В 1641 году служилые люди возвели Верхоленский острог, откуда русские двинулись на Байкал и в Забайкалье.

Дмитрий Копылов и Иван Москвитин с казаками прошли из Якутска на реку Алдан. Москвитин дошел в 1640 году до устья реки Охоты, затем спустился к югу и оказался в устье Амура.

В 1643 году в Приамурье был направлен сын боярский Василий Поярков с большим отрядом казаков и «промышленников». Отряд прошел с верховьев Лены на Амур и по Амуру спустился в Охотское море. То была последняя крупная экспедиция на Дальнем Востоке, снаряженная при жизни царя Михаила.

Страна была разорена, ее армия сократилась. Власти избегали посылать крупные силы за Урал. В острогах размещались гарнизоны, насчитывавшие несколько десятков человек. В Сибири пашенное земледелие было неразвито, и хлебные запасы для воинских людей доставлялись из России. Лишь часть русского населения в Тобольске и Томске смогла завести небольшую запашку. При полном бездорожье и тысячеверстных расстояниях наладить регулярное снабжение продовольствием дальних гарнизонов было чрезвычайно трудно. Доставка грузов с Урала на побережье Тихого океана отнимала до трех-четырех лет.

Власти пытались преодолеть трудности, переселяя в Сибирь русских крестьян и предоставляя им ссуды и подмогу. В конце царствования Михаила в Тобольском уезде и сопредельной Тюмени и на Туре жило 500 крестьянских семей. Очаги земледелия возникли и в других местах.

Уже в XVII веке московские власти предприняли первые попытки использовать природные богатства Сибири. Началась разработка железорудных месторождений на Нице и соляных месторождений в Якутии. В некоторых местах власти приступили к строительству дорог.

Местные племена были обложены данью — ясаком, который состоял из соболиных, лисьих, беличьих шкурок. Со временем ясак стали определять «денежной ценой». Но взыскать деньги с сибирских племен не было никакой возможности.

Русская администрация, как правило, сохраняла «волости», существовавшие у племен издревле, и нередко оставляла во главе их прежних «князьцов». Это облегчало описание «землицы» и сбор ясака.

Дань назначали, не слишком сообразуясь с платежеспособностью населения. Поэтому уже при царе Михаиле образовались большие недоимки. Чтобы обеспечить поступление пушнины в казну, воеводы захватывали аманатов — заложников. Спасаясь от поборов, ясачные люди разбегались либо переносили свои стойбища в отдаленные места.

Царь Михаил и московские власти пытались бороться с вопиющими злоупотреблениями местной сибирской администрации. «Служилым людям, — значилось в царской грамоте, — приказывать накрепко, чтобы они, ходя за ясаком, ясачным людям напрасных обид и налогов отнюдь никому не чинили, сбирали бы с них государев ясак ласкою и приветом, а не жесточью и не правежом, чтоб с них сбирать государев ясак с прибылью, брать с них ясак, сколько будет можно, по одному разу в год, а по два и по три ясака на один год не брать. Которые новых землиц люди станут непослушны, таких прежде уговаривать ласкою, а если никакими мерами уговорить будет нельзя, то смирить их войною, небольшим разорением, чтоб их смирить слегка».

Московиты получали драгоценную пушнину от местного населения — первобытных охотников и звероловов. В их руках был ключ к пушным богатствам края. Сокращение численности коренного населения грозило казне огромными убытками. Собольи меха пользовались большим спросом на западных рынках.

Со времен Годунова московская администрация не раз выражала тревогу по поводу бедствий малых народностей Сибири. Михаил Романов шел по их стопам. Он воспрещал покупать и продавать туземцев или насильно крестить их: «Воеводам, дьякам, подьячим и служилым людям никаких иноземцев, жен и детей их во двор к себе не брать, засылками ни у кого не покупать и не крестить, в Москву с собою не вывозить и ни с кем не высылать, чтоб Сибирская земля пространилась, а не пустела. Если же кто из ясачных людей захочет по своей воле креститься, таких людей крестить, обыскавши допряма, что добровольно хотят креститься. Окрестя, устраивать их в государеву службу, верстать денежным и хлебным жалованием».

Служилое сословие Сибири предполагалось пополнять не только за счет прибывших из Москвы людей, но и за счет «князьцов» и воинов из местного населения.

В 1621 году прислан был в Тобольск архиерей и основана Сибирская епархия. Ее возглавил епископ Киприан, поставленный из игуменов новгородского Хутынского монастыря. При нем положено было начало сибирскому летописанию.

По Разрядам в 1642–1643 годах царские воеводы со значительными силами стояли, кроме Тобольска, «в Томи стольник князь Семен Клубков-Мосальский», «на Таре стольник Василий Чеглоков», «на Лене стольник Петр Головин». Дворяне несли службу в Тюмени, на Пелыме, в Березове, на Верхотурье, в Сургуте, на Мангазее, в Енисее, в Нарыме, в Кети, в Кузнецке и других местах.

При царе Михаиле в 1637 году в Москве был образован для управления азиатскими владениями царя Сибирский приказ. Наряду с Тобольским Разрядом сложился Томский Разряд (1629 г.), позже — Енисейский и Якутский. По смете, на конец XVII века население всех сибирских городов не превышало двенадцати тысяч человек. Большую часть среди них составляли русские служилые люди.

Из отдаленных сибирских мест в Москву приходили «сказки» с описанием вновь открытых земель. С купцами эти сведения расходились по всей Западной Европе. Открытия русских землепроходцев значительно расширили географические представления европейцев.

В царствование Михаила Романова произошло неслыханное расширение территории Российского государства на восток. В Азии владения царя простирались на 8500 километров от Урала до берегов Тихого океана. Эти владения многократно превосходили европейскую часть России и всю Европу в целом.

Царская семья откладывала многие важные дела до возвращения Филарета, даже если эти дела были неотложными. Одним из них было устройство семейной жизни Михаила.

По обыкновению, решение о браке принимали высшее духовенство и Боярская дума. Митрополит Макарий предложил женить царя Ивана IV, когда тому было 16 лет, а дума одобрила его предложение. Наследнику Ивана царевичу Ивану невесту Посватали в семнадцать лет.

Царь Михаил достиг брачного возраста уже в год избрания на трон. Положение династии могло упрочить лишь рождение наследника. Однако прошло более трех лет, прежде чем старица Марфа взялась за устройство семейной жизни сына.

Первой заботой матери был выбор невесты, которая не привела бы во дворец влиятельную родню. Как всегда, Марфа полагалась только на свой опыт. Она могла бы сосватать сыну самую знатную в России невесту, но предпочла рядовую дворянку Марию Хлопову. Невеста принадлежала к тому же кругу неродословных детей боярских. Хлоповы служили в Государевом дворе и в большом числе сидели на поместьях в Коломне.

Семья Марии Ивановны Хлоповой доказала свою преданность Романовым в то время, когда Марфа и ее сын находились в ссылке в своей вотчине в Клину в Юрьеве-Польском.

По матери Мария происходила из рода Желябужских. В 1608 году один из Желябужских лишился чина думного дьяка и отправился в Сибирь. Другой Желябужский был обезглавлен по обвинению в измене и заговоре. Вдохновителем заговора считали Филарета и его родню.

В 1616 году Марфа взяла Марию Хлопову к себе на житье, в Вознесенский монастырь. Вскоре ее нарекли царской невестой и по этому случаю сменили ее имя Мария на имя Анастасия, в честь жены Грозного Анастасии Романовой.

Не мешкая родне невесты поведено было служить при государе и «быть при нем близко». Введение рядовых дворян в Ближнюю думу государя предвещало скорое пожалование им думных чинов и чревато было важными переменами в правительстве.

Во дворце готовились к свадьбе. Как вдруг братья Салтыковы уведомили Марфу, будто Хлоповы совершили измену — скрыли от «великой государыни», что девица Хлопова больна неизлечимым недугом. Старица Марфа поверила племянникам и распорядилась отнять у девицы ее новое имя и сан царской невесты и отправить всю семейку в ссылку в Сибирь.