвергало такой взгляд и пыталось, в свою очередь, сделать маньчжурские знамена орудиями династии. Вследствие этого противоречия имперское правительство видело в представителях китайских знамен лояльных чиновников, жизненно необходимых цинской власти. Дело в том, что китайское население в целом полагало и называло представителей китайских знамен маньчжурами, а маньчжурские племена считали их самозванцами, которые украли плоды победы у «настоящих», племенных маньчжуров — как раз к этому и стремилось цинское правительство.

Династия Цин происходила из Маньчжурии, но она была полна решимости освободиться от давления со стороны представителей знамен, которые ограничивали имперскую власть. Добиться этого можно было, опираясь на китайских чиновников, служивших противовесом племенным маньчжурам. Заимствование Цинами столь большого числа китайских учреждений после падения Пекина иногда рассматривается как доказательство их быстрой китаизации. Пока при дворе спорили о том, в какой степени можно перенимать китайский стиль управления, не ослабляя позиции маньчжуров, партии, участвовавшие в спорах, больше интересовались самой властью, чем ее формой. Племенные традиции были на руку старой маньчжурской знати и способствовали сохранению ее значения при новом режиме. Китайские же учреждения были предназначены для сохранения имперской автократии, которая не допускала разделения власти, и их заимствование освобождало двор из-под контроля племен. Верхушка империи постоянно ограждала себя от притязаний племен и прилагала все усилия, чтобы стать имперской династией, призванной управлять как Китаем, так и маньчжурами.

Проблема выбора между автономией и централизацией становилась особенно острой в периоды кризисов, связанных с наследованием власти, когда представители имперской знати были вынуждены искать поддержки у знамен. Однако каждый вновь избранный правитель неизбежно начинал там, где заканчивал его предшественник, каждый раз оставляя знаменам все меньше власти. Никогда это не проявилось так явно, как в период очередного витка централизации после неожиданной смерти Доргоня в 1650 г.

После смерти Доргоня вновь вспыхнула борьба за власть, поскольку он не оставил преемника, а его партия оказались не способна в одиночку удержать в своих руках бразды правления. Первоначально регентом был назван Цзиргалан, однако в 1653 г. он утратил этот пост, уступив сторонникам нового императора Шунь-чжи, ратовавшим за то, чтобы император правил единолично. Принятие Шунь-чжи властных полномочий ознаменовало значительные структурные изменения в политике династии. Предшествующие правители маньчжуров были людьми с богатым опытом ведения племенных дел и организации военных действий и могли обоснованно утверждать, что сами проложили себе путь наверх. Они достигли вершин власти благодаря как своему таланту, так и происхождению, и это отвечало требованиям маньчжурской традиции избирать в качестве правителя наиболее талантливого вождя среди представителей одного поколения. Шунь-чжи был первым из маньчжурских правителей, который получил власть по чисто формальным критериям. Избранный в качестве компромиссного кандидата после смерти Хунтайцзи, он был ребенком, не имевшим собственного опыта и не успевшим проявить никаких способностей, а реальным правителем, стоящим за троном, был Доргонь. Когда Шунь-чжи начал править от собственного имени, Цин отбросила племенные традиции и окончательно приняла более сложную систему управления, при которой власть императора определялась почти исключительно занимаемым им положением. Знати, стремившейся к завоеваниям, противостоял маньчжурский император, который удерживал и сохранял власть, манипулируя придворными группировками и бюрократическими структурами правительства.