Глава Ордена — Великий Магистр (Гроссмейстер), был ограничен в своих действиях капитулом, который он был обязан созывать во всех важных случаях жизни братства. Ниже Великого Магистра на орденской иерархической лестнице стояли «конвентуальные бальи» (в древности «бальи» назывались еще «пилье» — т.е. букв. « столпы»), возглавлявшие «ланги» (языки) Ордена. Еще ступенью ниже шли Великие Приоры (они же «капитулярные бальи»). Все они являлись рыцарями (кавалерами) Большого Креста. За ними следовали бальи, командоры и, наконец, простые рыцари. Орден предоставлял свои земельные владения Великим Приорам, бальи и командорам во временное владение («кормление»), при условии уплаты в орденскую казну определенной доли дохода с них, т.н. “респонсии”.
Именно респонсии в течение многих веков служили главным источником дохода Ордена для финансирования его военной и госпитальерской деятельности. К концу Средневековья некогда жестко централизованный единый Орден госпитальеров, в силу постоянного усиления национально-государственного принципа и ослабления универсалистских тенденций папства и католической церкви в целом,, превратился в своего рода федерацию «национальных рыцарских ассоциаций» членов Ордена, большинство из которых проживало в своих странах, а не в резиденции Великого Магистра.
Великий Магистр имел право каждые пять лет назначать одного из рыцарей Ордена командором. Кроме того, существовал ряд командорств, доходами от которых пользовались капелланы и оруженосцы.
Наднациональный характер Ордена проявился и в разделении исполнительной власти в рамках правительстве Ордена, состоявшего из Великого Магистра и Малого Совета. Каждый из высокопоставленных членов Малого Совета избирался из числа «рыцарей (по) справедливости» одного из «языков» Ордена и становился одновременно главой соответствующего «языка» в конвенте и главой одного из орденских ведомств, постоянное руководство которым постановлением Генерального Капитула 1445 г. было закреплено за тем или иным «языком».
Из вышеперечисленных восьми «языков» Ордена Святого Иоанна, «язык» Прованса был представлен Великим Командором, управлявшим финансами Ордена и являвшимся членом комиссии казначейства. «Язык» Оверни — Маршалом, возглавлявшим сухопутные вооруженные силы и являвшимся председателем третейского суда, разрешавшим разногласия между рыцарями. «Язык» Франции — Госпитальером, отвечавшим за госпитали, больницы, врачей, младший медицинский персонал, аптеки и медикаментов. «Язык» Италии — Адмиралом, осуществлявшим командование орденским военным флотом, офицерами и рядовым составом экипажей, а также наемниками, служащими на кораблях. Снабжение вооруженных сил находилось в совместной компетенции Адмирала и Великого Командора. «Язык» Арагона был представлен Великим Консерватором, контролировавшим правильность ежегодных выплат рыцарям на их личные потребности. «Язык» Англии — Туркопольером, возглавлявшим караульные войска и вспомогательные силы Ордена ("туркопулов" - так в эпоху Крестовых походов именовались наемники крестоносных монархов, происходившие от браков между греками и турками). «Язык» Германии — Великим Бальи, ответственным за сохранность оборонительных сооружений, обеспечение боеприпасами и продовольствием. «Язык» Кастилии и Португалии — Великим Канцлером, который готовил все декреты и решения правительства Ордена и вместе с Великим Магистром подписывал их. Он также заведовал государственным архивом.
Подобное конституционно закрепленное распределение высших орденских постов между различными «языками» позволяло достичь умелой и действенной концентрации сил при одновременном учете национальных особенностей членов Ордена, что не в последнюю очередь способствовало его усилению.
Процветающее, независимое от светских князей, признанное уже в 1309 г. папой Климентом V, орденское государство подтвердило свои права в 1448 г., когда папа Николай V, оставаясь верховным сюзереном Ордена Святого Иоанна, признал полную юрисдикцию Ордена над подвластной ему территорией, независимость Ордена от папы в вопросах управления, финансовых вопросах, право Ордена на обмен посольствами с другими государствами, международно-правовую свободу Ордена в сфере договоров и действий, право чеканить собственную монету и собирать налоги.
Папа также признал Великого Магистра независимым суверенным князем с правом коронации. Эти права Ордена были еще раз подтверждены римскими папами Пием II (1458 — 1464 гг.) и Иннокентием VIII (1484 — 1492 гг.).
Владычество над Родосом вновь продемонстрировало двойственную природу Ордена: как религиозной организации и одновременно - как светского субъекта международного права, что и определило то особое положение, которое Орден сохранил до сегодняшнего дня. Подчиненный в духовных вопросах Святому Престолу, Орден был, тем не менее, совершенно независим в решении политических и светских вопросов как от Святого Престола, так и от западноевропейских христианских сеньоров.
В 1386 г. рыцари Родоса приняли участие в неудачном крестовом походе венгерского короля Сигизмунда против турок-османов, завершившемся сокрушительным разгромом крестоносцев под Никополем. От гибели удалось спастись лишь Великому Магистру с горстью родосских рыцарей.
Турки-османы не раз осаждали остров Родос, но рыцари всегда выходили победителями из этих сражений. В течение 213 лет рыцари Родоса были его полновластными хозяевами и суверенами. В 1522 г. они были атакованы султаном Сулейманом II “Великолепным”, возглавлявшим невероятно многочисленную (по тому времени) армию в 140 000 человек, и флот, насчитывавший более 400 боевых кораблей. Под предводительством Великого Магистра Филиппа Вилье де Лиль Адана гарнизон из 5 100 иоаннитов в течение шести месяцев геройски сражался с полчищами мусульман, «врачуя раны врагов, как свои собственные». В конце концов, султан разрешил госпитальерам с почетом покинуть Родос, вместо того, чтобы обратить их в рабство - настолько турецкий падишах был восхищен доблестью рыцарей Святого Иоанна.
Даже оставшись без собственной территории, Орден не потерял вышеупомянутого правового статуса. Рыцари Святого Иоанна на некоторое, но очень короткое время, оседали на острове Крит, в Мессине (Сицилия), в Чивита-Веккья, в Ницце, а иногда по целым месяцам проводили на море, на борту своих кораблей, поскольку никак и нигде не могли найти удобного пристанища и дружеского гостеприимства.
В 1530 г. папа Климент VII, сам в прошлом рыцарь-иоаннит, обратился к владыке «Священной Римской Империи» и королю Испанскому Карлу V Габсбургу с просьбой даровать изгнанному с Родоса Ордену госпитальеров прибежище на острове Мальта. Император благосклонно отнесся к этому ходатайству и своей хартией передал Ордену Святого Иоанна в вечное владение острова Мальта, Гоцо, Комино и Коминотто, а также город Триполи в Ливии. Император надеялся, что рыцари-иоанниты, искусные мореходы, будут защищать его корабли в Средиземноморье от нападений турецких корсаров и не допустят создания турецких военно-морских баз в Триполитании. Осевшие на Мальте рыцари Святого Иоанна, в качестве символической дани, обязались ежегодно преподносить Карлу V (через его вице-короля на Сицилии) белого охотничьего мальтийского сокола в знак вечной признательности госпитальеров за монаршую щедрость. Кроме этой символической дани, их суверенитет, по сравнению с «родосским периодом», был ограничен еще и запретом чеканить собственную монету (этот запрет был отменен лишь позднее, при Великом Магистре де Гомедесе).
Важные события в истории Ордена Святого Иоанна произошло во время Реформации. Бальи и рыцари Бранденбургского бальяжа Ордена в Германии, как упоминалось выше, приняли новую лютеранскую веру. В Англии король Генрих VIII, яростно боровшийся с папским Римом, упразднил католический Орден, конфисковал имущество английских рыцарей- госпитальеров и казнил многих из них. Правда, Орден был снова учрежден в Англии хартией (Указом) королевы Виктории, но произошло это спустя 300 лет - в 1888 году, и уже не с Папой, а с британским монархом во главе. Ниже мы несколько подробнее осветим эту тему.
