Ответ поляков на царский манифест показал, что мятеж может быть усмирен только силой оружия. Центральный комитет издал два воззвания, из которых в одном отвергал царскую милость, а в другом требовал независимости Польши.

Дерзость поляков возросла в связи с тем, что они сознавали за собой поддержку извне. Англия и Франция, гордясь своей недавней Севастопольской победой, возвысили голос, грозно требуя автономии Польши.

5 (17) июня 1863 г. лондонское, парижское и венское правительства обратились с коллективным представлением Петербургу. Они выступили с предложением созыва для рассмотрения польского вопроса конференции европейских держав, подписавших заключительный акт Венского конгресса. Русское правительство отвергло этот проект, заявив, что польский вопрос является внутренним вопросом, касающимся только России, который она согласна обсуждать лишь с Австрией и Пруссией как странами — участницами разделов Польши⁶⁶.

Русское общество, глубоко возмущенное упорством и вызывающим тоном поляков, поддержало Александра И. На его имя был направлен целый ряд верноподданнических адресов, выражавших любовь к царю, преданность, доверие и готовность всем жертвовать для защиты Отечества.

Мощным выразителем общих чувств, поборником единения всех русских людей с верховной властью в общем отстаивании державных прав России, ее чести и достоинства, в русской печати явился издатель «Московских ведомостей» Михаил Никифорович Катков. В ряде статей он начертал ясную и последовательную программу действий по отношению к внешним и внутренним врагам России. Катков определил восстание как «ксёндзо-шляхетский мятеж», как интригу реакционной шляхты и католического духовенства. Он подчеркивал, что во главе восстания находились ксёндзы и пролетаризировавшиеся шляхтичи, за которыми шли лишь некоторые слои городского населения. В то же время он утверждал, что основная масса населения — крестьянство не шло за «мятежниками».

«О Каткове можно без преувеличения сказать, — писал один из его современников, — что он создал здоровое общественное мнение... «Московские ведомости» читались нарасхват»⁶⁷.

Аналогичную позицию заняла газета славянофилов «День», либеральный журнал «Отечественные записки» и другие издания.

Видя полную безрезультативность миролюбивых мер, Александр II решил подавить мятеж самыми строгими мерами. С этой целью он назначил в помощь великому князю графа генерала Ф. Ф. Берга на должность главнокомандующего войсками.

Генерал-губернатором Литвы и Белоруссии (Северо-Западного края) в мае 1863 г. был назначен М. Н. Муравьев, который крутыми и энергичными мерами скоро усмирил Северо-Западный край.

Как видно из отчета военного министерства за 1863 г., в Виленском военном округе в военных действиях участвовало (на август 1863 г.) 123 495 строевых нижних чинов, 122 орудия, 52,5 казачьих сотен; на 1 января 1864 г. — 144 786 нижних чинов, 146 орудий, 60 казачьих сотен⁶⁸.

В 1863 г. в Литве и Белоруссии произошло 237 сражений, или 23% всех столкновений повстанцев с войсками на территории, охваченной восстанием. Основные действия развернулись в апреле—августе. В апреле началось восстание в Минской, Витебской и Могилевской губерниях. За этот период произошло 170 (около 80%) военных столкновений⁶⁹.

В ряде сражений повстанческая армия была разбита. Был захвачен в плен и 15 (27) июня 1863 г. повешен в Вильно 3. Сераковский, погибли А. Потебня, К. Калиновский и другие польские, русские, литовские деятели восстания.

Керсновский отмечает, что польские эмигранты и русские революционеры кричали на всю Европу о «зверствах Муравьева». «Муравьев, — утверждает Керсновский, — казнил лишь террористов, захваченных на месте преступления, либо повстанцев, уличенных в зверстве над русскими ранеными (об этих зверствах поляки и герценовский «Колокол» тщательно умалчивали, хотя для Европы русская кровь никогда никакой ценности не представляла). Муравьевым в Вильне было казнено 40 человек, убивших вдесятеро больше людей, по большей части мирных жителей»⁷⁰.

«Белое» руководство (с мая 1863 г. ЦНК стал называться Жонд Народовы — национальное правительство) саботировало проведение аграрных декретов и план организации всеобщего народного ополчения, не создало единого военного руководства, порвало контакты с русскими революционерами, отвергало помощь революционеров ряда стран Европы и лишь рассчитывало на помощь со стороны правительств Англии и Франции, в действительности заинтересованных в том, чтобы польское восстание в максимально возможной степени нанесло ущерб России.

«Белые» рассматривали восстание лишь как вооруженную демонстрацию, ожидая иностранной интервенции. С осени 1863 г. «белые» начали отходить от восстания. 5 (17) сентября к руководству вновь пришли «красные». Попытки «Сентябрьского жонда» и сменившего его 5 (17) октября в качестве фактического диктатора генерала Ромуальда Траугутта (бывшего отставного царского подполковника) усилить восстание оказались безуспешными. Траугутт рассчитывал создать всеобщее ополчение и придать восстанию общенародный характер. Но силы были неравны. 29 марта (10 апреля) 1864 г. Траугутт был арестован и публично казнен 24 июля (5 августа) на гласисе варшавской цитадели⁷¹. Летом и осенью разгромлены повстанческие отряды.

Повстанцы в южных районах Польши и Литве еще продержались зиму 1863/64 г., но к маю 1864 г. восстание было подавлено. Лишь отдельные группы повстанцев продолжали борьбу до начала 1865 г.

Для локализации польского национально-освободительного движения Зимний дворец использовал не только военную силу. На Украине, в Литве и Белоруссии широко практиковались меры по ограничению польского помещичьего землевладения, увеличивались земельные наделы крестьян.

В 1864 г. была реализована подготовленная Н. А. Милютиным, Ю. Ф. Самариным, князем В. А. Черкасским крестьянская реформа в Царстве Польском. По подсчетам буржуазно-шляхетского экономиста В. Грабского, в результате этой реформы было создано 173 493 новых крестьянских усадьбы с 895 314 моргами земли. Общее же количество земли, перешедшей к крестьянам из казенных и помещичьих имений, составляло около двух миллионов моргов⁷².

Принятые меры вели к изоляции шляхетского повстанческого движения, лишали его массовой социальной опоры.

Польское восстание было поддержано революционными силами России в лице «Земли и воли», пытавшейся совместно с польскими революционерами организовать восстание в Поволжье и Приуралье — так называемый «Казанский заговор». Эта попытка была предпринята весной 1863 г. по соглашению между руководителями восстания в Польше и Литве и землевольцами.

Сторонники немедленного действия — польские революционеры, Комитет русских офицеров в Польше и часть московской организации «Земли и воли» — рассчитывали вовлечь крестьян в борьбу авторитетом царской власти. В марте 1863 г. были подготовлены подложный царский «Манифест» и прокламации «Временное народной правление», призывавшие к немедленному восстанию и созданию органов революционной власти на местах для передачи земли в руки крестьян, уничтожения рекрутских наборов и осуществления других революционных требований. В составлении воззвания или манифеста от имени государя принимал участие представитель «белых» И. Кеневич. Манифест был напечатан в количестве 10 тысяч экземпляров и доставлен в Петербург для развозки через эмиссаров⁷³. (Даже Герцен высказал отрицательное отношение к подложному манифесту.)

В марте 1863 г. офицер М. Черняк обсуждал с казанскими землевольцами план захвата Казани как центра восстания, но большинство казанцев его не поддержало. Казанские землевольцы отказались распространять подложный манифест, но они активно распространяли прокламацию, призывавшую к подготовке организованного восстания против царской власти. «Казанский заговор» не увенчался успехом и был разгромлен. Действия его участников остановлены многочисленными арестами. К следствию было привлечено 40 человек. И. В. Кеневич, офицеры Н. К. Иваницкий, А. Мрочек и Р. И. Станкевич (6 июня 1864 г.) и М. А. Черняк (11 октября 1865 г.) были расстреляны. 5 человек сосланы на каторгу.