Самодержавная система пришла в упадок. Когда в стране вспыхнула гражданская война, рядом с законным царем и старой столицей появились «воровские» — Путивль у Лжедмитрия I и Тушино у Лжедмитрия II. Избрание на трон царя Владислава усугубило кризис. Против него восстало население Москвы.

В земском лагере соборная практика достигла высшего расцвета в 1611 году, когда Боярская дума была практически исключена из состава Земского собора. На соборе преобладали представители полков и выборные от городов и уездов. Зловещим двойником «Совета всея земли» стал казачий круг.

Земский собор избрал династию Романовых вопреки воле Семибоярщины, под давлением казачьего круга. Слабость династии была очевидна. Но народ видел в Михаиле символ единства государства, завоеванного ценой огромных жертв.

В период ополчений представители всех русских сословий стали реально участвовать в управлении освобожденными территориями. Вершиной земской практики явилось соборное постановление 30 июня 1611 года, ставшее своего рода земской конституцией.

Попытка земских властей отстранить руководство Боярской думы от участия в царском избрании не удалась. Михаил утвердился на троне уже после того, как дума вернула себе роль верхней палаты, после чего собор приобрел традиционную структуру. Компетенция низших курий собора резко сузилась. Выборные всей земли отступили в тень. Важнейшие вопросы государственной жизни вновь решали бояре и дума.

В 1618 году царь с совета думы и Священного собора принял важнейшее решение отменить сроком на два года всякие местнические счеты и тяжбы. К обсуждению приговора были привлечены не все соборные чины, а лишь московские и городовые служилые люди.

В первое десятилетие царствования Михаила Романова соборы не прерывали своей деятельности. Россия продолжала вести непосильную войну, и соборные чины должны были помочь казне изыскать необходимые средства, а также способствовать водворению порядка в государстве.

В годы Смуты соборы приобрели значительный моральный и политический авторитет, а потому их поддержка имела для неокрепшей династии неоценимое значение.

В мае 1613 года собор приговорил послать сборщиков «во все городы» для сбора денег и всяких припасов. Грамоты от имени царя и собора предписывали торговым людям заплатить сполна денежную подать за текущий год и за прошлые годы. Царь просил «помочь, не огорчаясь» — дать взаймы на содержание ратных людей денег, сукон, хлеба, рыбы, соли и всяких товаров.

Особые надежды власти возлагали на торговых людей Строгановых. Торговля солью приносила больший доход, чем виноторговля. Строгановы составили огромное состояние, производя соль и торгуя по всей стране. Во время Смуты солепромышленники несли большие расходы при каждом новом перевороте. Обращение к ним за денежными займами стало традицией. По призыву Минина они дали крупную сумму на Второе земское ополчение. Собор испросил новый заем для царя Михаила. Казна Строгановых истощилась, и власти советовали им продать часть усолий (соляных колодцев), чтобы раздобыть деньги для выбранного царя: «хотя теперь и промыслов убавьте, а ратным людям жалованье дайте, сколько можете». Если торговые люди себя пожалеют, не соберут деньги на жалованье служилым людям, писали соборные чины, государство дойдет до «конечного разорения», а купцы «именья своего всего отбудут» (лишатся).

Земский собор постановил собрать по всему государству пятину на жалованье служилым людям. Пятина носила вид принудительного займа. Власти обещали заемщикам вернуть деньги или зачесть в счет будущих платежей. Как только положение правительства упрочилось, оно ввело побор в виде обязательных платежей хлебом и деньгами на содержание рати. Со временем пятинный сбор из займа превратился в налог. Пятую деньгу собирали с торговых людей, включая тех, кто «сверх своих пашен торгует». Затем пятинные деньги превратились в обычный налог, исчислявшийся по разверстке. Власти определяли нужную сумму и раскладывали ее по городам.

Дьяк Григорий Котошихин красочно описал думу первых Романовых. Будучи приглашены на заседание, думные люди «садятся по чинам, от царя поодаль, на лавках: бояре под боярами, кто кого породою ниже, а не тем, кто выше и преж в чину. думные дворяне потому ж, по породе своей, а не по службе».

Распределение мест в думе, сохраненное Романовыми, всецело определялось вековой местнической практикой. Но аристократия после всех потрясений опричнины и Смуты начала утрачивать былое могущество, а вместе с тем и свое влияние в думе.

Когда царь предлагает думе «мыслити», как поступить, «и кто ис тех бояр поболши и разумнее, или кто и из менших, и они мысль свою к способу объявливают». Меньшие думные люди, сидевшие поодаль от государя, имели возможность высказать мнение независимо от занимаемого места.

Некоторые из великородных бояр, как заметил очевидец, молчат на заседании думы: «а иные бояре, брады свои уставя, ничего не отвещают, потому что царь жалует многих в бояре не по разуму их, но по великой породе, и многие из них грамоте не ученые и не студерованые». Боярская дума сохраняла характер представительного органа аристократии. Тем не менее бояре великой породы все чаще довольствовались сугубо почетной ролью, уступая реальную власть тем, кто преуспел по службе, — служилой знати. Кроме великородных лиц, уставивших брады, подчеркивает Котошихин, «сыщется и окроме их кому быти на ответы разумному из больших и из меньших статей бояр».

Слова очевидца клонились скорее к похвале думе, чем к ее поношению. Невзирая на местнические препоны, дела в думе, по утверждению современника, решали более образованные («студерованые») и опытные люди.

Знаток московских порядков Котошихин отметил, что царь Михаил, «хотя «самодержцем» писался, однако без боярского совету не мог делати ничего».

Как и прежде, рядом с Боярской думой существовала Ближняя дума, которая образовала свою иерархию власти. В Ближнюю думу входили в первую очередь ближайшие родственники юного государя. Действиями молодого царя, как отметили современники, твердо руководила его мать, которая «поддерживала царство со своим родом». Полагают, что Марфа «правила только дворцом и поддерживала не царство, а свой род» (С. Ф. Платонов). Это не совсем точно. На Руси боярыни редко вмешивались в государственные дела. Но мать царя была исключением.

Осведомленный современник Исаак Масса утверждал, что Ксения Шестова играла выдающуюся роль в сугубо политическом заговоре против Годунова. Мера ее наказания подтверждает это известие. Ксения-Марфа была единственной из опальных боярынь, которая разделила участь мужа и была насильственно пострижена в монахини.

Властная Марфа шла по стопам Ирины Годуновой, которая после пострижения некоторое время правила царством из Новодевичьего монастыря. Марфе Романовой незачем было бежать из Кремля. Она осталась в кремлевском девичьем Вознесенском монастыре и приняла сан игуменьи обители. Из Кремля ей легче было управлять поведением сына.

Конечно, Ирина Годунова была женой царя, а Марфа покинула мир, будучи женой боярина. По этой причине Романова не могла наподобие Елены Глинской или Ирины Годуновой писать указы, решать местнические тяжбы. И все же влияние старицы на дела управления, особенно на первых порах, было значительным.

Летом 1614 года в плен к шведам попали дворяне Чепчугов, Пушкин и Дуров. Они дали важные показания о положении дел в России. Власть в Москве, отметили они, фактически сосредоточена в руках Бориса Салтыкова «не по его званию, но потому что он родственник старой монахини, матери теперешнего великого князя, и она ему предоставляет это». Боярская дума постоянно заседает в Кремле, но бояре ничего не обсуждают и не решают без согласия Салтыкова.

Показания Чепчугова дают основание заключить, что вплоть до лета 1614 года властная инокиня-царица Марфа сохраняла известное влияние на дела государства. Удалившись в девичий Вознесенский монастырь в Кремле, она заняла хоромы, отстроенные Лжедмитрием I для своей мнимой матери старицы Марфы Нагой. Романова обставила свое жилище с царской роскошью и великолепием. Она жила в обители так же, как до нее жила вдова Грозного, что подчеркивало ее особое положение в государстве.