В конце января 1598 года литовцы дознались, что из четырех претендентов «больше всего сторонников» у Федора Романова «как родственника великого князя». В начале февраля лазутчики в донесениях из России подтвердили, что в Москве действительно думают скоро избрать великого князя, но ни на кого не указывают, только на князя Федора Романовича: все воеводы и думные бояре согласны избрать его.
Несколько меньшими шансами обладал глава Боярской думы князь Федор Мстиславский, хотя в его жилах текла кровь литовских великих князей и он был праправнуком Ивана III.
На корону претендовал Борис Годунов, но за него стояли «меньшие бояре» (дети боярские), стрельцы и чернь. Однако народ — «чернь» не имел права голоса в царском избрании.
Наиболее достоверные источники повествуют, что патриарх напоминал Федору о необходимости назвать имя преемника. Царь, по обыкновению, отмалчивался и ссылался на волю Божью. Будущее жены его тревожило больше, чем будущее трона. По словам очевидцев, Федор наказал Ирине «принять иноческий образ» и закончить жизнь в монастыре.
Борис отказался исполнить волю царя относительно пострижения вдовы-царицы и пытался закрепить за ней трон. Тотчас после кончины мужа Ирина издала закон о всеобщей и полной амнистии, повелев без промедления выпустить из тюрем всех опальных изменников, татей (воров), разбойников и прочих сидельцев.
Однако дума очень скоро положила конец правлению царицы Ирины. Исполняя волю покойного государя, Ирина Годунова приняла пострижение и удалилась в Новодевичий монастырь.
Романовы считали свои позиции прочными и не побоялись первыми выступить с нападками на правителя.
Толки о том, что все бояре согласны избрать Федора Романова, соответствовали действительности лишь отчасти. Бояре использовали выступления Романова против Годунова, чтобы положить конец правлению Годунова.
В первые же дни после кончины Федора Борис пытался добиться от бояр и чинов присяги на имя вдовы, царицы Ирины, а также свое и своих потомков. Противодействие Романовых и других бояр, противников правителя, обрекло присягу на неудачу.
Борьба за власть расколола Боярскую думу. В столице и по всей стране распространились фантастические слухи, будто Борис велел отравить царя Федора. Вскоре молва воскресила тень царевича Дмитрия.
В Смоленске одни толковали, будто Дмитрий жив и прислал им письмо, другие — будто Борис велел убить Дмитрия, а потом стал держать при себе его двойника с таким расчетом: если самому не удастся овладеть троном, он выдвинет лжецаревича, чтобы забрать корону его руками. Небылицы сочиняли враги Годунова. Они старательно чернили нового царя, а его противников, бояр Романовых, превозносили. Передавали, что старший из братьев Романовых открыто обвинил Бориса в убийстве двух сыновей Грозного — Дмитрия и Федора. Потом Романов якобы бросился на Бориса с ножом, пытаясь собственноручно покарать злодея.
Борис стал жертвой клеветы. Опасаясь за свою жизнь, он перестал ездить в Боярскую думу и укрылся сначала на своем подворье, а затем в стенах хорошо укрепленного Новодевичьего монастыря.
Романовы и стоявшая за их спиной дума нанесли правителю поражение. Но торжество бояр было преждевременным.
Боярская дума была высшим государственным органом России, и только этот орган мог решить вопрос о престолонаследии. Но в думе царил раздор. Поражение Бориса избавило великородных бояр от страха, и многие из них заявили претензии на корону. Спорам не было конца. В результате бояре пришли к компромиссному решению. 17 февраля 1598 года лучший оратор думы дьяк Щелкалов вышел на Красное крыльцо и от имени бояр предложил народу принести присягу на имя думы. Попытка ввести в стране боярское правление, однако, не встретила поддержки в столице. Народ выразил решительное несогласие с боярским приговором.
Отъезд Годунова из Кремля явился свидетельством его полного поражения. Многие ожидали немедленной отставки Бориса с поста правителя. Но помимо думы, были другие силы, которые могли решающим образом повлиять на исход царских выборов.
На стороне Бориса выступил глава церкви патриарх Иов. В день 17 февраля он созвал на своем подворье соборное совещание, принявшее решение об избрании на трон Бориса. На совете присутствовали бояре Годуновы, их родня Сабуровы и Вельяминовы, некоторые младшие чины думы. Противники правителя на собор приглашены не были.
Собор, созванный главой церкви вопреки воле думы, был неправомочен. Но раскол в верхах привел к тому, что вопрос о престолонаследии был перенесен из думных и патриарших палат на площадь. Противоборствующие партии пускали в ход всевозможные средства — от агитации до подкупа, стараясь заручиться поддержкой столичного населения.
20—21 февраля патриарху удалось организовать шествия в Новодевичий монастырь. Борис долго отказывался от короны, но затем, расчетливо выждав момент, объявил о своем согласии занять трон. Не теряя времени, патриарх повел правителя в ближайший монастырский собор и нарек его на царство.
30 апреля 1598 года Годунов окончательно вернулся в столицу. Его переезд в царские апартаменты положил конец разногласиям в стане оппозиции Бояре начали понимать, что им не удастся остановить Годунова, если они не примут немедленных мер. Выступление боярской оппозиции возглавили Федор Романов и Богдан Бельский. Как доносили из России литовские разведчики, в апреле «некоторые князья и думные бояре, особенно же князь Бельский во главе их и Федор Никитич со своим братом и немало других, однако не все, стали советоваться между собой, не желая признать Годунова великим князем, а хотели выбрать некоего Симеона». Симеон понадобился боярам, чтобы воспрепятствовать коронации Бориса. Их цель по-прежнему сводилась к тому, чтобы ввести боярское правление, на этот раз посредством подставного лица.
Борис не осмелился возражать Боярской думе, но постарался помешать ее деятельности под предлогом опасности татарского вторжения. В обстановке военной тревоги правителю нетрудно было разыграть роль спасителя отечества и добиться послушания от бояр.
Годунов объявил, что лично возглавит поход на татар. К началу мая полки были собраны, а бояре поставлены перед выбором. Им предстояло либо занять высшие командные посты в армии, либо отказаться от участия в обороне границ и навлечь на себя обвинения в измене. В такой ситуации руководство Боярской думы предпочло на время подчиниться.
Борис не побоялся поставить во главе государева полка боярина Федора Романова и кравчего Александра Романова. Они числились главными дворовыми воеводами.
Выступление на границу в Серпухов смело последние преграды на пути к общей присяге. Вековой обычай предписывал проводить присягу в зале заседаний высшего государственного органа— Боярской думы. Церемонией могли руководить только старшие бояре. Дума цепко держалась за старину. Но Борис не посчитался с традицией и велел целовать себе крест не в думе, где у него было слишком много противников, а в церкви, где распоряжался преданный ему патриарх Иов. Текст летней присяги состоял из пространного перечня обязанностей подданных по отношению к «богоизбранному» царю. Подданные обещали «не думать, не дружить, не ссылаться с царем Симеоном» и немедленно выдать Борису всех, кто хочет «посадить Симеона на Московском государстве». В этом пункте заключался главный политический смысл присяги. Ловким ходом Годунов разрушил планы оппозиции, замышлявшей передать трон «царю» Симеону.
В сентябре Годунов венчался на царство в Успенском соборе в Кремле. Патриарх Иов возложил на его голову шапку Мономаха. Боярин Мстиславский осыпал его золотыми монетами в дверях церкви. Новый «помазанник Божий» нарушил торжественную церемонию речью, не предусмотренной ритуалом. «Отец мой, великий патриарх! — воскликнул он посреди литургии. — Бог тому свидетель, не будет отныне в моем царстве нищих и бедных». Сжимая ворот расшитой рубахи и ударяя себя в грудь, Борис промолвил, что поделится со всеми последней сорочкой.
Новый государь дал пир на всю Москву, продолжавшийся двенадцать дней. За праздничным столом кормили всех, от мала до велика. В Кремле для народа были выставлены большие чаны со сладким медом и пивом. Служилые люди по всей стране вновь получили денежное жалованье. Многим знатным дворянам царь пожаловал высшие боярские и думные чины.