XVI и XVII века были отмечены двумя событиями, имевшими тяжелейшие последствия для всей, но в особенности для Центральной Европы - нашествия турок-османов и вызванная Реформацией волна религиозных войн, кульминацией которых явилась Тридцатилетняя война. К 1600 году из более чем двадцати бальяжей (провинций) Тевтонского ордена на территории «Священной Римской Империи германской нации» верность католической вере сохранили только семь: Бизен, Кобленц, Лотарингия, Эльзас, Франкония, Австрия и Ан-дер-Этч (Альдо-Адидже в Южном Тироле). Энергичному Верховному магистру эрцгерцогу Максимилиану Австрийскому удалось полностью реорганизовать эти семь бальяжей крайне ослабленного Тевтонского ордена. Был переработан устав, отныне гораздо большее внимание, чем прежде стало уделяться духовному окормлению паствы в орденских церковных приходах и всесторонней подготовке и обучению членов ордена. «Братья-рыцари» решали разнообразные задачи в ходе религиозных войн, а позднее - в ходе войн с турками. Правда, они все реже надевали орденское облачение, отличаясь от своих сослуживцев чаще всего лишь единственным знаком своей принадлежности к ордену - «тевтонским» лапчатым крестом на шее или крестообразной орденской звездой на груди. Комменды были реконструированы и превращены в мощные оборонительные комплексы, защищавшиеся рыцарями Ордена Пресвятой Девы Марии. В соответствии с переработанным уставом Тевтонского ордена 1606 года каждому «брату-рыцарю» ордена вменялось в обязанность не менее трех лет нести пограничную службу в орденских замках. На протяжении всего XVII и XVIII вв. значительная часть сил и средств Тевтонского ордена уходила на борьбу против турок в составе войск империи Габсбургов. Тевтонский орден ежегодно выставлял против турок воинские контингенты, численность которых колебалась от 500 до 1000 конных и пеших бойцов. В составе современной австрийской армии еще сегодня существует основанный в 1696 году 5-й венский пехотный полк «Гох-унд-Дейчмейстер» (Regiment Hoch-und-Deutschmeister), или просто «Дейчмейстер» (Regiment Deutschmeister), до самого падения монархии Габсбургов в 1918 года возглавлявшийся австрийскими принцами, носившими титул «Верховного и Германского магистра» Тевтонского ордена, офицерский состав которого столетиями комплектовался почти исключительно из тевтонских рыцарей. Даже полковая форма «дейчмейстеров» долгое время  была традиционных цветов Тевтонского ордена - белого с черным. Любопытный факт: после присоединения Австрии к гитлеровскому Третьему рейху в 1938 году и включения бывшей австрийской армии в состав германского вермахта именно в полку «Гох- унд Дейчмейстер» произошел бунт, вследствие чего он был расформирован и под его названием создан новый. Этот новый полк «Гох-унд Дейчмейстер», разросшийся до размеров дивизии, был почти целиком истреблен под Сталинградом, однако его остаткам удалось вырваться из котла и послужить основой для формирования новой дивизии вермахта, закончившей войну в Курляндском «котле» весной 1945 года. После Сталинграда погоны солдат, унтер-офицерского состава и офицеров этой дивизии украшала специальная эмблема в форме креста Верховного магистра Тевтонского ордена в сочетании с наложенным на крест орлом Третьего Рейха.. Войска вермахта, сражавшиеся в Курляндии, также получили в качестве знаков отличия нарукавные ленты с надписью «Kurland»(«Курляндия») и гербовым щитом Тевтонского ордена с черным крестом на белом поле. Благодаря подобным фактам атрибутика тевтонских рыцарей - безо всякой вины с их стороны! - стала ассоциироваться у малоинформированной публики с национал-социализмом.

         С окончанием войн против турок во второй половине XVIII века все большее значение в деятельности сохранившихся к тому времени рыцарских орденов стало играть решение чисто мирских задач. В Тевтонском ордене главный акцент также был перенесен на управление орденскими владениями, строительство новых замков, а по сути дела - пышных дворцов в стиле «барокко», отвечавших вкусам той блестящей эпохи сравнительно недолгого затишья перед новой бурей. Комтурии превратились в находившиеся под образцовым управлениям имения или, если позволено будет употребить выражение более поздней эпохи - «культурные хозяйства». «Братья-священники» духовно окормляли свою паству и рачительно управляли орденскими храмами и приходами. А вот с когда-то образцовой орденской дисциплиной дело обстояло все хуже - начиная с середины XVIII века участились случаи немыслимого прежде одновременного членства в Тевтонском и Мальтийском ордене (и даже в масонских ложах, хотя членство в последних многократно запрещалось папским престолам правоверным католикам под угрозой отлучения от Церкви).

          Эпоха наполеоновских войн привела к почти полному уничтожению Тевтонского ордена. Завоевав пол-Европы и ликвидировав после победы при Аустерлице в 1805 году «Священную Римскую Империю германской нации», Наполеон повсюду запретил духовно-рыцарские ордены, в том числе и Тевтонский орден, и передал конфискованные орденские владения под управление своих марионеток. С одной стороны это было концом существования Тевтонского ордена в его прежней форме. Эпоха его государственного суверенитета завершилась раз и навсегда.  Тевтонский орден сохранился, в виде мелких раздробленных владений, лишь на территории сильно урезанной монархии Габсбургов - Австрийской империи. Но в то же время французский завоеватель положил конец «эпохе троеверия» в истории Тевтонского ордена, силою вещей снова превратившегося в чисто католическую организацию (единственным исключением оказался маленький евангелический  Утрехтский бальяж  на территории Голландии, но и он не подчинялся  уже не магистру-католику, а голландскому королю-протестанту).

На протяжении нескольких десятилетий  Немецкий орден почти не пользовался влиянием и, самое главное, существовала большая неопределенность в отношении его правового статуса. Но самое главное - орденское братство сохранилось. После смерти правившего начиная с 1804 года Верховного магистра эрцгерцога Австрийского Антона Виктора в 1835 году не только был избран Гохмейстером избран его преемник, эрцгерцог Максимилиан Иосиф, но и произошла очередная реорганизация ордена, гланой идейной «движущей силой» которого стал «обновитель Тевтонского ордена» - католический священник брат Петер Риглер.  С 1809 года (и по сей день) резиденция ордена находится в столице Австрии - Вене. В 1836 году Тевтонский орден насчитывал в своих рядах всего лишь 6 «братьев-рыцарей» и 15 «братьев-священников». Наконец, в 1839 году император Австрийский Франц и его знаменитый государственный канцлер Меттерних создали для ордена новую правовую основу, орден принял новый устав и в течение последующих 90 лет официально именовался «Тевтонский (Немецкий) Рыцарский орден (Дейчер Риттерорден)», хотя сокращенно его нередко по-прежнему называли просто «Тевтонским орденом». Он превратился, по сути дела, в династический орден Габсбургов. Согласно новому уставу, орденские братья обязались избирать верховными магистрами только принцев Габсбургского дома. И действительно, с тех пор и до 1923 года Тевтонский рыцарский орден возглавляли эрцгерцоги Австрийские (принцы правящего Габсбургского императорского дома). С 1840 по 1894 гг. они носили титул «Гроссмейстеров» (Великих Магистров) - единственный короткий период за всю более чем 800-летнюю историю ордена, а с 1894 по 1923 гг. - снова «Гох-унд-Дейчмейстеров» (Верховных и германских магистров). Для рыцарей Тевтонского рыцарского ордена под эгидой династии Габсбургов была введена особая орденская форма, напоминавшая военную. Она состояла из белого мундира с глухим черным воротником и черными обшлагами, с нашитым на груди черным лапчатым  орденским крестом с серебряной каймой; белых брюк, заправленных в высокие черные лакированные сапоги с раструбами и с золотыми шпорами; надевавшегося поверх мундира белого плаща-пелерины с черным, окаймленным серебром, лапчатым орденским крестом на левом плече, скреплявшегося на груди золотой цепочкой; черной фетровой шляпы с черно-белой лентой и черно-белым плюмажем из страусовых перьев. На прошитом серебряной нитью черном поясе с серебряной пряжкой, украшенной тевтонским лапчатым крестом, висел меч с узким клинком, в черных кожаных ножнах, с черно-серебряным эфесом. Поверх мундира на черной шелковой ленте висел знак ордена - золотой, покрытый черной эмалью и окаймленный по краям серебром латинский лапчатый крест, увенчанный синим шлемом с золотой решеткой на забрале и пятью перьями - 3 черными и 2 белыми. Звезда Тевтонского ордена, носившаяся слева на груди, представляла собой черный лапчатый латинский крест с серебряной каймой.