В 1489 г. папа Иннокентий VII повелел иоаннитам доставить принца Джема в Рим, намереваясь использовать его для планировавшегося Ватиканом нового Крестового похода, в качестве «законного наследника турецкого престола, которому «франкские» крестоносцы якобы обещали вернуть престол, «незаконно» отнятый у него Баязидом! В свое время подобная тактика помогла участникам IV Крестового похода, под предлогом восстановления законных прав византийского царевича Алексия, отстраненного от престола собственным дядей, завладеть Константинополем в 1204 г.  Но после неожиданной смерти Иннокентия VII новый папа, Александр VI Борджа, больше думавший о подчинении своей власти всей Италии, распорядился взять принца Джема под арест. Когда же папа Александр, честолюбивым планам которого не суждено было осуществиться, несмотря на все военные усилия и ухищрения его сына Цезаря Борджа, был побежден французским королем Карлом VIII, ограничившим светскую власть папы, принц Джем был доставлен ко двору короля Франции, намеревавшимся собственными силами претворить в жизнь идею прежнего папы о Крестовом походе на Константинополь под предлогом «восстановления Джема на прародительском престоле». Но этому плану так и не было суждено осуществиться. Турецкий принц внезапно скончался в военном лагере Карла Французского. Причина его смерти осталась неизвестной, хотя поговаривали об отравлении его, вследствие происков султана Баязида II, якобы уплатившего папе Александру Борджа – известному отравителю! - немалую сумму за ликвидацию Джема руками тайных папских агентов, каковых в стане французского короля было немало.

          Так или иначе, принц Джем отошел в мир иной, и у его брата-султана теперь были развязаны руки в отношении Родоса. Турки предприняли несколько нападений на острова Додеканесского архипелага и на сам остров Родос, избегая, впрочем, осады крепостей и ограничиваясь опустошением орденских угодий. Согласно поступавшим на Родос сведениям, Баязид II, следуя примеру своего отца, готовился нанести орденскому островному государству решительный удар.

           В 1503 г. скончался Великий Магистр рыцарей Родоса и победитель турок Пьер д’ Обюссон, за свои заслуги в борьбе с врагами христианства отмеченный папой титулом «Кардинала  и Легата Азии». Его преемником стал Эмери д’Амбуаз, отпрыск знатного французского рода.

           В то время, как орденские дипломаты прилагали все усилия к объединению сил государей Запада против общего врага – османов – корабли иоаннитов захватывали все новые мусульманские суда и регулярно наносили удары по вражескому побережью. Наиболее успешными оказались две операции иоаннитов, пришедшиеся на 1507  и на 1510 г.г. Первой из них был захват иоаннитами в 1507 г. крупнейшего корабля и гордости египетского флота – «Моргабины», имевшего на борту множество знатных пассажиров и дорогих товаров, вскоре после отплытия мамелюкского судна с Крита. Захватив «Моргабину», рыцари Родоса перестроили ее и переименовали в «Санта Марию». Она стала крупнейшим кораблем иоаннитских военно-морских сил, вошедшим в историю как «Большая Каракка». Второй операцией было неожиданное нападение двух орденских эскадр, одной из которых командовал Филипп Вилье де л’Иль-Адан, а другой – Андре д’ Амараль, на порт Александретту, где стояло несколько десятков египетских судов, груженых дровами. Иоанниты захватили 10 больших египетских торговых судов и 4 военные галеры и благополучно вернулись на Родос с захваченными кораблями, грузами и большим количеством пленных.

           В 1512 г. умер Эмери д’Амбуаз. Великим Магистром был избран Ги де Бланшфор. Впрочем, новый гроссмейстер, находившийся в момент своего избрания во французских владениях Ордена, умер по пути из Франции на Родос от неизвестной болезни, так и не вступив в должность. Вместо него был избран итальянец Фабрицио дель Каретто. В период его правления на Родосе турки стали сильны, как никогда. Их султаном стал Селим I, сын Баязида II. В 1514 г. Селим победил шаха Персии. В 1516 г. турки завладели всей Сирией, а в 1517 г. аннексировали Египет.

           Угроза Родосу все возрастала. Фабрицио дель Каретто форсировал фортификационные работы на острове. Одновременно он направил в Европу, в качестве своего полномочного дипломатического представителя, Филиппа Вилье де л’Иль-Адана. Несмотря на все настоятельные просьбы орденского дипломата о помощи, папа и доблестный французский «король-рыцарь» Франциск I, занятые борьбой с Императором Карлом V Габсбургом в Италии, смогли предоставить рыцарям Родоса лишь незначительную помощь людьми и военными материалами. Селим, наряду со своим султанским титулом, принявший духовный титул «Халифа Ислама» (духовного главы всех мусульман), в 1519 г. подчинил свой власти весь Аравийский полуостров. Казалось, что для Родоса настал последний час. Однако падишах Селим скончался в 1520 г. На престол в Стамбуле взошел его сын, Сулейман Великолепный, или Кануни (Законодатель). Через год умер и Фабрицио дель Каретто. Великим Магистром был избран Филипп Вилье де л’Иль-Адан.

          29 августа 1521 г. Сулейман овладел Белградом – «вратами в Среднюю Европу» - и обратил свои взоры на Родос, поскольку гарнизон и флот рыцарей Ордена Святого Иоанна преграждали туркам беспрепятственное морское сообщение с Сирией и Египтом. Сложившаяся к тому времени международная военно-политическая обстановка в Западной Европе была, как никогда, неблагоприятной для иоаннитов. Император Карл V Габсбург и Франциск I Французский намертво вцепились друг в друга в смертельной схватке, в которую были вовлечены и более мелкие властители европейских государств. Эта война не только делала невозможным присылку с Запада военной помощи на Родос, но и не позволяла большинству членов Ордена прибыть из Европы на остров, чтобы принять участие в его обороне. Венеция не желала портить сложившиеся у нее с турками мирные отношения, приносившие ей огромные доходы от торговли с Востоком.

           Тяжелая ситуация, в которой оказался Орден родосских рыцарей, разумеется, не была секретом для турок. Они решили воспользоваться представившейся им возможностью и напасть на Родос, коль скоро он оказался в одиночестве, лишенным всякой помощи со стороны. Сведения, поступавшие к Великому Магистру, были самыми  неутешительными. В конце 1521 г. Марко Минио, венецианский посланник при дворе падишаха в Константинополе, докладывал о крупномасштабных военных приготовлениях турок. На султанских верфях ремонтировались и строились новые военные корабли, нанимались матросы и солдаты. Согласно предположениям одних информаторов, турецкий флот должен был напасть на Кипр, согласно предположениям других – на о. Керкиру (Корфу), или даже на Италию. Мало кто говорил об опасности, могущей угрожать Родосу. Тем не менее, беспокойство иоаннитов все возрастало, и они принимали все новые меры к укреплению обороны острова. Родосцы углубляли рвы, наращивали крепостные стены и конкретизировали планы на случай осады, определяя пост на стене  для каждого бойца каждого орденского «языка». По мнению многих историков, главная крепость Родоса была на тот момент самой современной и неприступной из всех, существовавших на тот момента в Западном мире. Гарнизон острова состоял из 300 рыцарей Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, 7500 итальянских наемных воинов и моряков, критских лучников (известных своей меткостью еще с античных времен) и родосских ополченцев. Специальным комитетам при важнейших должностных лицах Ордена были поручены организация снабжения съестными припасами и военными материалами и надзор над соответствующими работами.

       26 июня 1522 г. на о. Родос высадилось турецкое войско. Верховным главнокомандующим турок был Мустафа Паша, зять султана и второй визирь. Его сопровождал и первый (Великий) Визирь, Пири Мехмет Паша. Под стенами г. Родоса снова засверкали турецкие бунчуки, увенчанные серебряными полумесяцами. Сухопутные силы турок состояли из 100 000 бойцов, включая 10 000 янычар и более 60 000 саперов, специально обученных искусству минных работ и разрушения фортификационных сооружений. На первом этапе осады Родос был блокирован с моря 280 турецкими кораблями разной величины. По мере продвижения турецких осадных работ, количество османских кораблей постепенно увеличилось до 400. Гарнизон г. Родоса состоял из 290 рыцарей Ордена Святого Иоанна и (по разным источникам) от 6000 до 7500 сержантов и наемных солдат. Сельское греческое население, для которого не нашлось место в орденских крепостях Линдос, Фараклос и Монолитос, с семьями и домашней скотиной укрылось за стенами Родоса. Во время осады крестьяне-греки привлекались иоаннитами к вспомогательным работам.