В день Вознесения Савонарола говорил проповедь в церкви Сан-Марко. Это была как бы его прощальная речь, в ней выразилась глубокая печаль его наболевшего сердца вместе с неизменной покорностью Провидению. Он знал, что его враги успели воспользоваться неудавшимся испытанием. Развращённое флорентийское юношество примкнуло к принципиальным противникам его учения, чтобы обвинить его в лицемерии и убедить публику, чтобы она не давала себя дурачить лжепророку, который в минуту опасности отступил перед испытанием, устроенным по его инициативе.

Волнение между городскими жителями возрастало день от дня. Противники Савонаролы могли смело рассчитывать на успех; они соединились и направились к монастырю с криком: «К оружию! Идём в Сан-Марко!»

Мало-помалу вокруг них собралась многочисленная толпа, которую они повели за собой в монастырь. Церковь Сан-Марко была переполнена молящимися, так как в это время совершалось богослужение. Все они были почти без оружия, между тем как нахлынувшая масса напала на монастырь с мечами, копьями и в полном вооружении. Приверженцы Савонаролы защищали церковь. Мать и сестру его в числе других женщин спрятали в ризнице. Монахи столпились около алтаря и окружили своего настоятеля; среди них были Доменико Буонвичини, Сильвестро Маруффи и молодой Донато Руффоли. Они выступили вперёд в надежде покончить дело миролюбивым образом и оградить церковь от осквернения, но вооружённая толпа с яростью напала на них.

В этот момент живописец Бартоломео, бывший в церкви, дал торжественный обет поступить в монастырь в случае благополучного исхода борьбы. Марк Аврелий был в числе монахов, защищавших настоятеля ценой своей жизни.

Донато Руффоли был неустрашимее всех своих товарищей и подвергся наибольшей опасности. Смертельно раненный копьём, он, шатаясь, добрался до алтаря, у которого стоял Савонарола с несколькими монахами. Донато упал к ногам своего учителя; тот благословил его со слезами на глазах, положив ему руку на голову. Последние слова, которые вырвались из уст умирающего юноши, были:

— Благодарю тебя, Господи, что ты избрал меня жертвой за правду!

Между тем осаждающие выломали все двери и уже раскладывали огонь, чтобы поджечь монастырь, но монахи, видя, что дальнейшее сопротивление бесполезно, решились вступить в переговоры с неприятелем.

Разъярённая толпа не слушала никаких убеждений и требовала с громкими криками выдачи Джироламо Савонаролы и его двух приверженцев: Доменико Буонвичини и Сильвестро Маруффи, чтобы немедленно отвести их в тюрьму. Джироламо изъявил готовность идти в заключение, только просил дать ему время проститься с монахами и, получив согласие, отправился с ними в библиотеку.

Савонарола не мог сомневаться, что его ожидает мученическая смерть; но он спокойно стоял среди доминиканцев Сан-Марко, которые лучше, чем кто-нибудь, могли знать непорочность его жизни и чистоту намерений. Хотя некоторые из них в последнее время всё более и более склонялись на сторону его противников, но в эту минуту чувство глубокого уважения к настоятелю соединило всех. Они столпились около него, становились перед ним на колени, целовали руки и одежду его и просили благословения. С рыданием выслушали они его последние слова, которыми он убеждал своих верных приверженцев быть выносливыми и терпеливыми, а остальных покориться воле Божьей.

Но в тот момент, когда он хотел выйти из библиотеки, чтобы предать себя в руки врагов, неожиданно произошла душераздирающая сцена.

Анна Савонарола со смертельным страхом следила за тем, что делалось в церкви, и слышала решение своего сына. Не помня себя от отчаяния, она бросилась из ризницы в церковь и отсюда в монастырскую библиотеку, где с громким воплем упала к ногам Джироламо.

Он старался успокоить её кроткими словами и, приподняв её с полу, просил стоявшего около него монаха увести её.

Затем в сопровождении монастырской братии он сошёл вниз, чтобы отправиться в заключение вместе с двумя своими верными приверженцами. Анна шла за ним, опираясь на Беатриче и своего младшего сына, Марка Аврелия. Горе несчастной матери не могло тронуть людей, ослеплённых страстью. Когда противники Савонаролы узнали, что незнакомый монах — его брат, то решили взять Марка Аврелия под стражу, между тем как Анну с дочерью велено было отправить в монастырь августинок.

Было около семи часов вечера; Джироламо Савонаролу вместе с его двумя товарищами и братом повели в тюрьму среди яростных криков толпы. Можно было ожидать, что возмущение прекратится с наступлением ночи; но в действительности оказалось, что оно приняло ещё большие размеры и распространилось по всему городу, так как враги Савонаролы хотели воспользоваться удобным случаем для удовлетворения своей мести. Паллески остались победителями, и дома многих ревностных пианьони были разграблены. Родственники одного приговорённого к смерти по поводу возмущения в пользу Медичи напали на дом судьи, который подал голос за его казнь. Этот судья был Паоло Кампини, в доме которого мать и сестра Савонаролы прожили несколько месяцев. Как всегда бывает во время народных смут, личные страсти примешались к раздору партий. Паоло Кампини пал жертвой кровавой мести и был убит сыном осуждённого им приверженца Медичи. Все те, которые до последней минуты остались верными Савонароле, должны были вытерпеть всевозможные оскорбления от народа, который называл их лицемерами и грешниками и кричал им, что они должны радоваться, если переживут ночь.

На следующее утро, едва первые солнечные лучи позолотили башни Флоренции, как на дороге, ведущей на возвышенность по направлению в Болонью, появились две фигуры. Это была мать Савонаролы, которая медленно шла, опираясь на руку своего сына, Марка Аврелия. Его выпустили из заключения при условии, что он немедленно вернётся в Болонью. Он поспешил в монастырь августинок, чтобы проститься с матерью и сестрой. Беатриче холодно рассталась с ним и объявила ему о своём решении остаться у августинок; но мать стала умолять его взять её с собой, так как она не в состоянии была долее оставаться во Флоренции.

— Я чувствую, — сказала она, — что скоро умру, и не хочу кончить мою жизнь в этом городе, где неблагодарный народ осудил на гибель моего сына Джироламо.

Силы её были надорваны; она знала, что ей не долго остаётся жить; но ничто не могло разубедить её в правоте Джироламо. Она видела в нём борца за святое дело, кровавую жертву порочных служителей римской церкви и была уверена, что враги её сына могут насильственно лишить его жизни, но не в состоянии уничтожить благие семена, посеянные им в сердцах людей.

В то время как во Флоренции великий проповедник с благородной самоотверженностью стремился к благу человечества и мужественно приносил себя в жертву смерти, в Риме, средоточии церковной власти, безнаказанно царил порок и проявлялся во всей своей ужасающей наготе. Партия, желавшая гибели Савонаролы, имела особенно много представителей при папском дворе, в непосредственной близости от человека, который называл себя наместником Бога на земле. Александр VI искренно радовался падению Савонаролы. Он представлял полную противоположность флорентийского реформатора по своей легкомысленной и сластолюбивой натуре. Несмотря на свой ум, он не в состоянии был понять той ответственности, какая лежала на нём в силу его высокого положения, и по-прежнему не только находился в рабском подчинении у окружавших его женщин, но служил слепым орудием своего порочного сына Чезаре. Последний принадлежал к числу тех людей, которые для своих себялюбивых целей пользуются всякими средствами, какие им попадаются под руку.

Чезаре Борджиа благодаря щедрости своего отца имел в своём распоряжении громадные денежные средства. Но так как при этом его энергия и бесстыдство возрастали по мере того, как слабел папа, то его могущество всё более и более увеличивалось. Он поставил себе задачей воспользоваться по возможности благоприятным временем, которое должно было кончиться для него со смертью папы. Сообразно своему характеру он не верил ни истинной дружбе, ни родственной привязанности, он признавал только ту связь между людьми, которая была основана на общности интересов. Он находился в приятельских отношениях с принцами и мелкими владетельными князьями Италии, но знал, что эти отношения будут продолжаться только до тех пор, пока его отец носит папскую тиару. Поэтому в его характере всё более и более развивалась хитрость и предусмотрительность хищного зверя, который, скрытый в засаде, выжидает удобного случая, чтобы наброситься на жертву и уничтожить её. Ему было безразлично, кто погибал от его руки, так как он видел в убийстве только средство, чтобы удовлетворить свою месть и достичь господства над Италией.