После официального подписания акта о капитуляции и обмена визитами вежливости между Великим Магистром родосских рыцарей и султаном, 180 уцелевших после осады иоаннитов, в сопровождении 5000 жителей Родоса и греческого митрополита Клима погрузились на корабли «Санта Мария», «Санта Катарина» и «Сан Джованни», а также на 30 более мелких судов и 1 января 1523 г. отплыли на остров Кандию (Крит), принадлежавший в то время Венецианской республике.

              Все острова Додеканесского архипелага, не завоеванные к этому времени турками, сдались им один за другим.

              Это военное столкновение, ставшее сильнейшим испытанием боеспособности и силы духа христианских и мусульманских воинов, в общем, вылилось в кровавую мясорубку. Согласно сообщению оставшегося анонимным западного европейца, бывшего свидетелем осады, записанному 7 ноября 1522 г., турки потеряли до 50 000, а христиане – до 2000 человек убитыми.

               У этой истории был своеобразный эпилог. Турецкий наместник в Египте, Ахмет Паша, подавив восстание египтян, не смог удержаться от соблазна сделаться независимым правителем. Он составил заговор против султана Сулеймана. Эмиссары Ахмата Паши предложили папе и иоаннитам помощь в деле возвращения Ордену Родоса. Назначенный султаном турецкий губернатор Родоса, Ибрагим Ага, друг и союзник Ахмета Паши, присоединился к заговору и проявил готовность при определенных условиях сдать Родос иоаннитам. Родосские купцы также сообщали Великому Магистру иоаннитов о возможности без особого труда вновь завладеть Родосом. Орден тайно направил на Родос своего посланника Антонио Бозио, вступившего в секретные переговоры с православным Митрополитом Евфимием, представителями греческой знати и турецким губернатором Ибрагимом Агой. Император Карл V, папа, и король Англии Генрих VIII Тюдор также обещали Великому Магистру поддержку при отвоевании Родоса. Между тем в Египте был убит отложившийся от султана Ахмет Паша. Ибрагим Ага и родосские участники заговора стали также опасаться за собственную жизнь. Антонио Бозио еще несколько раз посещал с секретной миссией Родос, пока сторонники султана среди турок не раскрыли заговор. Они заменили охрану и арестовали Ибрагима Агу, Митрополита Евфимия и целый ряд других вовлеченных в заговор именитых мусульман и греков, казненных по повелению султана в 1529 г. Так иоанниты лишились последней надежды возвратить себе остров Родос.

            А Родос, на протяжении 213 лет остававшийся форпостом западной политики, стал частью исламского мира. Додеканесский архипелаг воссоединился с жизненно важной для него Малой Азией. Снова православная греко-византийская культура столкнулась чуждой и потому более-менее враждебной ей культурой. Впрочем, справедливости ради следует признать, что и западная культура, насаждавшаяся рыцарями Ордена Святого Иоанна на Родосе, также всегда воспринималась простым народом Родоса как чуждая и враждебная. Не следует забывать, что простые православные греки никогда не признавали ни попыток унии с римским католицизмом, ни западной идеологии. Даже в середине XV в., то есть в эпоху наибольшего взаимопроникновения двух основных культур родосских горожан, то и дело происходили волнения среди сельского греческого населения. Не случайно Дж. Бозио сообщал, что масса простого люда – в отличие от греков-горожан (cittadini di Rodi, de piu scelti e principali) почти не принимала участие в обороне Родоса в 1522 г. Простые сельские жители и «периэки» почти ничего не теряли от смены власти. Кроме непосредственной угрозы погибнуть в бою или быть проданными турками в рабство вместе со своими семьями в первые дни после завоевания Родоса, им, в сущности, ничего не угрожало.

             Бывшие рыцари Родоса переехали на о. Крит, а оттуда – в Италию. Там они еще некоторое время переезжали из города в город. После продолжительных споров о месте новой орденской резиденции, иоанниты решили испросить у Императора Карла V дозволения обосноваться на о. Мальта, что и было им дозволено в 1530 г. С тех пор иоанниты-госпитальеры стали именоваться также «рыцарями Мальты» или «мальтийскими рыцарями».            

В XVI в. турки-османы захватили большую часть Венгрии. Турецкий флот постоянно угрожал Италии. В 1570 г. турецкий падишах Селим II развязал войну с целью захвата острова Кипра, чтобы обеспечить, тем самым, полное господство Оттоманской Порты в восточной части Средиземноморья и исходный плацдарм для дальнейшей османской экспансии против Сицилии, Италии и Испании. Выполнению замысла турецкого султана способствовало непрекращающееся испано-венецианское соперничество в этой части Средиземного моря. Ситуация усугублялась полным отсутствием какого-либо единства христианских держав перед лицом турецкой угрозы.

В описываемое время король Испании и римско-германский Император Карл Габсбург боролся с протестантскими князьями своей же Империи, а король французский из ненависти к Габсбургам заключил пакт с турецким султаном. Англия и Голландия отпали от католической Церкви, причем голландские «морские гезы» даже сражались с испанским флотом под флагами с турецким полумесяцем и девизом «лучше турок, чем папа!».

С большим трудом Папе римскому Пию V наконец удалось организовать антитурецкую, в основном испано-венецианскую, коалицию под названием «Священной Лиги» (в которую вошли Испания, Венеция, духовно-рыцарский Орден Святого Иоанна Иерусалимского, Папский престол, герцогство Савойское, Парма, Неаполь и ряд мелких итальянских княжеств) c целью снарядить против турок крестовый поход и снять турецкую осаду с венецианской крепости на Кипре, Фамагусты. Однако, вследствие взаимных подозрений Испании и Венеции, подготовка нового  крестового похода против турок шла крайне медленно.

Пока христианские силы собирались в Мессине на о. Сицилии, Фамагуста пала. Турецкий адмирал (капудан-паша) Али Муэдзин-Задэ (Али-паша) опустошил венецианские владения в Ионическом и Эгейском морях, после чего продвинулся со своим флотом в Адриатику и был замечен в непосредственной близости от Венеции. Однако, получив известие, что в Мессине собирается объединенная христианская флотилия, которая могла отрезать его армаде пути отхода, Али-паша поспешно вернулся в Ионическое море. К началу сентября 1571 года близ Мессины собрались 200 галер, 6 галеасов и 100 транспортных кораблей с 13 000 матросов, 43 000 гребцов и 29 000 солдат абордажных команд на борту.

Задача последних заключалась в том, чтобы, в соответствии с тогдашней тактикой морского боя, после сближения противников борт в борт, зацепить абордажными крюками борт вражеского корабля, подтянуть его к своему кораблю, перебежать по абордажным мосткам или просто перепрыгнуть на борт мусульманского судна и уничтожить команду последнего в рукопашном бою обычным, то есть общеупотребительным в то время холодным оружием (шпагами, алебардами, копьями, ножами и кинжалами) или же специальным абордажным оружием (баграми, абордажными топорами на длинных топорищах и короткими, вроде кортиков, абордажными саблями).   

Главнокомандующим сильным (насчитывавшим около 300 кораблей) союзным флотом христианских держав был назначен знаменитый испанский полководец дон Хуан Австрийский, побочный сын повелителя «Cвященной Римской Империи германской нации» Карла V Габсбурга, и сводный брат короля испанского Филиппа II. Ему было вручено освященное римским Папой знамя предводителя Крестового похода. Дюжиной римских галер, предоставленных в распоряжение «Священной Лиги» Папским престолом, командовал ватиканский адмирал Марко Антонио ди Колонна.[14]

Непосредственным командиром испанского отряда союзного флота, состоявшего из 81 галеры и 12 парусных боевых кораблей, был назначен находившийся на жаловании испанского короля Филиппа II  генуэзец Джан Дориа. К нему присоединились 108 галер, упомянутые 6 галеасов и два парусных боевых корабля венецианских адмиралов Барбариго и Себастьяно Веньеро, три галеры «Державного Ордена рыцарей-госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты», три галеры герцога Савойского и бесчисленные мелкие и грузовые суда христианской армады. На их палубах, Кроме корабельных команд, они имели на борту солдат - 12 тысяч итальянцев, 5 000 испанцев, 3 000 немцев и 3 000 добровольцев других национальностей, в число которых входили, между прочим, братья Родриго и Мигель Сервантес де Сааведра и венецианский художник Вичентино, позднее запечатлевший на стенах Палаццо Дожей в Венеции эту самую кровопролитную битву в истории галерного флота[15].