Даже после своего отбытия из Палестины Император Фридрих II отнюдь не отказался от борьбы за Святую Землю. В 1230 г. он направил туда, в качестве полномочного наместника, своего маршала Рикардо Филангьери во главе сильного войска, способного сломить сопротивление Фридриху и его власти. Однако на этот раз Император выбрал себе в качестве наместника явно не того, кого следовало. Высокомерное поведение маршала и его лишенные даже малейшего намека на гибкость действия никак не способствовали повышению авторитета Императора в Святой Земле. К тому же Филангьери, а через него – и сам Фридрих - совершенно не соблюдал правовые нормы Иерусалимского королевства, именовавшиеся Ассизами. Согласно этим законам и обычаям решающий голос во всех правовых вопросах имел не король Иерусалима, а совет его ленников. Согласно Ассизам, права вассалов были неприкосновенны. Короли Иерусалимские были настолько связаны в своих действиях, что феодальные владыки Святой Земли не были даже обязаны нести военную службу королю за пределами собственно Королевства (то есть королевского домена) и имели полное право объявления войны и заключения мира в своих собственных владениях. Король Иерусалима также не имел права распоряжаться военными силами Орденов иоаннитов и тамплиеров. Поэтому невозможно было обеспечить проведение ими совместных военных акций. Байян Сидонский, историк той эпохи, подробно описывает переговоры сирийских баронов с императорским наместником. Он пишет об их заявлении наместнику, что

      Морские города-республики Венеция, Генуя, Пиза и другие, за помощь, оказанную их флотами при транспортировке крестоносцев и при завоевании сирийских портовых городов, получили от властителей Святой Земли особые привилегии - им удавалось искусно извлекать из крестоносного предприятия собственную политическую выгоду. За оказанную ими помощь они требовали права на учреждение своих торговых факторий-эмпориев, предоставления им торговых прав и привилегий, а частично - освобождения права беспошлинной торговли и экстерриториального положения для своих колоний, именовавшихся коммунами и пользовавшихся собственным судебно-правовым иммунитетом. Наибольшее число торговых поселений в Святой Земле имела Генуя - например, в Яффе, Акконе, Кесарии, Тире, Бейруте и в других городах. Венеция почти не отставала от Генуи - этот лагунный город даже имел перед ней преимущество благодаря более эффективной централизованной организации.        

        Руководство сделками и политикой венецианских факторий в других портовых городах осуществлялось венецианским консулом, являвшимся чиновником города-метрополии, чья административная резиденция располагалась в древнем, основанном еще финикийцами г. Тире.

      Однако в выгодных торгово-перевозочных операциях в области средиземноморского мореплавания участвовали и другие итальянские города - Пиза и Амальфи, французские портовые города Сен-Жилль и Марсель, а также испанская Барселона. Раньше всех в этом “бизнесе” приняли участие генуэзцы, но наибольших успехов в нем добились венецианцы. Генуэзцы получили еще от короля Балдуина I за помощь, оказанную ими крестоносцам при захвате Арсуфа, Кесарии и Аккона в 1101-1104 гг., третью часть этих городов под квартиры и торговые фактории.

      Полностью отдавая себе отчет в слабости власти Иерусалимских королей, морские города стали проводить в Святой Земле все более беззастенчивую торговую политику. Пока королевский режим в Сирии и Палестине оставался достаточно сильным, купеческие фактории итальянских городов-республик не выходили за поставленные им Иерусалимскими королями рамки. Эти торговые города никогда не страдали избытком крестоносного идеализма (не зря же венецианцы штурмовали в 1204 г. православный Константинополь, а пизанцы и генуэзцы обороняли его от венецианцев, хотя все они считались „добрыми католиками“ - верными и послушными сынами папского Рима!), но теперь они вообще перестали принимать крестоносную идею в расчет, открыто преследуя только свои собственные политико-экономические интересы. Ради ослабления или изгнания противников они были готовы даже заключить союз с врагами христианства. Так, Генуя заключила союз с египетским султаном Бейбарсом, самым опасным врагом западных христиан в Святой Земле после Саладина – и все ради того, чтобы подорвать позиции Венеции в Акконе. Египтяне вместе с генуэзцами сообща захватили Мушиную башню – сильное фортификационное сооружение, преграждавшее чужим кораблям доступ в гавань этого города (свое название оно получило оттого, что в древности служило капищем «Повелителя мух» - финикийского божества «Ваал Зебуба», более известного нам под именем «Велзевула», именуемого в Библии не иначе как «мерзостью аккаронской»!). С 1222 г. развернулись форменные бои между морскими городами-соперниками Венецией, Генуей и Пизой, конец которым был положен лишь с окончательной утратой христианами Святой Земли. Нередко соперники вступали друг с другом в большие морские сражения - например, в 1256, 1258, 1259, 1267 и 1287 гг. В этих сражениях принимали участие и другие военно-политические силы Святой Земли, в том числе духовно-рыцарские Ордены. Иоанниты неизменно принимали в этих столкновениях сторону Генуи (подобно им, симпатизировавшей Византии), а тамплиеры – сторону традиционно враждебной „ромеям“ Венеции.

       Своенравная и нередко сугубо эгоистичная политика духовно-рыцарских Орденов также была одной из причин крушения господства христиан в Святой Земле. Им, вовлеченным во внутреннюю борьбу в Палестине и Сирии, также не хватало широты кругозора, необходимого для сохранения целого, причем тамплиерам еще в большей степени, чем иоаннитам. Великие магистры или же их заместители заседали в Совете и Верховном суде королевства Иерусалимского, княжества Антиохийского и графства Триполийского. Но принимавшиеся там решения они не считали для себя обязательными. Короли и князья Святой Земли не имели над Орденами никакой власти. Если официальная политика королевства чем-либо не нравилась Орденам, они нисколько не считали себя обязанными поддерживать ее. Так, например, тамплиеры в 1168 г. отказались последовать за королем Амори Иерусалимским, тщетно призывавшим их под свои знамена для участия в Египетском походе.

       Первое дошедшее до нас сообщение о кораблях, принадлежащих Ордену Святого Иоанна Иерусалимского, датируется 1187 г. После тотального разгрома пилигримов Саладином при Хиттине султан начал захватывать в христианских землях город за городом, замок за замком. Христианское население было как будто парализовано сознанием своего поражения, и во многих случаях не оказывало сарацинам серьезного сопротивления, вследствие чего лишь немногие города и замки с христианским населением смогли пережить тот год, отмеченный Хиттинской катастрофой. К числу немногих уцелевших относился Тир - наиболее сильно укрепленный город на всем сирийском побережье. Иоанниты внесли весомый вклад в оборону Тира, не только храбро сражаясь на его стенах, но и со стороны моря. Вместе с другими кораблями, корабли Ордена Святого Иоанна обеспечили подвоз всего необходимого в осажденный Тир и помогли вынудить к отступлению вражеский флот, крейсировавший перед городом.

       Тот факт, что Орден иоаннитов также стремился обеспечить при помощи собственных кораблей свои контакты с Западной Европой, явствует из навигационного соглашения, заключенного обоими крупнейшими военно-монашескими Орденами с городом Марселем. По этому нотариально заверенному договору от 3 октября 1233 г., доныне хранящемуся на о. Мальта,  заключенному в Акконе в доме бальи, назначенного Императором Фридрихом II, Орденам тамплиеров и иоаннитов предоставлялось право дважды в год загружать и разгружать в Марселе по одному кораблю - один для так называемого летнего „пассажа“ (перевозки паломников в Святую Землю), другой - для зимнего „пассажа“ (вследствие осенних и зимних бурь навигация в осенне-зимний период прекращалась). Время перевозок строго регламентировалось. Согласно регламенту, каждому кораблю дозволялось брать на борт не более 1500 пилигримов, но число принятых на борт купцов ничем не ограничивалось. Если же Орденам, кроме разрешенных, требовались дополнительные транспортные корабли, это не возбранялось, но на борт дополнительных кораблей запрещалось брать паломников и купцов. Дело в том, что морские города Венеция, Генуя, Пиза, Амальфи, Бари, Mессина, Барселона и Марсель рассматривали перевозку пилигримов и товаров между Западной Европой и крестоносными государствами как свою привилегию. В любом случае, это было для них весьма прибыльным делом, поэтому они враждебно относились к любым попыткам вмешательства других партнеров, заинтересованных в морских перевозках. С другой стороны, оба духовно-рыцарских Ордена были заинтересованы в том, чтобы сохранять при перевозках постоянно требовавшихся им за морем людских и материальных пополнений полную самостоятельность, что приводило их к необходимости строительства своих собственных или аренды чужих кораблей. Из-за этого у Орденов постоянно возникали конфликты с городом Марселем, весьма заинтересованным в сохранении своей роли главной во всем франкоязычном регионе базы снабжения Орденов людскими и материальными ресурсами, поскольку как тамплиеры, так и иоанниты рекрутировались главным образом из числа обитателей франкоязычных областей Европы.