12 января 1945 генерал МакАртур, теперь ставший пятизвездным генералом армии, провел совещание с адмиралами Кинкейдом и Уилкинсоном и генералом Крюгером на борту крейсера «Бойз», стоявшего возле плацдарма. Он подчеркивал необходимость захватить Манилу как можно раньше, чтобы освободить пленных и интернированных, которым угрожала смерть от истощения. Он предсказывал, что наши потери будут невелики, так как противник предпочтет эвакуировать Манилу, а не защищать ее. Генерал Ямасита и в самом деле собирался так поступить, но его приказы не были выполнены.

Продвижение к Маниле было медленным. 29 января после 2 недель наступления XIV корпус достиг только Сан Фернандо. Флот одолжил XI корпусу несколько десантных барж, чтобы высадить десант в 45 милях от этого города позади горного хребта. По морю были перевезены крупные силы, и противник сопротивления не оказал. Адмирал Страбл с удовлетворением увидел, что его встречают друзья с американскими и филиппинскими флагами в руках. Действительно, филиппинцы повсюду встречали американцев как освободителей и проводили впечатляющие демонстрации.

31 января группа адмирала Фечтелера из состава VII Десантного высадила 11 парашютно-десантную дивизию в Насугбу, провинция Батангас. Генерал приказал провести эту операцию, чтобы начать наступление на Манилу с юго-запада.

Если не считать незначительных помех со стороны японских взрывающихся катеров, никакого сопротивления не было.

1 февраля 1 кавалерийская дивизия под прикрытием авиации морской пехоты возглавила наступление XIV корпуса на Манилу. 3 февраля она ворвалась в пригороды, освободив более 5000 пленных и интернированных. Генерал Ямасита приказал эвакуировать Манилу, однако контр-адмирал Ивабути, командовавший военно-морской базой, где находились 20000 солдат, отказался выполнять приказ. Он сражался до самого конца, отстаивая буквально каждый дом в Маниле. После месяца боев японские войска были уничтожены до последнего человека, но некогда прекрасный город превратился в руины. Интрамурос, старый город, окруженный стенами, был сожжен дотла. Только 4 марта Манила была очищена от японцев. К этому времени картина разрушений была еще ужаснее, чем в Кельне, Гамбурге или Лондоне.

Но город теперь был свободен. Еще до окончания боев генерал МакАртур созвал временную ассамблею филиппинских нотаблей во дворце Малаканьян, где в качестве военного губернатора проживал его отец генерал Артур МакАртур. В их присутствии генерал объявил во временном воссоздании Филиппинского содружества. Он сказал: «Моя страна выполнила клятву. Ваша столица, хотя она и жестоко пострадала, снова заняла свое законное место — цитадели демократии на востоке».

Еще оставались около 1400 японских солдат на Батаане, и 5000 японцев укрепились на Коррехидоре. Адмирал Страбл организовал переправу из бухты Субик с целью захватить Маривелес. 15 февраля это было сделано, несмотря на сильное сопротивление. На следующий день на Коррехидор был сброшен парашютный десант. Японцы скрылись в лабиринте тоннелей, их приходилось выкапывать поштучно. В течение 10 дней ДЭМ 46 (капитан 1 ранга Кавено на «Конверсе») постоянно держал у берега 2 корабля, чтобы поддерживать артогнем войска. Эсминцы курсировали в полумиле от берега и стреляли прямо по входам в пещеры, полные японцев. Командир дивизиона писал: «Мы держались так близко, что могли видеть японцев, бегавших туда — сюда между залпами». 26 февраля скала снова была в руках американцев. 2 марта генерал МакАртур торжественно поднял флаг на острове, который он покинул в столь сложных обстоятельствах почти 3 года назад. Остров Кабальо держался до 15 апреля.

Начиная с 9 марта коммодор Уильям Э. Салливан работал над проблемой очистки гавани Манилы от сотен затонувших кораблей. Он расчистил по крайней мере 5 портов в Европе, но Манила была самым тяжелым случаем, так как японцы оказались гораздо более хорошими подрывниками, чем немцы. С помощью отдельной бригады армейских инженеров, 2 батальонов строителей, нескольких спасательных судов и тральщиков Салливан поднял некоторые обломки, уничтожил другие и обвеховал все остальное. Тральщики «Скаффл» и «Кейбл» вместе с 15 YMS под командой лейтенанта Эрика Э. Джонсона тралили гавань и бухту. Они расчистили 615 кв. миль акватории и уничтожили 584 мины. К 1 мая было убрано 350 затопленных судов и постепенно гавань расчищалась. В середине августа уже 24 транспорта типа «Либерти» могли одновременно стать на якорь.

Для 6 Армии кампания по освобождению Лусона тянулась 173 дня, в течение которых она потеряла 8297 человек убитыми и 29557 ранеными. Потери американского и австралийского флотов во время кампании на Лусоне, в основном от атак камикадзэ, превысили 2000 человек. 30 июня 8 Армия генерала Эйхельбергера переняла у 6 Армии Крюгера задачу уничтожения остатков японских войск, загнанных в горы. Генерал Ямасита и примерно 50500 солдат сдались после прекращения военных действий 15 августа 1945.

Генерал армии Дуглас МакАртур не был удовлетворен освобождением Лейте, Самара и Лусона. Он чувствовал себя обязанным выбить противника со всех островов архипелага. На февраль 1945 он запланировал 2 серии операций. 7 Флот и 8 Армия должны были освободить Визаяс и Минданао, а тот же 7 Флот и австралийская армия должны были отбить Яву.

ОКНШ не слишком благосклонно отнесся к этим планам генерала. На конференции в Ялте в феврале 1944 генерал Маршалл сказал англичанам, что не желает связывать крупные силы американской армии на Филиппинах и в голландских колониях. Он полагал, что филиппинские партизаны и вновь созданная армия Филиппинского содружества способны сами очистить архипелаг. Но поскольку ни 7 Флот, ни 8 Армия не требовались для высадок на Иводзиму и Окинаву, АКНШ разрешил МакАртуру использовать в этот период их как угодно.

Надо сказать, что и МакАртур и АКНШ допустили стратегическую ошибку. Как оказалось, генерал вполне мог обойти Визаяс и Минданао. Филиппинцы на этих островах не слишком страдали от присутствия японских гарнизонов, которые сейчас не могли получать никаких подкреплений и в любом случае сами бы сдались по окончанию войны. Силы, использованные для освобождения Визаяса и Минданао, можно было использовать на Яве и Суматре, где голландские колонисты находились под жестоким гнетом, а японцы весьма предусмотрительно поддерживали освободительное движение Сукарно. Хотя генерал МакАртур и не захотел заниматься сначала Голландской Ост-Индией, АКНШ должен был найти для него необходимые транспорты, когда он все-таки предложил это. Но никто не ожидал, что Тихоокеанская война уже в августе завершится с таким грохотом.

На конференции в Квебеке в сентябре 1944 Объединенный Комитет Начальников Штабов предсказал, что потребуется 18 месяцев после капитуляции германии, чтобы добиться такой же безоговорочной капитуляции Японии. В действительности прошло чуть более 3 месяцев. Предполагалось высадиться на Кюсю в октябре, а на Хонсю в январе 1946 и вести бои на территории самой Японии. Поэтому останется более чем достаточно времени для освобождения Индонезии. В феврале 1945 МакАртур представил ОКНШ план проведения такой операции в июне. Но ОКНШ размышлял над ним до августа, когда стало поздно что-либо делать. После этого МакАртур занимался только вопросами оккупации Японии. Прошел целый месяц после окончания войны, прежде чем корабли союзников вошли в Батавию, уже переименованную в Джакарту. За это время страна попала в руки фанатичных националистов, которые, в отличии от филиппинцев, не имели опыта самоуправления.

Следует также отметить, что адмирал лорд Маунтбеттен, командующий силами союзников в юго-восточной Азии был готов и хотел освободить Индонезию в начале 1945, но не мог начать эту операцию, пока японцы контролируют Сингапур и Малаккский пролив. Адмирал Кинг хотел, чтобы Тихоокеанский флот адмирала сэра Брюса Фрезера помог МакАртуру и австралийцам в их операциях, но это запретил Черчилль. По соображениям престижа он требовал, чтобы Королевский Флот «присутствовал при смерти» Японии вместе с американским флотом. Так и было, и это решение принесло много пользы, однако Кинг был совершенно прав. Гораздо более важное значение с точки зрения будущего имело освобождение Индонезии и создание там стабильного правительства, чем помощь американцам в захвате Окинавы и обстрелы Японии.