В 1120/1121 г. Герард скончался. Его преемником стал Раймонд дю Пюи, первым из руководителей госпитальеров принявший титул Магистра (magister). Со временем Орден был преобразован в военную организацию по образцу западноевропейской феодальной системы, не отказываясь в то же время от своей изначальной, чисто благотворительной задачи. Благодаря щедрым пожертвованиям и земельным пожалованиям, Орден приобрел обширные владения и даже целые провинции, как на Западе, так и на Востоке. Совместно с Орденом тамплиеров рыцари Святого Иоанна стали важнейшими протагонистами идеи Священной войны во имя Веры. Они силой оружия боролись с враждебной мусульманской верой на восточных землях, отнятых магометанами у христиан. Этим объясняется готовность, с которой феодальная Европа оказывала рыцарям-монахам финансовую и военную поддержку. Рыцари Белого Креста (иоанниты), рыцари Красного Креста (тамплиеры-храмовники), рыцари Зеленого Креста (лазариты), рыцари Черного Креста (тевтоны) и другие были мечом в руках Запада, при помощи которого тот завоевывал себе на Востоке новые земли, позднее удерживал свои восточные владения, а еще позднее – защищал Европу от завоевания ее исламскими ордами. Орден Святого Иоанна владел многочисленными военными опорными пунктами (сегодня мы сказали бы – военными базами) в Сирии и Палестине, в Акре, Иерусалиме, Кесарии, Капернауме, Иерихоне, Аскалоне, Маргате и Краке.

        Несмотря на прилагаемые ими поистине титанические усилия, западным европейцам удалось продержаться на Ближнем и Среднем Востоке не более двух столетий. Столкнувшись с новым военно-религиозным подъемом среди арабов и тюрок, крестоносцы постепенно утратили все находившиеся в их руках городские центры и военные крепости. Рыцари-монахи участвовали в их обороне, отступая последними, как того требовала их миссия. За окончательным падением Иерусалима и Аскалона в 1247 г. последовала сдача знаменитой крепости Крак де Шевалье в 1271 г. и потеря Маргата в 1281 г. Последним оплотом франкского владычества в Палестине осталась Акра (Аккарон, Аккон или Птолемаида), попавшая в руки мусульман в 1291 г. после ожесточенного сопротивления. При штурме Акры были перебиты все тевтонские рыцари и рыцари Святого Лазаря и погиб Великий Магистр тамплиеров. Горстке уцелевших иоаннитов во главе со своим тяжело раненым Великим Магистром Жаном де Вилье удалось бежать на остров Кипр и обосноваться там близ Лимассола.

         Однако на Кипре иоанниты оказались в стесненных обстоятельствах, ибо были вынуждены признать себя подданными «франкского» короля «Кипра, Иерусалима и Армении» и лишились свободы действий. В 1306 г. «рыцарям Кипра» (как иоанниты стали называться после объединения с рыцарями другого военно-монашеского Ордена – Святого Самсона), однако, представилась возможность основать новую резиденцию своего Ордена в месте, которое в большей мере соответствовало их представлениям о независимом существовании, чем Кипрское королевство. Великий Магистр рыцарей Кипра, Фульк де Вилларе, вступил в переговоры с генуэзским феодалом Виньоло де Виньоли, формально являвшимся ленником византийского автократора на Додеканесе (а в действительности больше промышлявшим морским разбоем), с целью овладения о. Родос. Иоанниты планировали использовать Родос, расположенный недалеко от палестинского побережья, как базу для последующего возвращения Ордена в Иерусалим. Договор, заключенный между генуэзским корсаром и «рыцарями Кипра», предусматривал, что де Виньоли, после захвата Родоса госпитальерами, сохранит за собой одну треть территории острова, а к Ордену Святого Иоанна отойдут остальные две трети территории Родоса, остров Лерос и одна треть территории острова Кос.

       Заручившись поддержкой короля французского Филиппа Красивого, короля Английского, папы римского, короля неаполитанского Карла II и Генуэзской республики,            

Великий магистр Фульк де Вилларе 27 мая 1306 г. высадился с войском, состоявшим из 35 орденских рыцарей и 500 пеших воинов, на Родосе, имевшим две первоклассные гавани – Мандракий (Порто ди Мандраччо) - в северной части острова - и Порто Мерконтильо – в южной - и захватил две важнейшие в стратегическом отношении крепости острова – Фараклос и Филеримос. Иоаннитам пришлось преодолевать местами достаточно ожесточенное сопротивление сторонников Гавалы, навербовавшего в свои отряды греков, турок и сарацин. Завоевание острова завершилось в 1309 г. взятием города Родос. Мало помалу в руки иоаннитов попали и другие острова Додеканесского архипелага. С тех пор рыцари стали именоваться не только «госпитальерами» и «иоаннитами», но и «родосцами» («рыцарями Родоса», как до этого – «рыцарями Кипра»), а Великий Магистр их Ордена – Сувереном Родоса. Лишь три острова Додеканесского архипелага не вошли в число орденских владений. Это были острова Карпафос и Кассос, которыми владело семейство венецианских патрициев Корнаро, и остров Астипалея, находившееся во владении фамилии Квирини из Наксосского герцогства.

         В течение первого десятилетия после завоевания Родоса иоаннитами жизнь на острове была неспокойной. Не говоря уже о том, что приспособление к нравам и обычаям местного греческого населения оказалось для латинских рыцарей нелегким делом, положение дополнительно осложнялось постоянными морскими нападениями турок, сразу же осознавших, какими опасностями им грозит существование военного рыцарского Ордена, можно сказать, у них под самым боком. Однако, несмотря на прилагаемые турками огромные усилия, им так и не удалось захватить остров и выбить с него воинственных рыцарей-монахов. Но гораздо большим потрясением для Ордена, чем волнения родосских греков или турецкие нападения, стал мятеж рыцарей, взбунтовавшихся против своего же Великого Магистра Фулька де Вилларе, настроившего против себя членов Ордена своим образом жизни, подобавшим не монаху, а светскому государю, и своим деспотизмом (он пытался править самодержавно, не советуясь с Генеральным Капитулом Ордена). Мятежники объявили о смещении  Фулька де Вилларе, провозгласив вместо него Великим Магистром своего предводителя – Мориса де Паньяка. Фульку де Вилларе удалось избежать ареста. Он бежал из дворца и укрылся в крепости Линдос. Для прекращения внутриорденской распри потребовалось вмешательство папы. Оба Великих Магистра – как «законный», так и «незаконный» - были освобождены от занимаемой должности. Новым главой Ордена Святого Иоанна был в 1319 г. назначен Гелион де Вильнев.

         Наиболее характерной особенностью организационной структуры Ордена Святого Иоанна в период его пребывания на о. Родос было строго иерархическое разделение членов Ордена на классы, подвергавшееся постоянному и неусыпному контролю. Члены Ордена подразделялись на три класса: рыцарей, клириков и сержантов. Эта троичная структура соответствовала средневековой сословной структуре западноевропейского общества, подразделявшегося на дворянство, духовенство и простонародье. Скорее всего, корни этой классовой структуры восходят в XII в., когда Великий Магистр госпитальеров Раймонд дю Пюи начал преобразовывать прежний, чисто монашеский Орден странноприимцев в духовно-рыцарский военный Орден.

          Рыцари (milites, буквально «воины») должны были иметь благородное (дворянское) происхождение. Именно они были основными носителями власти в Ордене в описываемый период. Члены Ордена, относившиеся к другим классам, могли достигать высоких должностей лишь в исключительных случаях. Как правило же все важнейшие административные и военные должности – например, должности Великого Магистра, глав орденских «языков» («лангов» или «наций») или приоров, могли заниматься лишь рыцарями.               

          Клирики (сapellani) могли не иметь благородного происхождения, но их родители должны были обладать личной свободой (то есть не быть «рабами», или «крепостными»). Обязанности клириков ограничивались совершением церковных треб. Класс орденских клириков, в свою очередь, подразделялся на три ранга, или степени: простых клириков, капелланов (капелянов) и приоров (этих приоров не следует путать с приорами – главами орденских территориально-административных единиц - приорств, приорий или приоратов). Простые клирики прислуживали во время богослужения. В каждом командорстве (комменде) Ордена имелся свой капеллан. Немало капелланов постоянно пребывало в резиденции Орденского руководства в г. Родос. Другие капелланы сопровождали орденский флот или сухопутные войска Ордена в период военных действий. Достичь высшей духовной должности приора клирик мог достигнуть только в возрасте 26 лет, прослужив не менее года. Каждое духовное приорство (приорат, приория) имело своего собственного приора, которому подчинялись все капелланы соответствующего региона. Самой почетной должностью для членов Ордена этого класса являлась должность приора Церкви Святого Иоанна в Колахии. Приору этого храма подчинялись все капелланы острова Родос. Его ранг считался весьма высоким не только среди орденского духовенства, но и в рамках всей орденской иерархии.