Чезаре Борджиа говорил впоследствии Никколо Макиавелли, флорентийскому посланнику, жившему тогда в Риме, что он был готов ко всяким случайностям в момент смерти папы, но никогда не думал, что его собственная жизнь подвергнется опасности. Он рассчитывал, что выбор папы будет зависеть от него, потому что конклав должен был преимущественно состоять из испанцев, назначенных в кардиналы его отцом.
Во времена своего могущества Чезаре настолько ослабил влияние римской аристократии, что не считал её более опасной для себя. Все крепости в Риме и в окрестностях были заняты его солдатами; армия, с которой он боролся против Орсини, находилась у стен столицы. Но, с другой стороны, он не мог рассчитывать на помощь Франции и Италии, потому что незадолго перед тем разошёлся с обоими дворами. Однако, несмотря на это неблагоприятное обстоятельство и на болезнь, которая его удерживала в постели, он не потерял своего обычного самообладания.
В это время римский народ с шумными изъявлениями радости спешил в церковь св. Петра, чтобы видеть тело Александра VI и открыто выразить свою ненависть к умершему. Чезаре был невольным свидетелем этого, так как находился в Ватикане. Он немедленно вступил в переговоры с Колонна, возвратил им несколько городов и крепостей, отнятых у них папой, и этой мерой обеспечил себе с их стороны нейтралитет. Но он не имел достаточно войска, чтобы удержать в повиновении народ и помешать своим противникам вернуться в Рим. Вслед за Колонна явились в «вечный город» Орсини и не только заняли своё наследственное палаццо, но из мести покойному папе и его сыну отдали на разграбление дома и лавки испанцев и богатых купцов, пользовавшихся их покровительством.
На счастье Чезаре, жители мелких захваченных им княжеств не желали возвращения своих прежних повелителей, которые обременяли их тяжёлыми налогами и разоряли страну. Тем не менее новый властелин Романьи не мог вполне рассчитывать на их верность и решился искать поддержки у Франции или Испании, которые в это время находились между собой в вражде из-за Неаполя; но так как ему более чем кому-нибудь было известно блестящее состояние французской армии, то он остановился на мысли возобновить прежние дружеские отношения с Людовиком XII. Поэтому когда кардинал д’Амбуаз приехал в Рим с рекомендательными письмами от своего государя в надежде быть выбранным в папы, то Чезаре, чтобы заручиться расположением этого влиятельного человека, уверил его в успехе. Сверх того, он заключил формальный договор с французским королём, по которому обязался употребить всё своё влияние, чтобы содействовать его любимцу в достижении папского престола.
Между тем кардиналы, чтобы избежать вмешательства честолюбивого Чезаре Борджиа, поспешили с выбором нового папы. Армия герцога Валентинуа находилась недалеко от Ватикана, поэтому конклав собрался в церкви Santa Maria sopra Minevra, где был единогласно выбран в папы Франческо Пикколомини. Это был человек преклонных лет и крайне слабого здоровья, так что не могло быть никакого сомнения в том, что если ему отдано было предпочтение перед другими соискателями папского престола, то с единственной целью, чтобы выиграть время и принять меры против влияния Борджиа.
Пикколомини вступил на папский престол под именем Пия III, и с этого момента изменились все дипломатические отношения. Герцог Валентинуа потерял всякое значение для Франции, которая сосредоточила всё своё внимание на Неаполе.
Колонна примкнули к Испании, и только дружба кардинала д’Амбуаза с Чезаре Борджиа помешала Орсини предложить свои услуги Франции. Но тут, сверх всякого ожидания, благодаря вмешательству Венеции, давнишние смертельные враги Орсини и Колонна помирились друг с другом, чтобы общими силами бороться против ненавистного всем герцога Валентинуа.
Папа Пий III не обманул ожиданий избравших его кардиналов и умер два месяца спустя после своего вступления на папский престол. Смерть его произошла так внезапно, что её приписали яду.
Кардиналы и на этот раз приняли меры, чтобы оградить себя от каких-либо случайностей; и даже те из них, которые имели в виду своих кандидатов, решили примкнуть к большинству, но хотели только как можно дороже продать свои голоса. Кардинал д’Амбуаз, видя, что ему не получить папской тиары, употребил все усилия, чтобы выбор пал по крайней мере на того из кандидатов, который выказывал наибольшее сочувствие Франции. Это был кардинал Юлий Ровере, племянник папы Сикста IV.
Ещё при Карле VIII Юлий из мести своему личному врагу Александру VI всего больше способствовал вторжению французов в Италию; после же своего изгнания из Рима почти безвыездно жил при французском дворе. Он обладал огромным богатством и, получая значительные дохода, мог тратить их на усиление своей партии. Сверх того, он вообще пользовался хорошей репутацией в Риме. По странной случайности он был обязан этим своему врагу Александру VI, который не раз говорил о нём, что «кардинал Ровере при бесчисленных пороках имеет то достоинство, что на него можно вполне положиться».
Но кардинал д’Амбуаз не подозревал, что Юлий Ровере принадлежал к числу людей, которые умеют пользоваться обстоятельствами и не пренебрегают никакими средствами для достижения цели. Не далее как за два дня до своего избрания он заключил формальное условие с Чезаре Борджиа, по которому окончательно решено было предполагавшееся прежде обручение между племянником Ровере и дочерью герцога Валентинуа. Таким образом, в первый же день собрания конклава все голоса были в пользу кардинала де Ровере и дальнейшие формальности оказались лишними. Новый папа вступил на престол под именем Юлия II.
Это был могущественный, богато одарённый человек, который чувствовал себя в своей сфере среди выдающихся умов. Рим преимущественно ему обязан эпохой небывалого художественного творчества; с его именем навсегда связаны имена Микеланджело и Рафаэля Санти. История искусства особенно чтит его память, так как при нём созданы были многие грандиозные произведения, уцелевшие до нашего времени.
Другая судьба постигла его предшественника. Имя Родриго Борджиа покрыто таким позором, что из-за этого были преданы забвению его позднейшие заслуги, несмотря на очевидное желание напомнить о них потомству хвастливыми надписями, которыми были испещрены стены зала Борджиа. Вскоре после смерти Александра надписи эти были закрашены по приказанию папы Юлия II и их заменили впоследствии мастерские произведения Рафаэля, которые до сих пор приводят в восторг ценителей искусства.
Уже во времена Александра VI заметна усиленная деятельность в области зодчества, которая принесла богатые плоды при Юлии II. Знаменитый Браманте из Урбино приобрёл известность ещё при жизни Борджиа, и такие архитектурные произведения, как палаццо Риарио, получившее впоследствии название «Cancelleria», носят, несомненно, характер чистейшего стиля Возрождения. Любопытно, что для украшения новой церкви Santa Maria maggiore послужило первое золото, привезённое из Америки. Колумб относился с большим уважением к церкви и перед смертью завещал своей родине, республике Генуе, молитвенник, некогда подаренный ему папой Александром VI, который доставлял ему величайшее утешение в темнице, при борьбе с врагами и различных невзгодах.
Постоянная боязнь Чезаре потерять всякое значение со смертью отца осуществилась вполне. Папа Юлий II сделал попытку употребить его в своих целях, но Чезаре обманул его доверие; открыты были разные злоупотребления, вследствие которых он был заперт в той самой башне, где по его приказанию столько несчастных было подвергнуто пыткам и убито. Но он был вскоре выпущен из заключения, являлся после этого в качестве кондотьера то в Италии, то в Испании и наконец погиб в одном походе, в котором сопровождал своего зятя, короля Наваррского.
Что же касается сестры Чезаре, Лукреции, то после своего второго замужества она безвыездно жила в Ферраре. Подданные любили и уважали её как за её кроткий характер, так и за покровительство, которое она оказывала художникам и учёным. Само собой разумеется, что ей, более чем кому-нибудь, было желательно, чтобы мало-помалу забыли о её происхождении. Но если, с одной стороны, положение супруги владетельного герцога ограждало её от личных оскорблений, то, с другой, ещё при жизни её многие, по странному недоразумению, приписывали ей пороки и преступления, опозорившие имена Александра VI и его сына. Но тем более заслуживает внимания тот факт, что женщина, известная в истории Реформации своей дружбой с Кальвином, а именно принцесса Рената Французская, дочь Людовика XII, решилась выйти замуж за внука бесславного папы Александра VI, сына Лукреции Борджиа и герцога Феррарского.