В числе удостоенных особых милостей были Романовы. По случаю коронации Бориса кравчий Александр Романов был произведен в бояре, чин окольничего получил Михаил Никитич Романов.

Бояре получили гарантии против возобновления казней. Государь дал тайный (не бывший ни для кого секретом) обет не проливать крови в течение пяти лет.

Прошло два года, и Годунов учинил расправу с боярами Романовыми. Дело об «измене» Романовых и Черкасских было самым крупным политическим процессом времен Годунова. Розыск начался по доносу дворянина Бартенева, служившего казначеем у Александра Романова. Бартенев донес, что Романовы хранят у себя в казне волшебные коренья, намереваясь «испортить» (умертвить колдовством) царскую семью. Подлинные документы о ссылке Романовых подтверждают сведения о том, что они стали жертвами «колдовского» процесса. Приставы (стража) говорили Романовым, закованным в железа: «Вы, злодеи-изменники, хотели царство достать ведовством (волшебством) и кореньем».

Будущему царю Михаилу Федоровичу было четыре года, когда боярскую семью Романовых постигла катастрофа.

Как следует из записей польского посольства, отряд царских стрельцов совершил вооруженное нападение на подворье Романовых 26 октября 1600 года. Братья Федор, Александр, Василий, Михаил и Иван Никитичи были взяты под стражу.

Боярская комиссия во главе с Михаилом Глебовичем Салтыковым произвела обыск на захваченном подворье и обнаружила коренья. Найденные улики были доставлены на патриарший двор, где собрались дума и высшее духовенство.

Александр был давним недоброжелателем Бориса. Он был привлечен к дознанию первым. Но затем розыск затронул всю семью. К пытке брали Федора Никитича с братией и их племянника князя Ивана Черкасского.

Суд признал Романовых виновными в покушении на жизнь царя и государственной измене. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Но виновные избежали смертной казни. Лишь в июне 1601 года, через полгода после начала розыска, состоялся приговор о ссылке Никитичей и их родни.

Судьба опальных решилась. Главный «изменник» Александр был сослан «к Стюденому морю к Усолью, рекомая Луду». Усолье было вотчиной Кирилло-Белозерского монастыря. Приставом при Александре был Леонтий Лодыженский. Как записал летописец, по приказу правителя пристав удушил узника и там же похоронил. По словам же Исаака Массы, боярина «истомили в горячей бане». Возможно, Годунов избавился от Александра тем же способом, каким ранее покончил со знаменитым воеводой Иваном Петровичем Шуйским (боярина уморили дымом, угаром).

Михаил Никитич был сослан в Пермь, Василий Никитич — в Яранск, Иван Никитич — в Пелым. Первые двое умерли в ссылке, Иван Никитич уцелел.

Федора Никитича Борис мог бы уничтожить, как его братьев. Но он пощадил боярина. Ему достаточно было лишить Федора Никитича всякой возможности занять царский трон. Он избрал верный ход, приказав постричь боярина в монахи. В монашестве Федор стал именоваться Филаретом. Инок не мог более претендовать на царскую корону. Местом заточения Филарета стал Антониев Сийский монастырь. Обитель располагалась на острове посреди озера. Она была обнесена оградой, и лишь один мост связывал ее с сушей. Кругом простирались глухие леса и болота. Приставом при опальном был Ратман Дуров.

Члены семей заговорщиков были наказаны сравнительно мягко, за исключением Ксении Шестовой-Романовой. Ее постигла участь мужа. По свидетельству Массы, Ксению обвинили в том, что она советовалась с братьями мужа, как бы отравить Бориса. Иначе говоря, честолюбивую женщину считали душой заговора. По этой причине старицу Марфу, в миру Ксению заточили не в монастыре, где она могла оказать вредное влияние на стариц, а в пустынных погостах в Заонежье.

Летописец особо упомянул о том, что приставы морили голодом старицу Марфу и Ивана Никитича. Конечно, надо иметь в виду, что ссылка Романовых по времени совпала с ужасающим трехлетним голодом. На содержание опальных отпустили достаточные суммы, но этих денег стало не хватать, когда цены на продовольствие поднялись в десятки раз. Из переписки приставов с царем следует, что ссыльные были обеспечены провиантом. Так, стольнику Василию Романову и его холопу положено было «по калачу да по два хлеба денежных; в мясные дни — по две части говядины да по части баранины; в рыбные дни — по два блюда рыбы…да квас житный; на корм послано сто рублей денег». О полуголодном существовании узников говорить не приходится. Однако деньги по мере нарастания голода все больше обесценивались.

Сын Филарета Михаил с сестрою был сослан на Бело-озеро. Дети находились там под присмотром тетки Анастасии Никитичны Романовой. На Белоозере оказалась также вся семья Александра Никитича. Опальных содержали в тюрьме.

Правитель подверг разгрому многочисленную родню Никитичей — князей Черкасских, Репниных, Шестуновых, Сиц-ких, Карповых, желая лишить Романовых опоры в думе и Государевом дворе.

Все вотчины опальных были взяты в казну, имущество конфисковано и пущено в распродажу.

В четыре года Михаил Романов лишился отца, постриженного в монахи и заточенного в тюрьму. Даже освобожденный из тюрьмы Филарет не мог вести прежнюю жизнь, так как его жена также стала инокиней. Возврат к мирской жизни им был заказан.

Ребенок, потерявший отца, по понятиям того времени был сирота. До четырех лет Михаил жил в семье, считавшейся одной из самых богатых в России и к тому же претендовавшей на корону. Переход от жизни в боярском тереме к жизни ссыльного стал для него едва ли не самым сильным впечатлением детства. Несовершеннолетний тюремный сиделец, по словам летописи, провел на Белоозере «немалое время».

Покарав Романовых и их родню, Борис смягчил наказание тем из них, кто уцелел. Филарет был оставлен в монастырском заточении, зато калека Иван Романов был переведен в Уфу, а оттуда на службу в Нижний Новгород.

Сестра Филарета, его сын Михаил и дочь вместе со снохой — женой Александра Никитича были отпущены с Бело-озера в вотчину Романовых село Клины в Юрьеве Польском. Их отнюдь не освободили из-под стражи. Приставами при них были назначены дети боярские Давыд Жеребцов и Василий Хлопов. Царь наказал им печься об узниках, «чтобы дворовой никакой нужды не было: корму им давать вдоволь, покоить всем, чего ни спросят; а не так бы делал, как писал прежде, что яиц с молоком даешь не по многу; это ты делал своим воровством и хитростию; по нашему указу велено тебе давать им еды и питья во сем вдоволь, чего ни захотят».

Доходы с вотчины поступали в казну. Зато узников кормили вдоволь. Михаил пробыл в вотчине до смерти Бориса.

Филарет оставался в северном монастыре. Сохранились отписки 1602 года с предписанием приставам пресекать любые сношения опального с внешним миром. Для этого инока не выпускали за ворота обители и никого не пускали к нему. По временам в монастырскую ограду не пускали даже богомольцев, прибывших из других городов поклониться святому Антонию. Местных крестьян — монастырских вкладчиков пускали к мощам в сопровождении приставов, выставляли стражу у ворот «для всякого бережения».

Все эти меры призваны были предотвратить побег изменника из монастыря.

В ноябре 1603 года пристав Богдан Воейков подослал некоего сына боярского Петра Болтина к «малому» — слуге опального, жившему с ним в келье. Со слов слуги Болтин записал речи Филарета: «И малой де ему сказывал: со мною де ничего не разговаривает, лише де коли жену спомянет и дети, и он де говорит: «милые де мои детки, маленки де бедные осталися; кому де их кормить и поить? Таково де им будет ныне, каково им при мне было? А жена де моя бедная, наудачу уже жива ли? Чает де она где близко таково-ж де замчена (завезена), где и слух не зайдет; мне де уж что надобно? лихо де на меня (беда на меня) — жена да дети, как де их помянешь, ино де что рогатиной в сердце толкнет; много де иное они мне мешают; дай Господи слышать, чтобы де их ранее Бог прибрал, и яз бы де тому обрадовался; а чаю де, жена моя и сама рада тому, чтоб им Бог дал смерть, а мне бы де уж не мешали, я бы де стал про-мышляти одною своею душею; а братья де уже все, дал Бог, на своих ногах».