Несколько более ранним периодом, чем это описание орденского облачения, датируется древнейшее изображение боевого орденского знамени иоаннитов, представлявшего собой красное полотнище с прямым белым крестом (рис. 2). Оно изображено на иллюстрации в рукописи «Малой истории англов» (Historia minor Anglorum) умершего не позднее 1259 г. летописца Матвея Парижского. Это «знамя Странноприимного Дома (Госпиталя)» (vexillum hospitalis) упоминается, в качестве должностного знака Великого Магистра (гроссмейстера) Ордена Святого Иоанна фра (брата) Альфонса Португальского (1204-1206 гг.) – следовательно, оно существовало еще в XII в. К тому же в пользу столь почтенного возраста эмблемы иоаннитов говорит существование «плашаницы» из льняной материи, упоминаемой еще в орденских Правилах (Уставе) 1182 г. Поскольку эта «плащаница», судя по описанию, представляла собой красное полотнище с белым крестом, ее с полным правом можно считать предшественницей орденского знамени и герба, первые документальные подтверждения существования которых датируются более поздним периодом. Таким образом, белый крест на красном поле используется рыцарями Святого Иоанна наверняка более 800 лет, причем он сохранил свою форму и свой цвет неизменными с момента появления геральдики и до наших дней.

      Между тем, сам орденский крест на протяжении долгой истории иоаннитов был подвержен значительным изменениям. Концы этого креста, имевшего первоначально простую прямую форму, стали постепенно расширяться, пока он не превратился в „лапчатый крест“ (croix patee), изображения которого дошли до наших дней на реверсе сохранившихся монет, чеканившихся Орденом иоаннитов. Со временем из этого лапчатого креста возник типичный иоаннитский восьмиконечный крест с раздвоенными концами, получивший в геральдике название «мальтийского креста» (crux Melitensis). Правда, древнейшая находка существования этой «окончательной формы» креста датируется еще XII в., причем эта „мальтийская“ форма креста с древнейших времен была характерна для православного церковного искусства (хотя встречалась и в других древних христианских церквях Востока – не только у православных, но и у монофизитов Армении, Эфиопии и Египта). Лапчатый крест с древнейшей печати Иерусалимского госпиталя (рис. 1) больше всего напоминает православный орденский крест Святого Великомученика и Победоносца Георгия. Скорее всего, уже в самый ранний период существования своего Ордена иоанниты использовали кресты всех вышеперечисленных форм, хотя, вероятно, в  зависимости от вкусов и моды той или иной эпохи, отдавалось предпочтение той или иной из форм креста, пока, в конце концов, восьмиконечный крест не занял господствующее положение, в качестве типичного «мальтийского креста». Кроме того, начиная с XV в., его форму начали истолковывать с точки зрения христианской числовой символики (восемь концов креста – восьми категорий блаженных, упомянутых в Нагорной проповеди Спасителя, четыре луча креста – четыре главных добродетели христианина).

     Члены трех крупнейших духовно-рыцарских Орденов (существовавших с начала XI в. госпитальеров-иоаннитов и возникших после I Крестового похода Ордена тамплиеров и Тевтонского Ордена) являлись, в соответствии с уставами своих организаций, одновременно монахами и воинами. Для Ордена иоаннитов, первоначально руководствовавшегося правилами чисто монашеского Ордена августинцев, это означало, что, наряду с тремя монашескими обетами нестяжания (бедности), послушания и целомудрия, они дополнительно брали на себя обет ухода за больными и  вооруженной борьбы с неверными. Постепенно иоанниты превратились из монашеского Ордена, лишь в силу необходимости вынужденного приспособляться к образу жизни крестоносцев, в рыцарское братство, сознательно приведшее свой образ жизни в относительное соответствие с образом жизни членов монашеского Ордена. С этого времени необходимой предпосылкой зачисления в «братство Иерусалимского Госпиталя» (fratres Hospitalis Hierosolymitanei) стали рождение от законного брака и (в отличие от приема кандидатов в современные Ордены Святого Иоанна!) посвящение кандидата в рыцари еще до его вступления в Орден. В скором времени решающую роль в госпитальерском братстве стали играть именно его члены рыцарского происхождения. Соответственно, все большую роль в орденской жизни стала играть и такая типично «рыцарская наука», как геральдика. Правда, до конца XIII в. даже на печатях Великих Магистров иоаннитов отсутствуют какие бы то ни было изображения, позволяющие судить об их принадлежности к Ордену Святого Иоанна. Печати этого периода (так называемые «портретные печати») изображают того или иного Великого Магистра коленопреклоненным перед большим «патриаршим крестом» (символом изначальной подчиненности госпитальеров не римским папам, а православному Патриарху Иерусалимскому). Подобные изображения сохранялись и на монетах, чеканившихся иоаннитами в XIV в., уже после утраты Святой Земли, на острове Родос (рис. 3). «Портретной» была и печать орденского Конвента, введенная в употребление, наряду с печатями Великих Магистров, еще в 1278 г. В то же время, отдельные командорства Ордена Святого Иоанна и их командоры пользовались, вместо «портретных» печатей, печатями с различными христианскими символами – например, изображениями Агнца Божьего, или Образа Пресвятой Богородицы (наподобие печатей Тевтонского Ордена). Так, например, на печати магистра Майльбергского командорства Ордена Святого Иоанна изображена отсеченная, бородатая и окруженная нимбом Честная Глава Иоанна Крестителя в чаше (рис.4). Изменения в рисунках командорских печатей произошли лишь в конце XIII в. С этого времени командоры иоаннитов стали чаще всего использовать в качестве изображений на печатях свои родовые гербы. Если что и указывало на принадлежность владельца печати к Ордену Святого Иоанна, то лишь надпись вокруг изображения. В 1292 г. командор Майльберга, фра «Леопольдус де Штиллефрид», скреплял орденские документы собственной гербовой печатью с изображением орлиного крыла, или, на геральдическом языке -  «полулета» (рис. 5).  Судя по надписи, идущей по краю печати, он ранее был командором Меллинга. Некоторые должностные лица Ордена Святого Иоанна использовали печати с изображением лишь верхнего гербового украшения. Так, на печати фра «Николауса де Вильдунгсмауэра», являвшегося в 1349-77 гг. магистром Майльберга, был изображен горшковидный шлем, украшенный буйволовыми рогами (рис. 6). Тот факт, что обычай пользоваться своим родовым гербом сохранился среди командоров Ордена иоаннитов до середины XVI в., подтверждается существованием сохранившейся до наших дней грамоты 1543 г., которую «фра Франц фон Миндорф, командор Фюрстенфельда и Меллинга», скрепил печатью с изображением своего фамильного герба.

     В начале XIV в. в оформлении командорских печатей снова произошли изменения. Впервые на печатях, наряду с фамильным гербом, начали изображать и герб Ордена Святого Иоанна. Благодаря данному обстоятельству при первом же взгляде на печать можно было безошибочно определить принадлежность ее владельца к «рыцарям Родоса», как иоаннитов стали называть по месту новой резиденции их Ордена. Пионерами в этом процессе выступили прежде всего немецкие и французские рыцари Ордена. Старейшая дошедшая до нас командорская печать с элементами орденской символики, датируемая 1326 г., принадлежала фра Конраду фон Дорштату, командору Шенека. Знак креста, обычно венчавший собой надпись по краям печати, он заменил маленьким щитом с гербом иоаннитов, расположенным прямо над его фамильным гербом. Но это было только началом. Вскоре широкое распространение нашли печати, на которых герб Ордена был вписан в какое-либо из пустых (незаполненных) полей фамильного герба и таким образом комбинировался с последним. Одним из наиболее ранних примеров такого «комбинированного» герба служит печать фра Жана де Монтенака, командора Эпайи (1336 г.). На этой печати под главой гербового щита, правая часть которой обременена гербом Ордена Святого Иоанна, изображен пятикратно рассеченный щит.