Изменение тактики действий подводных лодок показывает пример похода «Тарпона». Возле Токийской бухты ночью 1 февраля 1943 лодка установил радиолокационный контакт, поднялась на поверхность и потопила транспорт в 11000 тонн. 8 февраля в темноте лодка снова обнаружила радаром цель. После погони в надводном положении, используя данные радара и перископ, она всадила 4 торпеды в «Тацута-мару» (17000 тонн). Гордость японского торгового флота пошла на дно.

В течение 1943 американские подводные лодки на Тихом океане потопили 22 военных корабля и 296 торговых судов, общим водоизмещением 1335240 GRT. Японские верфи в 1943 сумели построить лишь немного больше полумиллиона тонн. Еще 100000 тонн были захвачены, в результате убыль составила 718000 тонн. За этот же год Подводные Силы флота Соединенных Штатов потеряли 15 лодок и 1129 офицеров и матросов. Это была дорогая плата за успехи. Однако трое командующих подводными лодками в Пирл-Харборе, Брисбене и Фримантле имели в своем распоряжении 75 подводных лодок к 1 января 1944 против 53 лодок 1 января 1943. Из этого числа почти все были эскадренными лодками. Старые лодки типа S были отозваны в учебные центры. За этот же год японцы потеряли 23 подводные лодки.

Генерал МакАртур поддерживал контакт с филиппинским партизанами и не капитулировавшими подразделениями своей армии с помощью подводных лодок, базирующихся на Фримантл. В период с 8 февраля 1943 по 5 марта 1944 они совершили 19 походов с этой целью. Из них 7 походов совершила подводная лодка «Нарвал», специально выделенная для такой работы. Они доставили к партизанам важных связников, таких как капитан-лейтенант К. Парсонс, а также оружие, деньги, боеприпасы, рации и многое другое. «Нарвал» за один поход доставил 90 тонн грузов на Минданао и Самар, а также вывез 32 гражданских лица с Паная. Эти похода имели огромнейшее значение для сбора разведывательной информации о вражеских кораблях и перемещениях войск, снабжения партизан медикаментами и боеприпасами, для разрушения лживых заявлений японской пропаганды, будто американцы бросили Филиппины.

В мае 1943 «Тотог» получила специальное задание высадить 2 японцев на Целебесе. Оба были рьяными мусульманами, что создавало трудности, не предусмотренные наставлениями подводной службы. Колбасный фарш, мороженое, яичный порошок и другие обычные продукты подводников были для них табу. Они питались только тунцом и лососем. Штурману пришлось 4 раза в день давать им пеленг на Мекку. Эта история стала легендарной. Она помогла усовершенствовать искусство навигации, чтобы сыны Пророка могли возносить молитвы в нужном направлении.

Превратности судьбы подводника лучше всего показать на примере «Скалпина» (капитан 2 ранга Фред Конвей). Во время операции на Гилбертовых островах лодка патрулировала между Труком и Понапе, чтобы сообщать о передвижениях японского флота. Ночью 18 — 19 ноября 1943 «Скалпин» заметила вражеский конвой и на рассвете попыталась атаковать его. Однако лодка была обнаружена и вынуждена погрузиться. Когда через час она поднялась на поверхность, эсминец «Ямагумо» тут же загнал ее обратно и атаковал глубинными бомбами. Когда вахтенный попытался вывести лодку на перископную глубину, отказали клапана, и «Скалпин» выскочила на поверхность. «Ямагумо» немедленно бросился в атаку. Лодка погрузилась, но на нее обрушились 18 глубинных бомб. Взрывы заставила «Скалпин» потерять управление. Был поврежден прочный корпус, появились течи, заклинило вертикальные и горизонтальные рули. Не видя другого выхода, капитан 2 ранга Конвей скомандовал: «Продуть цистерны!» Когда лодка снова оказалась на поверхности, он приказал: «К орудиям!» Конечно 1 — 4» и 2 — 20-мм орудия «Скалпина» не могли противостоять 6 — 5» орудиям японского эсминца. Лодка получила смертельное попадание в главный воздухозаборник. Второй снаряд попал в мостик и убил командира, старшего помощника и артиллериста. Старший из уцелевших офицеров приказал команде покинуть корабль. Были открыты все кингстоны, и «Скалпин» погрузилась в последний раз. Вместе с ней ушли на дно капитан 1 ранга Джон П. Кромвелл и еще десятков человек. Кромвелл сделал это совершенно сознательно, так как он был знаком с оперативными планами и боялся, что под пытками выдаст их. 42 человека команды «Скалпина» были подобраны «Ямагумо». Один раненый был тут же выкинут за борт. Пленные американцы попали на Трук, где их перевели на эскортные авианосцы «Тюё» и «Уньё». По пути в Японию «Тюё» стал жертвой торпедной атаки американской подводной лодки «Сэйлфиш». Спасся лишь 1 пленник. Его, а также 20 человек с «Уньё», заставили работать на медном руднике Асио до конца войны.

1 января 1944 японцы еще имели на 300000 тонн танкеров больше, чем 7 декабря 1941. Это нужно было исправить, и американские подводные лодки с энергией принялись за дело. За этом месяц были потоплены 8 танкеров, 1 стал жертвой авианосных самолетов, 7 — подводных лодок. В следующем месяцев японский танкерный флот подстерегали крупные неприятности. 17 февраля при ударе авианосцев по Труку были потоплены 5 танкеров водоизмещением 52185 тонн. Затем настал черед подводной лодки «Джек» (капитан 2 ранга Томас М. Дайкен), известной на флоте, как «Джек, победитель танкеров». В Южно-Китайском море 19 февраля в 3.38 Дайкен встретил конвой из 5 танкеров и 3 кораблей сопровождения. После серии атак, длившейся почти сутки и завершившейся почти в полночь, «Джек» потопила 4 танкера водоизмещение более 20000 тонн.

«Грэйбек» (капитан 2 ранга Джон Э. Мур) патрулировала между Лусоном и Формозой и погибла со всем экипажем 27 февраля 1944, потопив еще 11500 тонн торговых судов. Возможно, это сделал вражеский самолет. Ветеран «Траут» (капитан-лейтенант Альберт Г. Кларк), которая в начале войны вывезла золото с Коррехидора, погибла 29 февраля во время 11 похода. Лодка патрулировала на SSO от Окинавы и заметила вражеский конвой с подкреплениями для Марианских островов. Она повредила новый транспорт (11500 тонн) и потопила другой транспорт (9245 тонн), на котором находились 4124 солдата и 105 человек экипажа. Половина из них утонула вместе с судном. Последовала яростная атака глубинными бомбами со стороны кораблей сопровождения. «Траут» погибла со всем экипажем.

«Сэндлэнс» (капитан 2 ранга Малькольм Э. Гаррисон) в свой первый выход отправилась в опасные воды. По пути из Пирл-Харбора на Алеутские острова она за 4 дня встретила 2 урагана. Поднявшись на поверхность, лодка тут же обросла льдом. Чтобы избавиться от него, пришлось погрузиться. Прибыв 24 февраля на позицию к Парамуширу, «Сэндлэнс» обнаружила, что ее окружают плавучие льды. Температура была такой низкой, что вода застывала на перископе, покрывая линзы слоем льда. Несмотря на эти трудности, капитан 2 ранга Гаррисон провел свою лодку вдоль курил и Хоккайдо. 28 февраля он потопил сухогруз, а 3 марта — еще один, избежав контратак патрульных судов и самолетов. В конечном итоге он вошел в Японское течение, и температура воды быстро поднялась с 0° до 70° F. «Сэндлэнс» миновала Хонсю и направилась к островам Бонин. В полночь 13 марта ее акустик доложил, что слышит шумы. Гаррисон поднял перископ и увидел «восхитительное зрелище, полностью вознаградившее за 4 недели сражений с тайфунами. Мы были просто окружены судами». Он налетел прямо на второй конвой с подкреплениями для Марианских островов. Полная луна позволила выбрать наилучшие цели, легкий крейсер «Тацута» и большой сухогруз. В 3.10 «Сэндлэнс» выпустила по 2 торпеды в каждый, развернулась на 180° и выпустила последние 2 торпеды в большой транспорт. Подводники без удовольствия слушали грохот глубинных бомб, которые наугад сбрасывали корабли охранения, не обнаружившие лодку. Гаррисон спокойно оставался на перископной глубине еще 15 минут, ожидая развития событий. Он видел, как затонул крейсер. Первый транспорт горел, погрузившись до палубы. А жертва парфянской стрелы, выпущенной напоследок, быстро затонула носом вперед. Затем эсминцы вынудили лодку погрузиться и продержали ее под водой 18,5 часов. После этого «Сэндлэнс» взяла курс на Пирл-Харбор, так как израсходовала все торпеды. Только в этом порты подводники Тихоокеанского флота находили короткий отдых между походами.