В то же время все солдаты «Священной Лиги» имели огнестрельное оружие, железные, а то и стальные, шлемы и латы. На большинстве турецких кораблей количество солдат не превышало 30-40 человек, в то время как на борту каждой христианской галеры находилось не менее полутора сотен солдат.

Тактическая обстановка развертывания для боя турецкого флота, находившегося на широком плесе, была выгоднее по сравнению с условиями развертывания флота «Священной Лиги», который вынужден был выходить по частям из узкого прохода.

Впереди христианского флота под защитой 8 галер сицилийского капитана Кардона шли на веслах 6 тяжелых галеасов, которые должны были открыть сражение огнем своих тяжелых орудий. План дона Хуана заключался в прорыве вражеской боевой линии. Поэтому он создал за галеасами сильный центр из 62 галер; кроме того, на небольшом удалении за центральной эскадрой шли на веслах 30 галер, образовавшие тактический резерв. Эскадры, образовывавшие правое и левое крыло христианского флота, состояли каждая из 50 с небольшим галер.

Заметив приближение флота союзников, мусульмане убрали паруса и на веслах начали выстраивать боевой порядок, состоявший из центра, двух крыльев и небольшого резерва (5 галер и 25 галиотов). Резерв располагался непосредственно за центром турецкого боевого порядка.

Наиболее слабым местом турецкой «линии баталии» оказалось правое крыло (53 галеры, 3 галиота) под командованием правителя Александрии Мехмета-Сирокко. Сильный турецкий центр (91 галера, 5 галиотов) возглавлял сам Муэдзин-Задэ-Али, а левое крыло (61 галера, 32 галиота) - алжирский дей (правитель) Улух-Али, с первых минут сражения попытавшийся охватить своими превосходящими силами правое крыло «Священной Лиги».

Боевой порядок христиан, как уже говорилось выше, по плану также состоял из центра (62 галеры) под командованием самого дона Хуана Австрийского, правого крыла (58 галер) во главе с генуэзским адмиралом Джан Дориа, левого крыла (53 галеры) во главе с венецианцем Барбариго и резерва (30 галер) во главе с испанским маркизом де Санта Крус.

Христианские галеасы, располагавшие, как мы уже говорили выше, мощнейшей по тем временам артиллерией — настоящие «плавучие артиллерийские батареи» — имевшие на борту большое количество вооруженных ручным огнестрельным оружием солдат, предполагалось выдвинуть вперед с задачей отразить беглым огнем первый натиск мусульманской армады, дезорганизовать турецкий боевой порядок и создать благоприятные условия для последующей атаки флота турок христианскими галерами.

Около 11 часов утра правое крыло христианского флота под командованием генуэзского адмирала Дориа, стремясь обойти фланг противника, ушло далеко вперед и оторвалось от центра, в то время как восемь галер сицилийского капитана Кардона, находившихся перед этим в разведке, слегка поотстали. Назревала опасность распыления сил. Обстановка осложнялась еще и тем, что левое крыло союзного флота только еще выходило из пролива, а резерв под командованием маркиза де Санта Крус сильно отстал от основных сил и подошел только к половине двенадцатого.

После общей молитвы дон Хуан Австрийский приказал расковать на союзных галерах всех гребцов-христиан («на галеры», как мы знаем, осуждали и преступников – единоверцев!) и вручить им оружие. Сам же он в это время на шлюпке, с поднятым крестом в одной руке и с обнаженной шпагой - в другой проходил вдоль линии кораблей «Священной Лиги», стремясь поднять моральный дух христианских команд обещанием отпущения грехов от имени римского Папы.

Главнокомандующего громкими кликами приветствовали христианские команды в составе 12 000 итальянцев, 5 000 испанцев, 3 000 немцев и 3 000 крестоносцев других национальностей. В те времена воины шли в бой, как на праздник. Можно представить себе, насколько величественным было зрелище ощетинившихся лесом копий боевых палуб сотен резных, ярко раскрашенных и раззолоченных плавучих крепостей, до блеска начищенных доспехов и оружия, вымпелов и парусов, испещренных радужным многоцветьем гербов и эмблем. На теплом южном ветру трепетали боевые стяги — алые с белым крестом Мальтийского Ордена, золотисто-багряные испанские, голубые венецианские с золотым крылатым львом Святого Марка, двуглавые имперские орлы Габсбургов, папские стяги с тиарой и ключами Святого Петра...

Христианские галеасы центра и левого крыла постепенно выходили вперед. Ветер стих, наступил штиль. Дон Хуан возвратился на флагманскую галеру и велел поднять сигнал «к бою». Сигналом для начала атаки христианского флота послужили воздвижение на носу флагманского корабля дона Хуана «Сфинкс» огромного распятия и орудийный выстрел. В ответ с магометанских кораблей донеслись удары в гонги, пение труб и обычные в подобных случаях у воинов ислама крики «Алла!» Турки и крестоносцы двинулись вперед навстречу друг другу.

Христианские галеасы первыми открыли огонь и вызвали сильное замешательство в центре турецкого боевого порядка. Али-паша на своем флагмане вырвался вперед, за ним устремились другие мусульманские галеры, а тяжелые турецкие галеасы отстали и не смогли принять участия во второй, решающей фазе сражения.

Почти последовательно возникли три основных очага борьбы. Боевая обстановка потребовала искусного маневрирования и взаимодействия всех частей боевых порядков.

По незнанию местности левое крыло христианского флота — здесь бились главным образом венецианцы — не придерживались к отмелям, чем и не преминули воспользоваться лучше ориентировавшиеся на местности галеры правого турецкого крыла, обошедшие корабли «Священной Лиги» вдоль берега и атаковавшие христиан с фланга и тыла. Ими было за короткое время уничтожено большое число венецианских галер.

Часть турецких галер прорвалась в промежуток между левым крылом и центром союзного флота. Мусульманские галеры окружили крыло под командованием венецианца Барбариго, сблизились с христианскими кораблями и начали абордажный бой, в ходе которого, однако, постепенно сказались преимущества воинов «Cвященной Лиги» в защитном вооружении и оружии, и, в частности, превосходство тяжелых европейских мушкетов над аркебузами и луками турок. Но лишь после того, как флагманскому кораблю венецианцев удалось, после жаркой схватки, сопровождавшейся переменным успехом, взять на абордаж корабль командира правого турецкого крыла, корабли утратившей руководство исламской эскадры вынуждены были с боем начать отход, огрызаясь изо всех своих орудий.

Лишь к половине первого уже стало совершенно явным сокрушительное поражение правого крыла магометанской армады. Хотя туркам первоначально и удалось окружить крыло Барбариго, это окружение им успеха не обеспечило.

В центре мусульмане сконцентрировали более мощные силы, и здесь битва носила особенно упорный характер. Там и на правом крыле ситуация для христиан первоначально складывалась крайне неблагоприятно. Турецкому адмиралу Улух-Али – любимому ученику знаменитого корсара Хайреддина Барбароссы – удалось искусным маневром прорвать боевой порядок нападающих христиан между центром и эскадрой правого крыла. Его последующий удар в тыл главных христианских сил вызвал среди них большое замешательство. И только молниеносно решение заместителя дона Хуана, вице-адмирала маркиза де Санта Крус, отразить прорвавшиеся в глубь боевых порядков христиан мусульманские корабли силами своей резервной эскадры, позволило предотвратить грозившую флоту «Священной Лиги» катастрофу.

Главными объектами в центре битвы являлись флагманские галеры дона Хуана Австрийского и Муэдзин-Задэ-Али. Сосредоточившиеся галеры обоих флотов составили поле боя, которым в конечном итоге овладели христиане. Али-паша был убит в сражении. Сам дон Хуан в рапорте своему сводному брату, королю Филиппу II Испанскому, о битве, писал: