Флаг орденских учреждений (например, Служб помощи Суверенного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты) представляет собой красное полотнище в белым восьмиконечным мальтийским крестом.

          Древки флагов Ордена и его учреждений, равно как и штандарта Великого Магистра увенчаны серебряным мальтийским крестом.

           Самая ранняя достоверная информация об уставной одежде (habitus) членов Ордена Святого Иоанна содержится в так называемых «Правилах Магистра Раймунда дю Пюи», записанных не позднее 1153 года. Эти правила, носящие чрезвычайно общий характер, предписывают госпитальерам носить простую одежду и помечать плащи знаком креста. Впервые о цвете предписанного им креста говорится лишь в булле папы римского Луция III, закрепляющей право ношения белого креста на одежде исключительно за членами Ордена странноприимцев-иоаннитов. Черный плащ с белым крестом, о геральдической форме которого, впрочем, ничего не говорится, как облачении членов Ордена иоаннитов, впервые упоминается в булле папы римского Александра IV 1259 года, в которой также содержится первое упоминание о специальном военном облачении для членов странноприимного Ордена.

          Согласно папской булле 1259 года, напоминавшая красное, с белым крестом, боевое знамя госпитальеров «воинское облачение», которое иоаннитам предписывалось носить во время сухопутных и морских походов (так называемых «караванов» или «корсо»), состояло из красного полукафтанья (сюрко) с нашитым на него таким же белым прямым («балочным») крестом, как и на красном орденском знамени (vexillum hospitalis). Это надевавшееся поверх кольчуги, единообразное для всех иоаннитов красное полукафтанье – первый сознательный шаг к введению военной формы – доходило первоначально до колен и даже ниже, но по мере развития средневекового защитного вооружения, от кольчуги к пластинчатым латам и кованым доспехам, постепенно укорачивалось. С наступлением Нового Времени это военное облачение постепенно трансформировалось в супервест (соправесте) – род короткой  куртки без рукавов и без пуговиц, носившийся поверх кафтана.

          В то время, как орденский плащ-мантия и военное облачение, предписанные Уставом иоаннитов начиная с 1278 года, с течением веков не подвергались принципиальным изменениям, остальные элементы одежды и обувь, естественно, изменялись с течением времени. На средневековых изображениях мы видим членов Ордена Святого Иоанна, как правило, в орденских плащах с капюшонами, или же в беретах и в длинных одеяниях типа монашеских ряс, поверх которых в некоторых случаях накидывался плащ. Однако, судя по многочисленным портретам, начиная с XVI века, иоанниты стали внешне все меньше походить на монахов. Мы видим их на картинах и гравюрах преимущественно в светском, подверженном всем веяниям тогдашней моды, платье. О принадлежности их к Ордену Святого Иоанна можно судить лишь по нашитому на груди белому мальтийскому кресту (ставшему к этому времени не просто восьмиугольным, но восьмиконечным, с ярко выраженными «ласточкиными хвостами» на концах). В эту же эпоху нередки изображения членов Ордена, особенно высокопоставленных, в роскошных парадных доспехах, с накладными или чеканными мальтийскими крестами на нагрудниках. С 60-гг. XVII века вошли в употребление и так называемые «манипулы» или «столы» («епитрахили»), именовавшиеся также «пассионариями» (длинные, украшенные дорогой золотой вышивкой шнуры с пятнадцатью шелковыми медальонами, расшитыми красочными изображениями символов Страстей Господних, изречений из Святого Писания и гербов Ордена Святого Иоанна), носившиеся с черным  иоаннитским орденским плащом (Mantо di Punta), постепенно превратившимся в парадное облачение, надевавшееся рыцарями Ордена по преимуществу, когда они ходили в церковь. «Обетные рыцари (рыцари-профессы)», то есть рыцари-монахи католического Мальтийского Ордена, еще и по сей день носят «пассионарий» (длиной более полутора метров) под черным орденским плащом вокруг шеи, а конец его перекидывают через левую руку. Мальтийский «пассионарий» изображен, в частности, на известном портрете «бриллиантового князя» Куракина в орденском облачении.

        В XVII веке среди членов Ордена вошло в моду ношение париков и широкополых шляп с плюмажами. В XVIII веке поля шляп стали загибаться, что превращало их в треуголки. Военной формой рыцарей Ордена стали красные, с черными обшлагами и отворотами, мундиры (весьма напоминавшие мундиры тогдашней английской армии), носившиеся, по моде того времени, поверх белых жилетов, с белыми лосинами, черными сапогами и черными шляпами, украшенными плюмажем, и белыми замшевыми перчатками с раструбами. От эпохи, когда во главе Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, в качестве его 72-го Великого Магистра, стоял Император и Самодержец Всероссийский Павел I (1798-1801 гг.), дошло немало портретов русских рыцарей Ордена в красных, с черной отделкой, мундирах с лацканами и эполетами на обоих плечах. Но мальтийский мундир стал одним из мундиров, допущенных к ношению в Российской империи, еще до избрания Императора Павла I Великим Магистром – 4 января 1797 года, когда в Санкт-Петербурге между ним, как Императором Всероссийским, и Орденом Святого Иоанна Иерусалимского - который именно с этих пор стал именоваться в  документах  Державным (Суверенным), чтобы «подтянуть» его статус к статусу Российского Императора, как равноправного партнера! – была заключена конвенция об установлении, на территории отошедших к России (в результате последнего «раздела Польши» в 1794 году) четырех командорств Мальтийского Ордена, Великого Приорства Российского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, и об учреждении в Российской империи, помимо этих прежних родовых мальтийских орденских командорств, дополнительно еще и новых командорств. Причем из статьи 32-й упомянутой Конвенции явствовало, что в Российской Империи был введен не «общемальтийский орденский» мундир (который могли носить лица, вступившие в Орден Святого Иоанна Иерусалимского еще до 1794 года – например, родовые командоры Ордена князь Людвик Радзивилл, графы Иосиф и Казимир Платтеры и Михаил Лопот, перешедшие в 1794 году в российское подданство), но особый мальтийский мундир для Великого приорства Российского: «…поелику все прочие Великие приорства, отличаясь орденскими цветами (черным, белым и красным – В.А.), имеют особенные мундиры, то Его Императорское Величество и Гроссмейстер назначат мундир и для Великого приорства Российского». По положению, «российский» мальтийский мундир мог носить любой командор или кавалер (рыцарь) Мальтийского Ордена. Командором в России именовался член Ордена, владевший орденским командорством. Еще при «установлении Державного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского в России» в ноябре 1798 года были, в дополнение к уже существовавшим на тот момент, командорствам, учреждены сначала десять, а затем еще  девяносто восемь командорств (с доходом от 1000 до 6000 рублей в год). Великий Магистр Император Павел самолично назначал командоров на эти командорства из числа наиболее приближенных к себе лиц, повелев впредь заполнять командорские вакансии исключительно из числа кавалеров (рыцарей Ордена) по старшинству. Кавалером Ордена Святого Иоанна Иерусалимского в России мог стать любой дворянин, чей род  был дворянским не менее 150 лет, чьи предки получили дворянство за военные заслуги, и уплативший в орденскую казну 1200 рублей. Причем, помимо подтверждения 150-летнего дворянства, дарованного предкам кандидата за военные  заслуги, было необходимо представить свидетельство от начальника по службе либо от 4 дворян, что соискатель «благородного поведения, беспорочных нравов и годен к военной службе». В случае, если кандидат еще не достиг совершеннолетия, он должен был уплатить за прием в члены Ордена вдвойне – 2400 рублей. Вступление в Державный Орден Святого Иоанна Иерусалимского при Великом магистре Павле I было чрезвычайно престижным, ибо приближало вступившего в Орден к его Августейшему Главе - самому Императору и Самодержцу Всероссийскому, который 16 декабря 1798 года не только принял на себя звание Великого Магистра Мальтийского Ордена, но и даровал «всякому дворянину, облеченному в кавалерские знаки и не имеющему никакого чина, преимущества, сопряженные со званием офицера» и повелел принимать такового в военную службу с чином прапорщика. К тому же любой дворянин мог учредить для себя и для своих потомков свое собственное командорство (так называемое «родовое командорство»), Условиями для учреждения родового командорства были разрешение Императора-Гроссмейстера, доказательства дворянства и вступительный взнос. Кроме того, предназначенное для учреждения родового командорства имение должно было приносить не менее 3000 рублей годового дохода, 10% которого должны были ежегодно переводиться в орденскую кассу. В случае смерти владельца родовое командорство переходило по наследству, а по пресечении рода учредителя переходило в другой род, оговоренный при учреждении. Если и этот род пресекался, то родовое командорство переходило в разряд обычных орденских командорств, и Великий Магистр назначал туда командора из числа мальтийских рыцарей по старшинству.